...域比对得上其他序列的结构域位置啊，麻烦老师说详细点可以吗，谢谢
...gff3 --fasta $genome --seqType prot >$species.pep.fa 以上代码可以在基因家族分析镜像 2.0中运行: omicsclass/gene-family:v2.0 注意，以上命令会将基因组读入内存，因此电脑内存不足的可能会报错，有条件的可以购买我们的大内存云服务...
...后怀疑是基因组太大，然后服务器物理内存不够导致的，也可能当时同一时间运行的任务过多。所以重新换了一个大节点。就解决问题了。
...有排序导致统计的的总重复比例偏低： 解决办法是，可以先排下序，再统计，排序代码如下： sort -k1,1 -k4,4n genome.all.repeat.gff >genome.all.repeats.gff 这部分代码已经更新，大家重新下载基因组注释：shell脚本即可； 排序后...
...间link文件中的基因未完全在最后的图中显示出来 是受到这个的影响吗
老师好，我看您的帖子中说用qiime cutadapt demux-paired时，可以自己分别选定mapping file 中forward和reverse的barcode。但是我在使用qiime2-cutadapt时提示并没有m-reverse-barcode-file 和m-reverse-barcode-column的选项呀。
...症即可，生存分析的曲线就显示出来了，通过p value值就可以知道该转录因子是不是对癌症的生存率有影响 如果您对TCGA数据挖掘感兴趣，请学习我的TCGA系列课程： 《TCGA-生存分析》《TCGA-基因差异表达分析》《TCGA-转录因子调...
...articles/nbt.2053 4.如果你使用GATK 方法call SNP，人类的过滤可以使用VQSR方法过滤，非人类可以使用官方推荐的hard-filtering： https://gatk.broadinstitute.org/hc/en-us/articles/360035532412-Can-t-use-VQSR-on-non-model-organism-or-small-dataset GATK过滤命令行...
下载得到了不同样本的sra文件，由于样本不同使用的引物序列也不一样。想把他们放在一起分析，得到他们的多样性和物种注释
命令输入如下： 使用Editplus打开生成的文件： 奇怪的是，我同样的方法做了5组基因，有2组出现这个问题。
我是有两个品种，三个处理时间点，做kegg注释热图时差异基因太多，是需要挑选fpkm值差异大的基因做热图吗？用log2fc值做两个品种比较的热图可以吗
老师，你好！ 在本地使用shell 使用conda activate picrust2运行picrust2_pipeline.py命令后出现以下界面，请问这个问题应该怎么解决？
...-fasta ./${ind}.fa.gz --seqType prot >./${ind}.pep.fa 代码是上面这个，跑了三四个小时，没有结果输出，是我的代码出问题了吗，哪里需要改？
RagTag是一个集合功能的软件可以用来构建scaffold、提升基因组组装质量，其主要功能用法如下： usage: ragtag.py <command> [options] assembly improvement: correct homology-based misassembly correction scaffold h...
...润和临床相关性分析。 一、数据准备 在文章分析中用到了eQTL数据，来源于IEU OpenGWAS数据库； RA GWAS 数据，来源于FinnGen R10 数据库； scRNA-seq(GSE159117)数据和bulk RNA-seq(GSE93272、GSE89408、GSE77298)数据，来源于NCBI的GEO数据库。 二...