问题 我用conda 根本安装不了软件，非常慢，比如UMI-tools

先开始会：Solving environment: failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve 经过好长一段时间按安装好了，然后准备查看，变成下面这些：根本摸不到头绪。。。。 raceback (most recent call last):   File "/disk2/user/yizhsu/biosoft/anaconda3/...

文章 scanpy 中 ScTransform分析：

方法一： import scanpy as scfrom scipy.sparse import issparsedef pyScTransform(adata, output_file=None):    """    Function to call scTransform from Python    """    import rpy2.robjects as ro    import anndata2ri    ro.r('library(Seurat)')    ro.r('library(scater)')    ann...

文章 CAR-T质量检测ELISA试剂盒常见问题解析

...的重要环节。除此之外，不容忽视的是CAR-T生产工艺过程中引入的杂质检测，如细胞因子残留检测。细胞因子ELISA检测试剂盒可以通过检测代表性细胞因子的表达来评估CAR-T细胞对靶细胞的杀伤活性和特异性。 酶联免疫吸附测定...

问题 如果用blastp来找到的基因家住成员D或从已发表的文献中已获知家族成员ID，得到了家族成员列表，后续的基因家族分析中都再用WRKY_domain_new_out_removed_redundant.txt,而不用confirmed_IDlist.txt。我用了一下后者，后续文件提取不成功。如果只有家族成员ID，没有hmmsearch的输出文件，后续的基因家族分析怎么做

文章 docker在windows系统和mac系统中安装

...的 Win10 专业版系统的安装包，需要开启Hyper-V。在主板BIOS中打开一下CPU的虚拟化功能：https://www.omicsclass.com/article/367 1.开启 Hyper-V 点开程序和功能，右边最下面 启用或关闭Windows功能 选中Hyper-V 2、Docker for Windows的安装 ...

文章 组学大讲堂samtools工具docker镜像使用方法：

...`pwd` --rm   d505ac3f6c30 samtools faidx t.fa # -w 设置容器中的工作路径         3.总结 是不是很好用，不用安装软件，直接使用samtools，彻底解决安装软件时间； 跟多docker内容见：https://www.omicsclass.com/article/1181 docker基...

问题 老师，请问蛋白质组学差异蛋白的富集分析是用原文件中的基因ID还是蛋白ID呢，如果用的是蛋白ID，那蛋白注释库是怎么获取的呢？我只做过RNAseq的富集分析，不知和蛋白组富集分析有什么差别。先谢谢老师！

文章 read.table参数

read.table()参数如果需要了解更详细的定义，可以在R中输入?read.table read.table(file, header = FALSE, sep = "", quote = "\"'", dec = ".", numerals = c("allow.loss", "warn.loss", "no.loss"), row.names, col.names, as.is = !stringsAsFactors, na.strings...

文章 perl——当split函数用空格做分隔符时

...t /PATTERN/ split  split用来分隔字符串EXPR，在列表上下文中返回分隔后的列表，在标量上下文中返回列表长度。  split用空格分隔字符串： #!/usr/bin/perl$_= "   a   b   c   d   e";    ## 字符串有前导空格，字符‘a’前面有空白pr...

问题 共线性

老师您好，有一个问题请你帮忙看看。为啥同样一组数据共线性的对数不一样？文件都是一样的。

问题 基因加倍与串联重复分析

...X出现如下问题： 打开pep.fa查看序列为： 在AT.blast文件中没有查找到K5AEM0的结果，应该是报错没生成结果，其他的结果都正常，请问是什么原因？

问题 在T2T基因组直播课程中基因组hic挂载染色体部分，老师说对于高杂合基因组还需要用一个软件过滤等位基因假信号，是什么软件，我没听清；还有个问题如果只用nextdenevo进行数据校正不组装，那么校正后的数据在哪个文件夹？

问题 请问左边这个图是什么图呀？应该用什么 进行构图？

请问大神们 这个左边的应该怎么画？这个图叫什么图呀？用文章中材料方法里的那种R包话呀？

问题 PASA update 报错

...ally: failed query: <insert into annotation_updates (gene_id, model_id, alt_splice_flag, before_gene_obj, after_gene_obj, compare_id, is_valid, have_before, have_after, is_novel_flag) values (?,?,?,?,?,?,?,?,?,?)> values: evm.TU.Chr04.1545 evm.TU.Chr04.1547 evm.TU.Chr04.1548 evm.TU.Chr04.1533 ...

文章 组学大讲堂QIIME2(v1.5)镜像更新说明

...大家使用上最新的qiime2软件，我们也对我们的扩增子流程中的qiime2做了更新，更新到了最新的2022.8这个版本。另外，我们也对qiime2的物种注释分类数据库进行了同步更新以避免数据库与scikit-learn版本不一致时的报错，因此，老版...