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文章 有参转录组数据分析镜像升级v2.0

...级：支持一个分组文件做所有差异分析 使用方法： docker pull omicsclass/rnaseq:v2.0docker run -it -v ~/rnaseq:/work omicsclass/rnaseq:v2.0 如果需要用到最新的软件分析数据可以使用这个2.0版本的镜像，老用户重新下载示例数据压缩包   ...

文章 tripal搭建基因组数据库网站

下载tripal官方镜像： docker pull   tripalproject/tripaldocker:latest 下载tripal模块: git clone https://github.com/tripal/t4d8 启动镜像运行网站: docker run --publish=80:80 --name=t4d8 -tid --volume=/web/t4d8:/var/www/drupal8/web/modules/contrib/tripal tripalproject/trip...

问题 16S课程 03.asv_taxonomy

我个人的设备：CPU 2*40， 内存64G.   docker设置 CPU40，内存54G docker run -it -m 50G --cpus 35 --rm -v D:/ampliseq:/work omicsclass/ampliseq:v2.0 然后跑 ### 物种注释 16S/18S  #全长作为分类数据库：  qiime feature-classifier classify-sklearn \   --i-classifi...

问题 omicsclass/gene_family同时有latest和V1.0.1两个版本，挂载时出错

Error response from daemon: pull access denied for it, repository does not exist or may require 'docker login': denied: requested access to the resource is denied. 麻烦老师解答一下，之前听docker blast那里挺顺利的，在基因家族分析课这里卡住了

问题 关于动植物基因组组装课程mysql_server.sh

课程中myseql镜像是用docker启动的（如下），但是如果用singularity启动，相关的命令参数如何更改？我能查到的是-v对应singularity中的-B，其它-p  --name  -e  -d 该如何修改？ mysql_server.sh脚本文件中： #启动镜像 docker run -p 3399:3306...

文章 泛基因组可视化

...-s /work/ara_pangenome/pangenome* .#启动服务可视化。记得启动docker时加上端口映射 -p 3000:3000 cd /share/work/biosoft/sequenceTubeMap/sequenceTubeMap  npm run serve  #启动服务启动服务之后，打开电脑网页，输入运行这个服务的IP地址加端口号：h...

问题 泛基因家族分析时，泛基因集构建与家族成员分析用的镜像不同，有区别吗

...做26个玉米基因组的基因家族成员鉴定等分析时，用的是docker run -it -m 3G -v/home/us132/pan-gene-family:/work localhost/omicsclass/pan-gene-family:v1.0镜像，而做泛基因集列表时用的是docker run -it --rm --name pangene --group-add keep-groups -v /home/us132/pangene:/...

文章 EggNOG基因序列批量注释

...ggnog.db64fefa838833a6f3e220a06fb9d403cd  eggnog_proteins.dmnd 2）利用docker工具搭建EggNOG-mapper注释分析环境，以拟南芥为例： #下载安装eggnog的docker镜像 docker pull omicsclass/eggnog:latest #启动镜像 #注意这里的 -v 使用了两次 docker run --rm --cpus 8...

问题 TCGA下载

用docker镜像下载TCGA数据，只得到临床信息， 代码报错

问题 docker运行qiime1时按照教程进行到章节2课时6时，即聚类生成OTU-denovo时老是报错，查看类似问题后，升级了运行内存为70g，同时将教程内的30多个样本减成2个样本，FASTQ格式还有qimme格式检查都正确，依旧报错，报错内容如下：

docker运行qiime1时按照教程进行到章节2课时6时，即聚类生成OTU-denovo时老是报错，查看类似问题后，升级了运行内存为70g，同时将教程内的30多个样本减成2个样本，FASTQ格式还有qimme格式检查都正确，依旧报错，报错内容如下： pic...

问题 SRA数据下载

我用了omics docker 里SARtools下载数据，但是发现容器无法联网

文章 微生物多样性扩增子（16S/18S/ITS）课程更新v2.0

...se，PICRUSt2等）绘图脚本美化更新升级等 镜像更新v2.0: docker pull omicsclass/ampliseq:v2.0docker run -it -v ~/ampliseq:/work omicsclass/ampliseq:v2.0 视频课程链接如下： https://bdtcd.xet.tech/s/qZRiF

问题 成功安装WGCNA包后，调用时报错

...p indices converting help for package 'GO.db' finding HTML links ... ºÃÁË GOBASE html GOBPANCESTOR html GOBPCHILDREN html GOBPOFFSPRING html GOBPPARE...

问题 怎么下载公共镜像？

我照网上的教程来，搜索不到这个公共镜像，怎么办，Docker里面的

问题 基因家族分析

在操作界面利用docker search omicsclass命令搜索不到镜像了？原来加的QQ群全部解散了，有问题怎么咨询呢？