问题 差异基因用p-vaule筛选可以吗？

老师，您好：转录组分析时因为DEGs个数较少，用的p-vaule筛选的DEGs,审稿人一直问为什么不用FDR，老师这个问题该怎么回答。 Point 6: - Line 600: DEGs were determined using p-value < 0.05 and fold change ≥ 1.5. What is the rationale behind using pvalues i...

问题 请问大家有没有遇到过这种情况，根据某一模块的MM和GS散点图筛选的hub基因会分布不同的module，也就是说不全在该module下

文章 R语言数据筛选整理包dplyr 分类汇总

...ariables COLUMN ALIAS dplyr中主要方法的使用 filter系列：筛选出自己想要的数据 #安装与加载包#直接使用内置的iris、mtcars数据集来演示#iris数据集中，筛选Species为“setosa”,并且Sepal.Length大于5的样本#"&"也可以替换成“,”> ...

问题 请问这两个基因ID不同是有什么区别吗？在后面做筛选的时候，就只能出来基因ID短的，这些基因ID长的筛不出来的原因是什么呢？希望可以回复下

问题 共线性分析做组间时，anchors文件只有以下内容，进行后续筛选和绘图时，报错为“need more values to unpack"，请问是何种状况？mcscanx分析有物种和同源性要求吗？

问题 MCSCANX共线性分析原理和串联重复分析

mcscanX分析时用的是蛋白比对，在筛选基因家族串联重复基因对的时候未筛到，用了课程里的筛选方法，发现用的是CDS比对，我想问下哪个更准确？？？筛选结果不一样~

文章 corrplot包绘制相关性图，简单又好看！

...量，用于图形的颜色分布。 col.lim = c(0.8,1), # 颜色分配的限制区间(相关性值区间)。 tl.col = "black", addCoef.col = "black", # 添加相关系数 number.cex = 0.7) # 数字字体大小 结果如下图： 图形类型默认...

问题 老师，我用hmmsearch 没搜索出结果，然后用拟南芥的query.fa和我要分析的物种cds进行blast分析，比对出来的基因只有几个，我老师说我要做的基因有200多个，完全对不上，不知道该怎么办了，请教下老师。

文章 TCGA和GEO套路文章解说

...状，疾病相关的关键分子，需要设计实验，做大量的分子筛选的工作，对于土豪实验室可以可以大把的花钱做芯片或者高通量测序做前期的筛选工作。但是如果你所处的实验室或者科室经费少，样本也不多，而无法开展研究，而...

问题 老师您好：关于TCGA的生存分析，用训练集train来做单因素的生存分析筛选有意义的基因，为什么在鲁棒性分析的时候不用训练集，而是整个数据集exprSet呢？

问题 老师您好，我使用P-value进行转录组差异基因筛选，被审稿人质疑了，我看到您之前回复2020年的帖子说校正后p值筛选差异基因较少时用P-value也行，这种情况得后期用qpcr验证我数据是准确的是吗，我之前做了qpcr验证，但是用的不是我关注的差异基因，现在也不能补关注基因的定量了。我准备找几篇使用未校正p值的文章加上我之前做的qpcr来解释我的分析是可行的，您觉得这样可以吗？

文章 2019国自然解读：关于CRISPR/Cas9的项目数据怎么样？

...看看今年资助金额排名前5位的具体情况： 1，新型CRISPR筛选平台的搭建及其在基因功能与染色质调控研究中的应用 负责人：魏文胜 申请单位：北京大学 研究类型：重点项目 项目批准号：31930016 金额：298万 2. CRISPR基因编辑...

问题 我有一组数据想做个heapmapper热力图，您能帮我处理一下吗，我打开网址不会用，1为想关性，2为显著性

... 0.736 0.468 9 -0.04 -0.201 -0.505 -0.128 -0.068 0.217 -0.247 10 0.883 0.456 0.046 0.638 0.802 0.42 0.357

问题 求问如何用R或者perl脚本来提取fromNode中包含某些ID的行？下图只是示例，weight值选取0.5时文件太大无法用excel筛选，所以想求R或者perl脚本。

文章 JASPAR网站预测启动区域有那些转录因子结合位点

...可以采用网站提供是“Scan” 实现。具体如下： 1. 首先搜索转录因子结合位点，比如搜索人类的所有转录因子结合位点 2.  选择要搜索的转录因子结合位点特征 3. 输入启动子区的序列，点击“Scan” 运行 结果如下： 如...