问题 老师，共线性分析可以全部用蛋白ID做吗？因为我看视频里面做拟南芥的组内共线性都是用的基因ID

问题 在基因家族分析过程中，确定结构域的时候发现一个算是该基因超家族但不是该基因家族的成员，那这个算是该基因家族的成员吗

问题 老师您好。做GSEA分析图，我在上传文件 的时候。文件名是.gct。出现下图所示这样的错误，请问是什么原因呢?怎么处理？

问题 老师好！安捷伦的双通道芯片在标准化后是否可以通过limma包eBayes的方法进行两比较组间的差异分析呢？

问题 老师好！我想问下在进行TreeMix分析中，想设置外缘群体（outgroup）,是不是直接在代码中加-root参数，然后添加外缘群体的样本名？

问题 泛基因，SV ，VCF文件格式为4.2 ，没有课程里要求的SUPP_VEC和SVLEN信息，怎么改？会影响后面分析吧？

这个是我的VCF文件，注释信息里也没有课程要求的信息，应该怎么弄？

问题 选择非冗余基因模板的自比对，pangene与pangene两个文件进行共线性分析，时间太长、任务停止了应该怎么办？

Load file `pangene.pangene.last.P98L0.inverse`  我看到日志文件里卡到了这一步，应该怎么办？请问老师，杀死进程重新运行：先删除中间文件，再修改参数，对吗？应该怎么修改参数？谢谢

问题 泛基因家族分析数据准备里面，运行命令保留最长转录本结果都会报错，说是找不到文件，但文件存在在data目录下， ./.gff3.gz does not exist，Please verify the input file name/path

用的是泛基因组分析2.0，泛基因家族分析数据准备里面，运行命令保留最长转录本结果都会报错，说是找不到文件，但文件存在在data目录下 前面的建立批量链接也没有报错 影响到后面的命令都是报错找不到fa.gz或者gff3.gz

问题 有参转录组分析，合并样本count值文件报错。

python $scriptdir/merge_gene_count.py -p all_gene_count -f normal_rep1_gene.tsv -l normal_rep1 -f normal_rep2_gene.tsv -l normal_rep2 -f normal_rep3_gene.tsv -l normal_rep3 -f tumor_rep1_gene.tsv -l tumor_rep1 -f tumor_rep2_gene.tsv -l tumor_rep2 -f tumor_rep3_gene.tsv -l tumor_rep3 Traceback (most...

问题 进行宏基因组分析组装这一部分，比对 reads，生成未比对 BAM 文件时很慢

运行了这个代码minimap2 -t 12 -ax sr \   /work/demo/4.assemble/megahit/${i}/${i}.contigs.fa.min \   /work/demo/1.host_del_and_qc/cleandata/${i}_1.fastq \   /work/demo/1.host_del_and_qc/cleandata/${i}_2.fastq \ | samtools view -@ 12 -b -f 12 -o /work/demo/4.assemble/megahit/${i}/${i}_unm...

问题 搜索不到组学大课堂的镜像

...                                                  5 bitnami/osclass                                     

文章 pyvcf的安装

...新版的setuptools上使用，因此我们可以先将setuptoos降级到58.0以下，比如 pip3 install setuptools==57.5.0 然后再安装pyvcf软件 pip3 install PyVCF 成功安装 当然，如果需要再将setuptoos更新回去也很方便 pip install --upgrade setuptools

问题 基因家族分析中的在界定完基因家族后，序列比对是只用基因的domain序列来比对？那有时如何从整个基因序列截取出domain序列的？

问题 你好！我在Rstudio中做cox分析时由于数据量巨大，有37万之多，目前代码已经运行了一天还在运算，请问这么长时间正常吗？谢谢了

问题 基因家族分析Ka/Ks时，在把aln文件转换成axt文件时，运行Linux命令遇到no such file or directory该怎么解决