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问题 用R包TCGAbiolinks下载TCGA的miRNA数据报错

...er. 把files.per.chunk设置成很小,依然这样报错。 请问该怎么解决呢?

问题 repeat.summary.txt 文件为什么有的总类别有数据,如DNA,有的总类没有数据,如LINE,

在repeat.summary.txt中,DNA,LTR,RC等它们是一个总类吗,为什么有的总类后面会有结果,为什么有的总类后面没有结果,DNA那一行该怎么理解呢,它的class是什么呢

文章 Cytoscape如何基于点的属性快速对点和相连的线进行颜色分类

...颜色处理,方便显示各个分类: 绘图的原始数据基本格式如下,仅两列: miRNA Target ath-miR156a-3p AT1G65440 ath-miR156a-3p AT3G06340 ath-miR156a-3p AT5G58220 ath-miR156a-5p AT1G08590 ath-miR156a-5p AT1G19800 ath-miR156a-5p AT1G72700 ath-miR156a-...

问题 motif绘图时,tbtools图上显示的motif跟meme.txt文件的不一致

...meme.html文件里只有部分基因具有这些motif,遇到这种情况怎么办?有没有遇到过相同问题的同学老师,麻烦指点一下~感谢感谢! tbtools生成图里几乎每个基因都有motif1(绿色): meme.xml文件里只有这一部分基因含有motif1:

文章 samtools过滤多重比对reads

...学习链接:WGCNA-加权基因共表达网络分析 4. 转录组数据怎么挖掘?学习链接:转录组标准分析后的数据挖掘 5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读 6. 更多学习内容:linux、perl、R语言画图,更多免费课程请点击以下链接: htt...

文章 biolinux导入虚拟机发现键盘输入错乱

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问题 重测序

...ry 但是我把这个命令粘贴到屏幕上就可以运行,在sh里面怎么说找不到文件那。命令如下 for i in $(cat $workdir/data/data.txt); do echo "RUN CMD: fastp --thread 50 --qualified_quality_phred 10 \    --unqualified_percent_limit 50 \    --n_base_limit 10 \    -i ...

问题 hmmer搜索结构域

....bed > WRKY_domain2_final.fa 这一步把多余的结构序列剪了。怎么修改命令达到我的目的呢

问题 计算串联重复基因的KAKS时,发现KS>1,是不是哪里算错了?用KAKS-Calculate2.0算的。

下图是KaKs Calculate的运算结果。Ks中有一个大于1的数。 这是Ks的定义式,根据这个公式,怎么会得出大于1的数呢?同义突变率大于100%,是这个意思吗?还是我理解错了?

文章 ggsci 的颜色可视化

...,但是我们有时想要挑选部分颜色来完成自己的绘图时,怎么才能看到色板中的颜色呢? 使用以下代码: library(ggsci)library(scales) mypal <- pal_aaas("default", alpha = 0.5)(9) # science杂志配色的前9个,颜色透明度调为0.5 show_col(mypal) ...

问题 老师,您好!根据您得帖子,我在BinGO分析做GOmaping时还是不能完成,希望可以得到您得指导!十分感谢您!

https://www.omicsclass.com/article/339 cytoscape插件BinGO安装以及GO富集分析和网络可视化。这是老师您写的帖子,我分析得是非模式植物,所以不知道怎么整理GO注释得文件,希望得到您得指导,十分感谢您!

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文章 Mapchart绘制基因染色体位置图时加标尺

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文章 Perl数组排序--sort()函数

...未必是你想要的。 比如,如果一些单词以大写字母开头怎么办? my @words = qw(foo bar Zorg moo); @sorted_names里的结果将是: $VAR1 = [ 'Zorg', 'bar', 'foo', 'moo' ]; 你会发现,以大写字母开头的单词排在了第一...

问题 请教:基因结构分析时,输出的gene_exon_info.gff文件为空。该如何解决?

...序列登录号后缀不一样。是因为这个问题吗?一直不知道怎么解决。 用的命令是:perl ../script/get_gene_exon_from_gff.pl -in1 Carb_anhydrase_removed_redundant_and_confirmed_IDlist.txt -in2 ../Phaeodactylum_tricornutum.ASM15095v2.47.gff3 -out gene_exon_info.gff ...