问题 老师好！我在运用课程代码进行Treemix分析后，会生成：cov.gz,modelcov.gz,treeout.gz等相关文件，现在我想知道：在混合事件的情况下，覆盖方差的比例和估计的混合比例，这个应该怎么进行计算统计呀？谢谢大家！

问题 老师，我正在做泛基因家族分析的系统发育树构建，构树过程中，出现以下的过程及警告，请老师帮忙看看是否正常，这些重新序列的编号是否有影响（序列对其修剪后有重复名称已去除），以及我下面的系统发育树这么多是否正常，还是需要筛掉一些？

老师，我正在做泛基因家族分析的系统发育树构建，在合并完和拟南芥的结构域序列并序列对其修剪后，得到以下的序列， 之后，进行构树，构树过程中，出现以下的过程及警告，请老师帮忙看看是否正常，这些重新序列的编...

文章 R语言绘制维恩图空值NA处理

绘制venn图的时候，我们数据的ID中有缺失值，也就是不同的ID行数不一样，需要绘制韦恩图，那么空值就读成了NA，需要去除才行； 数据如下，不同比较组的得到的差异基因ID，需要用R绘制韦恩图： 代码及注意事项如下： l...

问题 基因家族提取用hmmsearch --domtblout result.txt --cut_tc zf-C2H2.hmm Fvesca_226_v1.1.protein.fa 时提示 Failed to open tabular per-dom output file result.txt for writing

我用Bio-Linux-8.0.7.2018.10.31可以运行这一步，但Bio-Linux-8.0.7-2019.3.20这个版本运行出现上的提示，请老师指导

文章 SCI期刊版面费一般是多少？为什么这么贵？要自己出钱吗？

谈钱就伤感情了，但是版面费这个钱不得不谈! 一篇论文反反复复打磨，好不容易投稿了!——回复了!——录用了! 还有比这个更兴奋的事情么?当然有! 版面费！ 能让人吐血的版面费！ 而且据说有些导师会让学生自掏腰包支...

问题 老师，为什么我得到的Fam_gene.list中大多都是独有的，特别是参考基因组，全部都没有同源基因，那么我接下来结构变异与基因结果和保守结构域分析时，无法比对，该怎么往下做呢?

...源基因，那么我接下来结构变异与基因结果和保守结构域分析时，无法比对，该怎么往下做呢? 另外，下面泛基因构建部分得到的列表final.last.gene.pair.txt，例如基因Seita.3G066400明明是有同源基因的，为什么最后得到Fam_gene.list却没...

问题 老师，请问一下我在学习基因家族分析课程时，执行perl get_gene_weizhi.pl时，用拟南芥的基因id可以找到它的基因位置，但是用水稻id和gff文件找不到他的位置，这是什么原因

问题 老师 你好，我通过Git bash利用代码 tcga_gene_exp_download下载数据提示terminate called after throwing an instance of 'std::bad_alloc' what(): std::bad_alloc，无法分析后续数据

文章 univariate_cox.r 临床数据单因素cox回归分析

使用方法： 指定单个变量做cox回归分析，可以是临床数据 $Rscript $scriptdir/univariate_cox.r -h usage: /share/nas1/huangls/test/TCGA_immu/scripts/univariate_cox.r [-h] -i data -t time -e event -v variate [variate ...] [-b blocksize] [-o outdir] [-p prefix] unvar...

文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-BCC 基底细胞癌（GSE123813）

...便学习我们单细胞课程的学员利用我们提供的脚本快速的分析公共数据做数据挖掘，这里开始记录一下不同公共数据相关分析shell代码。大家有了我们的代码就可以照抄分析，提高分析数据效率，今天是第1个数据，后续还有数据...

文章 科研汪最易犯的7种“精神病”，你“躺枪”了吗？

...了，都把人当怪物了!学渣请略过。2，长单词恐惧症你可不要以为这个病症是学霸姐姐瞎编的，并不是！长单词恐惧症，英文全名是：hippopotomonstrosesquippedaliophobia，这个长长长长的单词你怕了吗？这个病，主要就是指对持续的、...

文章 clusterprofile 支持的物种GO和KEGG富集分析orgdb

地址：https://www.bioconductor.org/packages/devel/BiocViews.html#___OrgDb org.Hs.eg.dbBioconductor Package MaintainerGenome wide annotation for Human3org.Mm.eg.dbBioconductor Package MaintainerGenome wide annotation for Mouse5org.Rn.eg.dbBioconductor Package MaintainerGenome wide annotation fo...

文章 immune_bar_plot.r 免疫侵润分析bar绘图

使用方法： $ Rscript  immune_bar_plot.r  -husage: immune_bar_plot.r [-h] -i filepath [-t title]                                                  [-a xlab] [-b ylab]                                                  [-m metadata]          ...

文章 空间转录组动力学分析

动力学分析参考：https://github.com/TheJacksonLaboratory/PDX-melanoma-integrated-analysis In [18]:sys.path.insert(0,f"{script_dir}/python_lib") fromplotsimport plotSpatialAll fromplotsimport plotPhiHeatmap, plotFiForAd fromutilsimport computFullGridVelocity, getGridPhi, getGridVelocityFo...

问题 老师您好，我在做自己研究的物种(物种)中，做基因组内的串联重复和片段复制，结果发现没有任何串联重复和片段复制的基因，这种现象正常吗？我用的是咱们基因家族分析课程里的方法，运行过程应该没有问题，也没有报错