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文章 vcftools随机抽取指定个样品

...学习链接:WGCNA-加权基因共表达网络分析 4. 转录组数据怎么挖掘?学习链接:转录组标准分析后的数据挖掘 5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读 6. 更多学习内容:linux、perl、R语言画图,更多免费课程请点击以下链接: htt...

文章 Python中运行时出现SyntaxError报错

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问题 请问老师,我做了一个调控开花的基因家族分析,这个物种的转录组数据只有花的转录组数据。

请问老师 我现在已经分析完基因家族和其花的转录组FPKM,现在需要加荧光定量,这个荧光定量是根据转录组进行的吗?具体要怎么样进行,我文章是聚焦花进行写的,是不是只用采花进行荧光定量分析?

问题 基于Python的mcscan的微共线性分析问题

...y blocks ATH_rapa.bed blocks.layout --glyphstyle=arrow时就出问题了,怎么也算不出来,要是layout文件有问题,那么下面这个微共线性分析就不会运算出来,直线我也尝试了,没问题可以运行出来,就是到了arrow和着色就不行了,想问一下,...

问题 各位老师好,我要分析的基因家族没有fa. pep. gff3. 和cds文件,请问还有其他办法进行分析吗?

NCBI中只有fna.和gbff,其他的网址没有这个物种,真的不知道怎么做了,球球各位老师帮帮忙。

问题 请问在自己进行手动比对鉴定基因家族的时候最正确的做法是什么?

...对上基因组的多条染色体的多段序列,请问这种情况应该怎么取舍呢?提取比对结果最好的还是都提取出来最后比对完再删除呢?还有个问题就是genewise比对以后需要手动去找起始、终止密码子吗?我看文章里有的没找,但是有...

问题 RNA-seq分析,用index.sh建立索引exons.tsv文件为空

...gtf文件是由gff生成,是因为gtf文件里缺失gene_id吗?那该怎么整理补齐呢?请老师指点,谢谢老师~ 报错如下: gff文件如下: 用gff文件自动生成的gtf文件如下: 请老师指点!

问题 docker中的omicsclass/r-server镜像使用问题:无法与服务器的文件夹对应,因此上传不了文件

下图是我登录的命令: 下图是登录到rstudio中的界面:没有与我的文件夹关联起来,这是怎么回事啊。

问题 [main] unrecognized preset 'china-wild-ibex-clean.recode.vcf.gz'

我用命令过滤后vcftools --gzvcf china-wild-ibex-clean.vcf.gz --max-missing 1.0 --recode --stdout | gzip -c > china-wild-ibex-clean.recode.vcf.gz  在去建立索引tabix -p china-wild-ibex-clean.recode.vcf.gz 这个文件出现下面的错误是怎么回事?

问题 重测序中SNP分析

...ffold,最长的是1267525bp,最短的是1900bp,共66条,请问这里该怎么解决呢?

问题 重测序中SNP分析

...ffold,最长的是1267525bp,最短的是1900bp,共66条,请问这里该怎么解决呢?

文章 blast XML结果解析,获得更多blast比对信息 perl

blast format:  5 = BLAST XML,  格式 相比于  6 格式 包含更多的信息内容,包括比对的序列信息,长度信息等等;接下来我们可以用bioperl包来解析,获取自己想要的信息; #!/usr/bin/perluse strict;use Bio::SearchIO;use Data::Dumper;my $fi  ...

文章 Rocky Linux安装 时报错: DNF error

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问题 老师,我的counts值的mRNA表达数据,用limma包之前,需要将表达矩征标准化嘛?

...s值数据都是整数,如果我只想用limma包的话,老师我需要怎么处理一下呢?是log()一下,然后用scale() 吗?麻烦老师了!

问题 基因组重测序数据分析实战课程中的index.sh运行报错,显示没有对应的pl

各位老师好,我在学习基因组重测序数据分析实战,运行index.sh时,显示没有找到retrieve_seq_from_fasta.pl 这个代码,我去scripts里面找,确实也没有这个retrieve_seq_from_fasta.pl ,怎么办啊?