文章 让AI帮你处理数据，绘制图表！让你强到可怕！

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问题 老师您好，我在做mcscanx共线性分析基因家族加倍实操课程时，安装mcscanx报错

根据咱们已经回答的问题，把报错make: *** [mcscanx] Error 1，进行了修改，只需要给MCScanX 目录下的 msa.h, dissect_multiple_alignment.h, and detect_collinear_tandem_arrays.h 这三个文件内容 最前面添加#include <unistd.h>。 但是又出现了另一种报...

问题 老师您好，在KAKS分析时duplication_gene.out导出为空怎么解决呢？

在运行perl ../script/KAKS_SHAIXUAN.pl -in1 JmjC_cds_confirmed.fa.fai -in2 JmjC_cds_confirmed_blast.out -out duplication_gene.out这一步后结果为空，但中途也没有报错。 以下是生成的文件，还想麻烦老师看看是什么问题。

问题 有参转录组分析

Delimiter: "\t" chr (19): #query, seed_ortholog, eggNOG_OGs, max_annot_lvl, COG_category, De... dbl  (2): evalue, score ℹ Use `spec()` to retrieve the full column specification for this data. ℹ Specify the column types or set `show_col_types = FALSE` to quiet this message. Error in file(...

问题 提取基因在染色体位置时发现gff3文件中的染色体编号不好理解。疑惑。

老师，我的基因组注释文件gff3中，染色体编号不一样，1-9就是阿拉伯数字，10-33的反而是bd_数字1×数字2。我不懂数字1和数字2各自代表什么意思？猜测数字1代表染色体编号。是这样的吗？但是数字2又不知何意了。 另外，提...

文章 病毒衍生的small RNAs： 宿主与病毒互作的分子“证据”

...RNase L、RNA干扰 。RNA降解途径是宿主采用核酸外切酶XRN1从5’到3’降解RNA。Rnase L途径由是 2'-5'-寡腺苷酸引导Rnase L形成二聚体，并识别剪切病毒dsRNA。RNA干扰途径有三种类型，能够在病毒感染期间产生vsRNA： miRNA途径、piRNA途径和s...

问题 GATK过滤掉三分之一的位点正常吗

使用课程条件QD < 2.0 || FS > 60.0 || MQ < 40.0 " --cluster-window-size 5 --cluster-size 2过滤，过滤掉了三分之一的位点正常吗

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问题 lncRNA分析结果中，和参考基因组的比对效率比较低，那么我在发文章过程中，审稿人会有异议么？

问题 基因家族分析预测顺势原件时，得到的Ptomoter文件中原来43个基因只有29个显示启动子序列，其余19个无序列信息

问题 你好，腾讯云服务器里面的学生购买的的那个，可以用来进行重测序数据的比对以及SNPcalling等的数据分析吗

问题 老师您好，我在做基因结构分析时，只得到mRNA和CDS的信息，请问这个脚本该怎么修改才能得到exon的信息呢

问题 RNA-seq分析，用index.sh建立索引exons.tsv文件为空

用index.sh脚本，根据全基因组的.fa文件、gff文建立索引时，生成的exons.tsv文件为空，splicesites.tsv为空。报错说没有gene_id，gtf文件是由gff生成，是因为gtf文件里缺失gene_id吗？那该怎么整理补齐呢？请老师指点，谢谢老师~ 报错如...

问题 老师，比如说我要做两个物种基因家族的对比分析，那我要不要选一个中间物种与这两个构建成一个进化树进行对比？

问题 输入脚本后报错，python mcscan jcvi 共线性分析报错:ValueError: invalid literal for int() with base 10: ''