... 使用geom_point（）函数进行点的颜色/大小映射 当aes中写之前定义的标签名时 kegg_point<-ggplot(kegg,aes(x=Kegg_pathway,y=Rich_factor))+ geom_point(aes(color=color,size=size),alpha=0.8)+ coord_flip()+scale_color_gradient(low="green",high="red")kegg_point ...
...ci-hub应运而生，深受广大科研工作者的认可和青睐，其使用率颇高。但是每一次都需要复制文献标题，然后再使用Sci-hub网站进行搜索的过程又不太方便。那么，有没有Sci-hub一键下载文献的方法呢？答案是“有”。今天小编就给...
...linux-enabled=false) 解决方案： 意思是说：此linux的内核中的SELinux不支持 overlay2 graph driver ，解决方法有两个，要么启动一个新内核，要么就在docker里禁用selinux，--selinux-enabled=false 重新编辑docker配置文件： vi /etc/sysconfig/dock...
R语言中可以将图片结果保存成pdf、png、tiff等等，具体涉及方法： pdf()、png()、tiff()、svg()..... 以pdf和png进行保存代码如下： 以ggplot2绘图结果 https://www.omicsclass.com/article/92 的图片保存为例 pdf(file = "p.pdf",width =12,height =...
...然选择，而非同义突变则受到自然选择作用。在进化分析中，了解同义突变和非同义突变发生的速率是很有意义的。常用的参数有以下几种：同义突变频率 (Ks)、非同义突变频率(Ka)、非同义突变率与同义突变率的比值(Ka/Ks)。如...
...下精讲结合VIP QQ群及论坛提问，即时解决学习、分析过程中遇到的问题。 培训费用： 11月22日（含）前报名3500元/人，之后3800/人（可开发票）；中午免费午餐，住宿自理，其他问题可加微信“llcheng1314”咨询。 培训时间： 201...
...分析结果。 以Adrenocortical carcinoma为例，在左侧的下拉框中选择对应的疾病，然后在右侧会看到如下所示的柱状图： 每个柱子代表了该疾病不同组学的数据，点击柱子可以下载对应的数据，左侧是详细的分析结果。 1. Clinical A...
...以通过手动下载的方式将矩阵文件下载到对应的工作路径中： 矩阵文件的基本命名格式：GSEXXXXX_series_matrix.txt.gz 为了避免手动整理，可以利用getGEO读取本地本地的矩阵文件，例如（以GSE66597为例）： workdir = "F:/GEO/20180605/do...
...文本 常用选项： -n∶使用silent模式。在一般 sed 的用法中，所有来自 STDIN的信息一般都会被列出到屏幕上。但如果加上 -n 参数后，则只有经过sed 特殊处理的那一行(或者动作)才会被列出来。 -e∶直接在指令列模式上进行 sed ...
R语言中饼图可以由pie()函数完成 也可以由ggplot2包柱状图通过极坐标变化绘制（https://www.omicsclass.com/article/376） 饼图由各扇形组成，如何将各扇形进行叠加绘制成 组合重叠的扇形图呢？可以借助plotrxi包中的fan.plot函数 以dat数据...
这是我的GFF文件 下图是运行程序，运行过程中没报错，但结果文件是空的 这是ID 这是脚本文件 Sirius21小时前 use Getopt::Long;my %opts;use Data::Dumper;GetOptions( \%opts, "in1=s", "in2=s", "out=s", "h" );if ( !defined( $opts{in1} )|| !defined( $opts...
...y/Fonts/Times.ttf') showtext_auto() #调用showtext使其能够在ggsave()中使用 或者可以选择使用cairo_*函数进行结果图片的导出： plotout<-ggraph(layout) + coord_fixed()+ theme_graph() #ggsave(plotout,filename = "PPI.png",width =8,height =6,dpi=300) cairo_pdf("PPI.pdf...
使用说明： $ Rscript $scriptdir/tsne_analysis.r -h usage: /work/my_stad_immu/scripts/tsne_analysis.r [-h] -i filepath -m metadata [-d dims] [-p perplexity] [--theta theta] ...
...组作为一种重要的实验手段每年都会出现在大量高水平SCI中，恨的是安排的学生没接接触过转录组，别说写文章，连公司给的分析结果都看不懂！几万块钱的实验费白白打了水漂。 转录组要是有“说明书”就好了 其实吧，这...
...出现，除非GDC的网站有问题，检测方法有两种： 1. 在R中运行如下命令： > GenomicDataCommons::status() Error in curl::curl_fetch_memory(url, handle = handle) : SSL certificate problem: Invalid certificate chain 从返回的信息看，是由于GDC网站的证书...