找到约 15 条结果

问题 get_gtf.pl 脚本修改请教

老师由于我是ncbi上下的gff文件  格式与ensemble上的有差别 我想提取这段基因的内外含子结构但get_gtf.pl      提出来 这是gff文件第九列信息样子 ID=cds39033;Parent=rna44550;Dbxref=GeneID:105319604,Genbank:XP_011415503.1;Name=XP_011415503.1;gbk...

文章 排序分析PCA、PCoA、CA、NMDS、RDA、CCA等区别与联系

...排序典型例子有RDA CCA等分析;其中RDA就是PCA的约束排序版本,CCA是CA分析对应的约束排序分析方法。 线性模型和单峰模型 所有排序方法都是基于一定的模型之上,这种模型反映物种和环境之间的关系以及在某一环境梯度上的...

问题 请问你R包,RStudio以及Rtools分别使用哪个版本,最新版本

文章 TCGA数据库挖掘-肾细胞癌相关biomiarker筛选案例解析

...行了嫌色细胞癌biomarker基因的挖掘分析,并且利用了多个在线网站工具进行了功能和互作网络方面的验证,最终结合前人的研究和自己的验证分析发现了两个基因SKA1、ERCC6L对于嫌色细胞癌的临床预后可能具备重要作用。 参考文...

文章 CORNERSTONE:用项目管理助推企业转型升级

...每年200多项目,改进前采用传统瀑布式开发,以项目规划版本和组织资源,项目周期平均3个多月。当时面临业务的迅猛发展,产品线数量从10+条需要扩张到20+条。如何在业务迅猛发展下,实现新业务需求的快速交付并灵活响应...

文章 R 或者python读取 hdf5 或者loom文件卡住动;

安装 hdf5  库版本:   hdf5lib-1.8.22  解决 重新安装hdf5r包: python 中出现这个问题,重新安装h5py 指导hdf5库路径,重新安装 HDF5_DIR=/share/work/biosoft/hdf5/hdf5lib pip install --no-binary=h5py h5py

问题 基因家族表达量热图的时候没有找到合适的FPKM文件

...因注释的ID一致,这个时候我可以利用blast本地建库来匹配A种草莓与B种草莓的基因吗?也就是X基因在A草莓有一个ID,B草莓有一个ID,利用序列的相似性对应起来ID,再把鉴定到的A草莓的HSP70家族的ID与B种草莓ID对应起来,再做...

问题 请问怎么从镜像里拷贝pl脚本2.0

...f3_file_to_proteins.pl 请问老师,这两个脚本怎么从镜像里下呢。——————(以下是问题背景)——————课题组服务器让安docker,请问怎么怎么从omicsclass_gene-family镜像里下脚本呢我下镜像文件到本地,解压后是一...

文章 git 取消修改,恢复版本 命令大全 回退命令

#取消对文件的修改。还原到最近的版本,废弃本地做的修改。 git checkout -- <file> #取消已经暂存的文件。即,撤销先前"git add"的操作 git reset HEAD <file>... #修改最后一次提交。用于修改上一次的提交信息,或漏提交...

文章 @程序猿,还在无休止的加班吗?

...。 3、规划迭代 敏捷开发则有所同,可在最小可用版本基础之上,断做功能迭代,断发布新的版本。简单来说就是,先做一个简化功能版本出来,让用户有软件可用,之后再逐步添加更多功能,而非一步到位。这样还...

文章 批量修改进化树中的名称及添加分组名称

...签修改功能,批量的修改名字: 使用的工具是iTOL这款在线软件,可点这里 绘一棵超酷炫的系统发育树 了解iTOL的使用方法。基础的使用方法就再讲述了,只对配置文件进行说明。 配置文件准备 首先来看一下所需要的文...

文章 蛋白序列三维结构预测

...也就是说,所有结构都落在这1393个拓扑内!因此,选择匹配能量最低的拓扑。要求:没要求,比较任性。一般是能同源建模(一致度<30%)的蛋白选用这个方法。

文章 启动子序列提取-EPD真核生物启动子数据库!

...碟;但是对于生信小白来说就难上青天了;过还有一些在线数据库是可供我们查找提取启动子序列之用,常见的比如NCBI,ensembl,UCSC 等等;但小编觉得那些都怎么好用,上周我们其实给大家分享过一个非常好用的植物启动...

文章 碰到奇葩审稿人怎么办?这位作者靠怒怼审稿人登上SCI期刊!

...而三地要求修改, 甚至修改到最后已经完全是之前了版本了, 你还能和颜悦色地接受吗? 正常情况下,虽然我们一肚子火, 但是为了文章能发出去,还是会礼貌而克制地与审稿人进行交流, 但是,在忍无可忍的时候,...

问题 旧转录组数据是否还能重新分析一遍?

老师,你好!我们实验室有一批很早之前的转录组数据,那时公司提供的分析内容很少,而且用的基因组版本也比较久,我想重新分析一遍可以吗?