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问题 基因组注释Braker里面的报错

...m=rnaseq.bam    --cores=$threads    --useexisting      --gff3 --skip_fixing_broken_genes” 报错“# Mon Aug 12 20:10:06 2024: Log information is stored in file /work/work/xsyj/genome_annotation/03.Braker/braker/braker.log ERROR in file /share/work/biosoft/BRAKER/latest/scripts//braker.pl...

文章 ANNOVAR人类各个数据库变异注释结果表格说明

...所在的区域进行注释（exonic, splicing, UTR5, UTR3, intronic, ncRNA_exonic, ncRNA_intronic, ncRNA_UTR3, ncRNA_UTR5, ncRNA _splicing, upstream, downstream, intergenic） Gene.refGene 列出该变异位点相关的转录本（只有功能符合 Func 列的转录本才列出）。如果 ...

文章 Logistic回归模型介绍及使用（附脚本）

...。 使用命令示例如下 Rscript /share/work/fangs/scripts/tcga/logic_batch.r -m metadata_all.tsv -g immu_nes.tsv -v Angiogenesis APM1 B_cell_PCA_16704732 Bcell_receptors_score Buck14_score CD103neg_mean_25446897 CD103pos_mean_25446897 CD8_PCA_16704732 CHANG_CORE_SERUM_RESPONSE_UP CSF1_respons...

文章 玉米根尖热处理单细胞数据分析

...get -c https://ftp.ensemblgenomes.ebi.ac.uk/pub/plants/release-62/fasta/zea_mays/dna/Zea_mays.Zm-B73-REFERENCE-NAM-5.0.dna.toplevel.fa.gzwget -c https://ftp.ensemblgenomes.ebi.ac.uk/pub/plants/release-62/gff3/zea_mays/Zea_mays.Zm-B73-REFERENCE-NAM-5.0.62.gff3.gzwget -c https://ftp.ensemblgenomes.ebi...

问题 绘制circos图，途中不显示共线性基因

...0.69-6/bin/../etc/tracks/link.conf debuggroup summary 12.79s process track_0 link /home/manager/GeneFA/sharegb/cir/link.txt debuggroup summary 12.82s process track_1 link /home/manager/GeneFA/sharegb/cir/genome.txt debuggroup summary 13.02s drawing link track_1 z 15 debuggroup summary 13.02s dra...

文章 NCBI 基因组文件下载——datasets

...据 在这里选择了基因组和gff进行下载，下载的文件在GCA_027406505.1.zip里 ./datasets download genome accession GCA_027406505.1 --include  genome,gff3 --filename GCA_027406505.1.zip 3. 帮助信息 ./datasets --helpData Retrieval Commands  summary     Print a data report...

问题 转录组上游分析之定量比对Hisat2出现内部异常错误

... Extra parameter(s) specified: "?/home/vip6/database/genome/Ensembl/Homo_sapiens/GRCh38_release104/Homo_sapiens.GRCh38_release104.genome" Note that if <mates> files are specified using -1/-2, a <singles> file cannot also be specified.  Please run HISAT2 separately for mates and singl...

问题 芯片探针解读

...的Gene sybmol进行注释，但是有很多Gene sybmol是这样子的XLOC_l2_007835，XLOC_l2_015212这些是什么东西？也不知道它是不是基因，可不可以把它去掉？还有gene sybmol里面有些lincRNA是这样子的lnc-RP11-778D12.2.1-5 这样的拼写是对的吗？

文章 Braker 有转录组数据预测基因 多样本转录组

...                # 线程数#转录组数据#fq1=$datadir/SRR7476717_1.fastq.gz#fq2=$datadir/SRR7476717_2.fastq.gzfq=$datadir/ath.rnaseq.fq.gzest=$datadir/est.chr4.s.faprotein=$datadir/protein.fasta#genome=../genome.softmasked.fagenome=../genome.fa#############################################...

文章 教你如何使用u盘安装Linux系统

...像地址：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/centos/7.9.2009/isos/x86_64/  版本说明 CentOS-7-x86_64-DVD-2009.iso This DVD image contains all the packages that can be installed using the installer. This is the recommended image for most users. CentOS-7-x86_64-NetInstall-2009.iso T...

文章 不同物种基因组之间的比对与可视化

...nt.pdf R dotplot： library(pafr)#library(tidyverse)df <- read_paf("alignment.paf")pdf("alignment.pdf", width = 8, height = 8)dotplot(df)#dotplot(df, label_seqs = TRUE, order_by = 'qstart')可以区分染色体dev.off() 软件 RectChr： 软件下载 git clone https://g...

问题 GEOquery包的getGEO函数无法下载 无法与服务器建立连接

...(GSE, GSEMatrix =TRUE, AnnotGPL=TRUE,destdir=workdir)Found 1 file(s)GSE2685_series_matrix.txt.gztrying URL 'https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE2nnn/GSE2685/matrix/GSE2685_series_matrix.txt.gz'Error in download.file(sprintf("https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/%s/%s/matrix/%s",  :   ca...

问题 GEOquery 下载不了数据

... accession下载数据 ################### >  > workdir = "H:/gene_family/GEO数据挖掘/GES66597" >  > if( !file.exists(workdir) ){ +   if( !dir.create(workdir, showWarnings = FALSE, recursive = TRUE) ){ +     stop(paste("dir.create failed: workdir=",workdir,sep="")) +  ...

问题 泛基因家族分析绘制kaks>1频率分布的热图

可不可以将kaks_greater_than_1_gene_rate.txt中，比值为0.0的WRKY成员删除，然后绘制热图

文章 VirtualBox 中练习安装linux系统centos7

...像地址：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/centos/7.9.2009/isos/x86_64/  版本说明 CentOS-7-x86_64-DVD-2009.iso This DVD image contains all the packages that can be installed using the installer. This is the recommended image for most users. CentOS-7-x86_64-NetInstall-2009.iso T...