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问题 TCGA分析得到的risk score如何用自己的数据进行验证，定量pcr可以吗？

通过学习TCGA生存分析课程，得到了几个基因的risk score，但现在我想用自己的样本进行验证，是不是必须测序，就用定量pcr可以验证吗，该怎么计算？

问题 感兴趣的区域LD热图不包括indel位点？

...在热图中与snp数据同时可视化，类似下图这样。请问应该怎么做，或者需要添加哪些参数？ ps:查看了https://github.com/bgi-shenzhen/ldblockshow上的LDBlockShow说明书里头没有提到有关indel的其他细节说明。

文章 ssGSEA.r 单样本基因集富集分析

...1.1874562.4761380.3660817.347344 -g 基因集  两列数据，第一列细胞类型，第二列为基因 CellType Symbol B cells MS4A1 B cells TCL1A B cells MS4A1 B cells TCL1A B cells HLA-DOB B cells PNOC B cells KIAA0125 B cells CD19 B cells CR2 B cells IGHG1 ...

问题 我在NCBI上下载的CDS数据，在进行提取基因家族的CDS序列时，提取不出来

我看到CDS文件里的ID与基因家族ID不对应，多了前缀和后缀，然后我想询问老师怎么在notepad里批量删除以下的信息

问题 报错出现“Non-unique name 'IRIS_313-7' in the alignment”

请教一下，我在构建进化树的时候出现这个报错，是不是因为我整理数据的时候有重复的单个文件呀？遇到这种情况，我应该怎么处理呢？

问题 如何将基因组序列里的简并碱基变成N或者保留其中一种?

在进行批量indel标记设计的时候，出现如下错误，[ERRO] illegal DNA/RNA/Protein sequence: 248, you may switch on -d/--degenerate or -r/--use-regexp 原因好像是因为基因组序列里有简并碱基，所以怎么处理，使能够正常设计引物

问题 随着PCA数目的增多，GWAS峰值越来越高，显著位点越来越少

我用BLINK模型做GWAS发现，分别将pca=3、pca=5、pca=10作为协变量，曼哈顿图峰越来越明显，但是P值在逐渐降低，而且显著位点也越来越少。PCA的数量该怎么选呢？用群体结构得到的Q矩阵会更好一点吗？

文章 seurat_sc_cluster.r 使用帮助：

...                      out file name prefix [default demo] 单细胞数据分析参考：https://satijalab.org/seurat/articles/pbmc3k_tutorial CCA RPCA整合参考：https://satijalab.org/seurat/articles/integration_rpca

问题 请问，如何将基因家族成员和全基因组复制事件关联起来？

...族成员和全基因组复制事件关联起来，请问这样的关联是怎么做的？我仔细看了文章材料方法部分，但是没有找到关于这种关联的说明，谢谢。 全文链接http://www.plantcell.org/content/early/2013/08/27/tpc.113.113480 Figure 4截图及部分图注...

问题 老师您好，差异甲基化分析中使用CHAMP包时，是如何确定case组和control组啊

group_list=myLoad$pd$Group myDMP <- champ.DMP(beta = myNorm,pheno=group_list) 这里是怎么确定case组和control组啊，我自己对差异后的探针求和，发现好像反了，也不知道如何调整

问题 群体结构分析时，执行代码报错

... = F,  :   unused argument (quiet = T) Execution halted 想问下老师怎么解决，谢谢老师。

问题 老师，问题比较复杂，麻烦您看一下详细的问题描述，小麦基因组

...，我的样有141个，所以用的是生成gvcf文件，现在我应该怎么办啊

文章 TCGA数据库中应该下载哪种表达量数据HTSeq-Counts，HTSeq-FPKM，HTSeq-FPKM-UQ

...分析的话，我建议采用counts ，毕竟有不少的差异分析的软件都是基于counts数，比如edgeR和DEseq2，要求输入的为counts数。 如果是计算样品间的相关性，聚类等，那就可以采用均一化的FPKM,和FPKM-UQ。当然下载counts，之后进行标准化...

文章 5分钟看懂KEGG代谢通路图

...的同学肯定对KEGG代谢通路图不陌生，今天就跟大家分享怎么看懂KEGG代谢通路图，ko、map等开头的代谢图有啥区别？里面的点、线、不同颜色都代表什么含义。 KEGG Pathway分类 一般，KEGG中存在三大类代谢图，每个数据路的pathway...

文章 关于CodeML分析中四种常见模型假设

codeml是PAML软件包下的一个程序，在估算蛋白编码序列同义替换和非同义替换速率以及检测序列是否经受正选择分析中受到广泛应用。对于一棵系统发育进化树，在考虑其不同序列间（site）和不同支系间（branch）的ω值不相同，...