问题 老师您好，我要准备挑选一个物种多个基因的转录本，请问如何选择代表性的转录本以作分析？

问题 基因家族分析meme用了课程虚拟机，装了biolinux（课程中的），运行之后出现了这个问题，请问什么原因

问题 老师，你好！ATAC-seq数据分析中，peak是clean reads拼接后得到的序列么？

问题 在进行docker中blast分析时，请问有谁知道怎么从第一个界面退回第二个界面。

问题 老师您好，做染色体水平基因组组装与注释，没做核型分析，可以推测染色体条数吗

问题 使用单细胞转录组课程中的代码进行GSVA分析时，找不到所关注的通？

源代码里的CP:KEGG通路只有186条，找不到我所关注的比如Th17 分化通路应该怎么办？

问题 转录组代谢组联合分析时，绘制CCA图时代码meta_cca_forward_pr.site

问题 请问老师，我做油菜的一个基因家族，共线性分析没有加倍的基因，发文章会有影响码？

做了四个植物，只有一个有4个基因加倍，其他都没有加倍的。发文章影响吗?

问题 基因家族分析circos里的colline_v2.pl脚本输出文件都是0怎么解决？

三个输入文件都在这里了  perl colline_v2.pl -gff w.gff -list ARF.collinear.pairs -colline w.collinearity -od ./ -name TT

问题 我看了您的《pacbio 三代全长转录组数据分析流程 Iso-Seq 3》文章，想请教一个问题

请问iso-seq3分析的第二步（见上图），引物的去除和barcode的去除，需要一个barcoded_primers.fasta文件，这个文件是接头文件吗？还是应该是固定的？我在https://github.com/PacificBiosciences/IsoSeq3/blob/master/README_v3.0.md这个上面看到的这个文...

问题 老师我在做KAKS分析时，生成的.axt文件对比序列不是三的倍数，我按操作手册的方法，提高的筛选条件，

老师我在做KAKS分析时，cds的fa序列是三的倍数，但生成的.axt文件对比序列不是三的倍数，我按操作手册的方法，perl ../script/KAKS_SHAIXUAN.pl -in1 WRKY_cds_confirmed.fa.fai -in2 WRKY_cds_confirmed_blast.out -out duplication_gene.out，中提高的筛选条件，...

文章 lncRNA调控预测

...者，发挥关键作用的还是编码蛋白的基因。所以，做lncRNA分析的关键是将lncRNA与其他分子进行关联。基于lncRNA能通过不同的作用机理与各类分子进行相互作用，今天我们介绍3个对lncRNA功能进行预测的网站，这些网站操作简单，...

问题 请问小麦基因家族分析电脑内存小，提取的文件是空的，这个问题解决了吗？求指导

但我直提取的1A染色体还是不行，我看回答中说用get_fa_by_id.pl脚本把染色体分隔开，然后合并，具体是怎么操作，求指导

问题 在利用GAPIT做GWAS分析的时候，到第二步可视化绘图的时候出error

表型文件没有问题 但是可视化结果会error，qq图可以生成，但曼哈顿图则无法生成

问题 老师我的基因结构分析structure，得出的gene_exon_info.gff是空的

get_gene_exon_from_gff.pl 这是我的脚本能帮我看看吗？