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文章 linux系统中docker镜像下载失败解决办法

...”。将页面中展示的加速器地址记下来，例如 https://<your_id>.mirror.aliyuncs.com。 2.2、配置 Docker 客户端 在 Linux 或 Ubuntu 上，可以通过修改 Docker 配置文件来使用该加速器。具体步骤如下： 例如，如下，大家也可以直接使用...

问题 使用get_gene_length_from_gtf.py脚本统计基因长度时报错

...就报错了 报错信息如下 Traceback (most recent call last):   File "../script_new/get_gene_length_from_gtf.py", line 48, in <module>     kvs=get_value(tmp[8])   File "../script_new/get_gene_length_from_gtf.py", line 36, in get_value     k,v=re.split(r'\s+',i) ValueError: to...

问题 使用vcftools过滤vcf文件缺失位点时报错

#代码 vcftools --gzvcf xxx.vcf.gz --max-missing 1.0 --recode --stdout | gzip -c > xxx.recode.vcf.gz #报错 Error: Require Genotypes in variant file to filter by frequency and/or call rate

问题 同学，你这个问题解决了吗

... /biosoft/MCScanX/MCScanX/MCScanX ST_AT 得到以下结果 Reading BLAST file and pre-processingGenerating BLAST list170 matches imported (1 discarded)44 pairwise comparisons0 alignments generatedPairwise collinear blocks written to ST_AT.collinearity [0.013 seconds elapsed]Writing multiple synten...

文章 Python模块导入的 路径索引

...th可以在代码中通过sys模块进行暂时修改: sys.path.append(“your_path”)#添加sys.path.remove(“your_path”)#删除

文章 Linux常用命令(目录、文件、权限)——适合新手小白

 关于目录常用的命令： 新建目录：mkdir  （Make Directory） 删除目录：rmdir  只能删除空目录(Remove Directory) ；rm -r (Remove) 查看目录：less 切换目录：cd   (Change Directory） 创建软连接：ln -s 复制目录：cp - r (copy) 当前目录：./ ...

文章 linux 硬盘分区 格式化 挂载

...iB  8300  Linux filesystemCommand (? for help): w    #保存  Final checks complete. About to write GPT data. THIS WILL OVERWRITE EXISTINGPARTITIONS!!Do you want to proceed? (Y/N): y   #确定写入OK; writing new GUID partition table (GPT) to /dev/sdb.The operation has completed successful...

文章 maftools|突变数据可视化-瀑布图绘制及脚本使用

...fault mutect2] -o outdir, --outdir outdir output file directory [default cwd] -H height, --height height the height of pic inches [default 7] -W width, --width width the width of pic inches [default 10] 只需指定-p参...

文章 IGV可视化使用

...用：         首先点击Genomes选项，选择Create .genome.File         打开之后，按照下图填写对应的信息         注意：原始的fasta文件要经过samtools工具处理建立一个后缀为.fai的文件（方法参考：https://www.omicscl...

文章 python代码到pubmed上搜索关键字，统计每年发文章数量

...cutor, as_completed # 设置你的邮箱（NCBI 要求） Entrez.email = "your_email@example.com" Entrez.tool = "PubMedYearStatsTool" def search_pubmed(keyword, retmax=10000): print(f"Searching PubMed for '{keyword}'...") handle = Entrez.esearch(db="pubmed", term=keyword, retmax=retmax, da...

文章 linux给用户添加sudo权限

...行root ALL=(ALL) ALL的下一行，按a，进入append模式，输入 your_user_name ALL=(ALL) ALL 这样就把自己加入了sudo组，可以使用sudo命令了。 3) 默认5分钟后刚才输入的sodo密码过期，下次sudo需要重新输入密码，如果觉得在sudo的时候输入...

文章 TCGA数据下载—TCGAbiolinks包参数详解

...ta.category, data.type, workflow.type,  legacy = FALSE, access, platform, file.type, barcode, data.format,  experimental.strategy, sample.type) 官方的参数说明比较简单： 简单的使用举例： query <- GDCquery(project = "TCGA-ACC",                  data.category = "C...

问题 老师，Blastall 报错的问题

...               [11:41AM] [blastall] WARNING: Unable to open output file mcscan/AT.blast: [blastall] FATAL ERROR: BlastFormattingInfoNew returned non-zero status 没能找到解决办法，是不是电脑性能的问题呢？

问题 使用NCBI下载的基因组和gff文件进行基因家族分析时，保留编码蛋白基因的命令似乎无法识别NCBI的gff文件（描述中为日志，图片为尝试获取的gff文件）

...oft/perl/perl-5.22.1/lib/site_perl/5.22.1/auto/share/dist/AGAT/config.yaml file 07/31/2024 at 13h07m54s usage: /share/work/biosoft/perl/latest/bin/agat_sp_filter_feature_by_attribute_value.pl --gff Branchiostoma_floridae.gff.gz --attribute gene_biotype --value protein_coding -t ! -o Branchiostoma_...

问题 mcscanx计算kaks问题

...sudo] password for manager:  rm: cannot remove ‘temp7734.*’: No such file or directory 不知道什么原因？问了一个月了没有任何回复