问题 构建进化树bootstap值自动变动及结构域的选择

 请问构建进化树分析的时候显示bootsta值自动调整了这个有影响吗？是继续分析吗？ 另外视频里看到挑选出来的短的结构域会选择不要 ？ 如图几个短的结构域都验证过 在视频分析前期看到会选择删除，请问大概多短的结构...

问题 请问老师植物叶绿体基因组数据GFF和CDS等怎么下载？

请问老师做叶绿体共线性分析可以用组学上基因家族分析上的物种间的共线性分析方法做吗？请问老师下面这个图的共线性分析用什么方法做的？

问题 老师您好，我在使用组学大讲堂docker镜像进行转录组分析时遇到问题

使用get_gene_length_from_gtf.py这个脚本生成gene_length文件时，发生以下错误： raceback (most recent call last):  File "get_gene_length_from_gtf.py", line 50, in <module>    kvs=get_value(tmp[8])  File "get_gene_length_from_gtf.py", line 37, in get_value    k=g.group(...

问题 老师们，想问一下我有留下来的snp数据，需要用snp2caps分析酶切位点，这个软件如何使用

导入了最新的内切酶，我的Excel数据导入哪里

问题 kegg注释问题

请问老师我是做的苹果蛋白组，kegg分析时是要选择苹果的kegg库进行分析吗？公司给我分析的好多都富集到动物、疾病还有真菌了呢？还说不能单独选择植物库。谢谢。

问题 在基因家族分析的时候，利用GFF文件中geneID与mRNA的对应关系的脚本进行运行时出现如下无效的错误，求指教

首先，好像是不是因为缺parent的缘故而造成的无效 GFF文件如下 我看之前的GFF文件其中有mRNA，想着是不是这个的原因，然后把transcript替换成mRNA，如下，还是出现以上错误。求老师帮忙看一下

问题 基因家族分析-家族成员鉴定-下，gff3中mrna的ID号比pep中的多一个后缀怎么删除？

这两个文件是可以做出来的在这一步的时候我的gff3文件中mRNA，CDS，ID号是有后缀的（mRNA中多一个后缀为t1或者t2、t3，CDS中多了CDS1、2、3之类的），pep文件中没有这些后缀，导致这一步代码做出来的文件只是一行基因名称，并没...

文章 OrthoFinder 输出结果文件说明

...录了每个 Orthogroup 中基因在物种间的分布情况，可以用于分析同源基因在物种间的收缩和扩张。 Orthogroups_SingleCopyOrthologues.txt：记录了 单拷贝直系同源组。 2. Orthogroup_Sequences 文件夹 均为 FASTA 格式文件，记录了每个 Orthogroup 所...

问题 黄老师，基因家族共线性绘图时，自己所要分析物种的染色体文件family.ctl和MADS_box_family.txt从哪里下载？

问题 老师你好，我想问下，在做基因家族分析时，我的无参转录本里的unigene是核苷酸序列，不是蛋白质序列，这种情况应该怎么办呢？

问题 不同物种共线性分析时，出现以下报错信息怎么解决呢？no such file or directory /biosoft/miniconda/miniconda2/bin/python

问题 老师您好，docker和virtualbox不能安装在同一台电脑上，想问一下老师，biolinux里面基因家族分析的代码能不能在docker的基因家族镜像里使用？

问题 请问老师，GEO数据分析时，运行gset = getGEO(GSE, GSEMatrix =TRUE, AnnotGPL=FALSE,destdir=workdir)时，遇到如图中报错，该如何处理呢？

问题 看您的基因家族分析课程，aln文件转成axt文件，利用kaks转换时老出现如下no such file or ...，请问该怎么解决呢？

问题 老师好，我从转录组结果中筛选MYB转录因子，遇到相同的symbol号或者MYB名字，请问做基因家族分析的时候，怎么筛选和过滤MYB呢？