问题 进行宏基因组分析组装这一部分，比对 reads，生成未比对 BAM 文件时很慢

运行了这个代码minimap2 -t 12 -ax sr \   /work/demo/4.assemble/megahit/${i}/${i}.contigs.fa.min \   /work/demo/1.host_del_and_qc/cleandata/${i}_1.fastq \   /work/demo/1.host_del_and_qc/cleandata/${i}_2.fastq \ | samtools view -@ 12 -b -f 12 -o /work/demo/4.assemble/megahit/${i}/${i}_unm...

文章 monocle3手动选取细胞发育轨迹分析

接之前分析： 1.玉米根热胁迫单细胞转录组复现 2.玉米根单细胞转录组细胞类型注释代码 3.热胁迫处理玉米根单细胞转录组差异基因分析 4.单细胞拟时序分析monocle2-代码 5.单细胞转录组拟时序-monocle3分析代码 monocle3相对于m...

文章 几个样品的转录组文章很难发了？这篇文章一定能给您启示

...根的酚酸类物质含量测定结果 转录组数据概述及标准分析 测序数据概述：5个样品下机数据经过滤之后分别得到了27M~41M不等的reads（Hiseq 2000，PE100），换算成碱基数量，相当于5.4G~8.2G的clean data。利用Trinity软件组装得到了55588...

问题 选择非冗余基因模板的自比对，pangene与pangene两个文件进行共线性分析，时间太长应该怎么办？

输入命令‘nohup python3 -m jcvi.compara.catalog ortholog pangene pangene --cpus 5 --no_strip_names --cscore 0.99 > output.log 2>&1 & ’后，截图如下： 从6月2号起，就不动了，已经运行了6天，没有报错，请问该怎么办？

问题 基因家族分析中的在界定完基因家族后，序列比对是只用基因的domain序列来比对？那有时如何从整个基因序列截取出domain序列的？

问题 你好！我在Rstudio中做cox分析时由于数据量巨大，有37万之多，目前代码已经运行了一天还在运算，请问这么长时间正常吗？谢谢了

问题 基因家族分析Ka/Ks时，在把aln文件转换成axt文件时，运行Linux命令遇到no such file or directory该怎么解决

问题 老师，您好，我在进化树分析的文件格式转化的过程中遇到了问题，就是命令运行结束，ll发现没有文件出现，这里我有的不会，还请老师指点一下

问题 老师，我在做基因结构分析的时候，有的基因上没有这10个保守结构域中的任何一个，这是为什么啊？是我哪里做错了吗？

问题 请问在进行利用脚本得到对应基因的蛋白序列，出现打不开这个文件是什么情况，我换另一个电脑就可以进行分析，是电脑设置的问题吗

问题 请问老师单倍型分析结果中，我怎样确定block区间，如下图。请老师解答哪些标记划分为block1，哪些标记划为block2

问题 老师，分析基因的在染色体上的外显子，内含子，UTR位置信息时，

一共运行了两个脚本：gffread  ../Arabidopsis_thaliana.TAIR10.41.gff3 -T -o Arabidopsis_thaliana.TAIR10.41.gtf和perl ../script/get_gene_exon_from_gff.pl -in1 WRKY_domain_new_out_removed_redundant.txt -in2 ../Arabidopsis_thaliana.TAIR10.41.gff3 -out gene_exon_info.gff，那么第一个叫...

问题 微生物多样性分析课程：运行r脚本出错 ，提示there is no package called ‘getopt’

运行r脚本：species_accumulation_curve.r  -i $workdir/4.export_data/feature_table_tax_rare.txt       -n species_accumulation_curve   出错，提示： Error in library(getopt) : there is no package called ‘getopt’ Execution halted 请问老师，这个r脚本是需要调用getopt...

问题 老师 您好， 我在分析有参RNA-seq数据，hisat2-build 构建索引的时候遇到如下报错

我使用的命令是这样：hisat2-build -p 2 --ss splicesites.tsv --exon exons.tsv $fa $HISAT2Index；  对应的变量都已经赋值了，报错如下：

问题 关于treemix的几个问题

...做出来的图，我的图标太大了，跑到了图外面，根本显示不全；而且，字有重叠，不美观；似然树的红黄图标都压着主图了，想调到主图的左边。用什么办法可以调整呢? 2.当热图中的SE为0 时，就表示我设定的基因迁移次数，和...