问题 基因流分析时，treemix.r报错

[root@1cea8aa143bc  23:58:21 /work/3.map/vcf]# Rscript treemix.r -i treemix -o ./ -e 1 -r pop WARNING: ignoring environment value of R_HOME --> Q&A for bioinformatics, please visit the website: https://www.omicsclass.com/ --> R beginners ? I suggest your  learning  R language: https:...

文章 bedtools求交集

Bedtools是处理基因组信息分析的强大工具集合，其中 intersect 函数可以求区域之间的交集。 其用法： bedtools intersect [OPTIONS] [-a|-abam]-b BED 输入文件是bed格式，至少三列，分别是染色体，起始位置(0-based,  包括)，终止位置  (1-b...

文章 从TCGA数据库中下载指定类型样本的数据

...据中包括了癌症相关各种类型的样本，而有时候我们只想分析其中的一种样本的数据，那该如何下载指定类型的数据呢？ 其实可以用TCGAbiolinks 软件包中的GDCquery 函数，指定sample.type 去筛选样本。 比如：需要下载实体瘤组织的...

文章 hclust_analysis.r 转录组数据层次聚类分析

使用说明： usage: hclust_analysis.r [-h] -i filepath [-d distance] [-m method] [-T top]                         [-S] [-M max.nc] [-k bestk] [-s size] [-a alpha] [-e]                         [-L] [-X label] [-Y label] [-t label] [-o path]                    ...

问题 请问大家有用过SWAAP这个正选择滑窗分析的软件的吗，求下载地址，实在是找不到！文献中有给出链接，但是全部无法打开。

问题 利用LTRharvest分析基因组全长LTR反转座子，第二步运行的时候总是出现不能打开一个带有.esq后缀的文件，请问这种情况该怎么解决？

问题 老师，共线性分析可以全部用蛋白ID做吗？因为我看视频里面做拟南芥的组内共线性都是用的基因ID

问题 在基因家族分析过程中，确定结构域的时候发现一个算是该基因超家族但不是该基因家族的成员，那这个算是该基因家族的成员吗

问题 老师您好。做GSEA分析图，我在上传文件 的时候。文件名是.gct。出现下图所示这样的错误，请问是什么原因呢?怎么处理？

问题 老师好！安捷伦的双通道芯片在标准化后是否可以通过limma包eBayes的方法进行两比较组间的差异分析呢？

问题 老师好！我想问下在进行TreeMix分析中，想设置外缘群体（outgroup）,是不是直接在代码中加-root参数，然后添加外缘群体的样本名？

问题 泛基因，SV ，VCF文件格式为4.2 ，没有课程里要求的SUPP_VEC和SVLEN信息，怎么改？会影响后面分析吧？

这个是我的VCF文件，注释信息里也没有课程要求的信息，应该怎么弄？

问题 选择非冗余基因模板的自比对，pangene与pangene两个文件进行共线性分析，时间太长、任务停止了应该怎么办？

Load file `pangene.pangene.last.P98L0.inverse`  我看到日志文件里卡到了这一步，应该怎么办？请问老师，杀死进程重新运行：先删除中间文件，再修改参数，对吗？应该怎么修改参数？谢谢

问题 泛基因家族分析数据准备里面，运行命令保留最长转录本结果都会报错，说是找不到文件，但文件存在在data目录下， ./.gff3.gz does not exist，Please verify the input file name/path

用的是泛基因组分析2.0，泛基因家族分析数据准备里面，运行命令保留最长转录本结果都会报错，说是找不到文件，但文件存在在data目录下 前面的建立批量链接也没有报错 影响到后面的命令都是报错找不到fa.gz或者gff3.gz

问题 有参转录组分析，合并样本count值文件报错。

python $scriptdir/merge_gene_count.py -p all_gene_count -f normal_rep1_gene.tsv -l normal_rep1 -f normal_rep2_gene.tsv -l normal_rep2 -f normal_rep3_gene.tsv -l normal_rep3 -f tumor_rep1_gene.tsv -l tumor_rep1 -f tumor_rep2_gene.tsv -l tumor_rep2 -f tumor_rep3_gene.tsv -l tumor_rep3 Traceback (most...