问题 GSE13015提供的标准化后的表达值有负值，能否直接用来做WGCNA分析，还是要做其他预处理？ 请各位老师帮忙解答下，感激不尽！

GSE13015提供的标准化后的表达值有负值，而且有表达值间相差较大，这是什么原因，看了下芯片好像也是单通道的芯片，能否直接用来做WGCNA分析，还是要做其他预处理？ 请各位老师帮忙解答下，感激不尽！

问题 老师我在做泛基因家族分析里面的泛基因列表构建，生成last.txt文件非常慢，帮忙修改命令

老师我在做泛基因家族分析里面的泛基因列表构建，cd 03.jcvi-pan-vs-genome cat ../01.jcvi/pangene_filter.*.last | grep -v "^#" > last.txt 这一步，由于我的基因组较多，买的云服务器磁盘空间不够，无法运行这一步，就改为find ../01.jcvi -name "pa...

问题 请教各位老师，转录组测序出现了map率和外显子比对区域低的情况，没找到别的注释文件，推荐往下继续分析吗？

样本为水产动物

问题 单细胞测序数据对合并后的样本进行聚类分析时报错

老师您好！我在对整合后的单细胞测序数据进行降维聚类时，执行该代码后报错Rscript $scripts/seurat_sc_cluster.r --rds all.sample.merged.rds  \  --resolution 0.5 -d 30 \  -p pbmc   -o pbmc 报错内容为：Error: cannot open file '/share/work/biosoft/R/R-v4.0.3/...

问题 基因家族分析课程中，get_gene_weizhi.pl脚本运行后导出文件为空

老师您好， 我在“6.预测基因家族成员的顺势作用元件” 一课中，运行代码perl script/get_gene_weizhi.pl -in1 id.txt -in2 Cucumis_sativus.ASM407v2.41.gff3 -out gene_weizhi.txt后，导出文件为空。我检查了id文件和gff3文件的基因标签是一致的，以下...

问题 基因家族串联重复基因 tandem和segmental的区别与联系？

第一条：《基因家族分析实操课程》里面面的串联重复基因的分析结果,分析的结果只有串联重复基因，串联重复基因于tandem和segmental是不是一个意思啊？ 第二条：MCScanX最后分析的结果是一样的吗？MCScanX里面还有tandem和segmental...

文章 一行代码检查GWAS分析中表型数据的错误

在进行GWAS分析时，如果表型数据出现了数字或NA以外的其他字符，在分析时就容易报错。 但是表型性状一般都信息非常多，肉眼难以检查出错误，那接下来带大家用一行代码来检查表型数据的错误。 随机构建一个表型数据如...

问题 有参转录组分析第五步5.deg Error in newCountDataSet报错

老师，您好： 我在做有参转录组的数据分析的过程中，第五步发现一个问题。请老师帮忙解答一下，万分感谢。  [ reached getOption("max.print") -- omitted 4 rows ] [1] "create DEG_list object is over" [1] "the number of origin gene is 27781" [1] "the numb...

问题 老师，您好，我想请教一下，在做生存分析的时候，为什么训练集和测试集要对半分啊？有一些又是70%和30%的分法？

问题 在做基因家族分析时，画circos图的时候，只画出了一半，背景没有，基因标签也没有，路径额检查了，出现了下面的报错

问题 全基因家族分析获得基因在染色体上的位置信息时，为什么在2A.2B2D上没有出现基因，表格中是有的呀？谢谢

问题 老师你好，我是从NCBI下载的GFF文件，在做基因结构分析的时候，UTR没有标注，只能提取出来CDS区域，请问如何添加UTR区呢？

问题 老师您好，我弄基于转录组的基因家族分析时，我已经知道了基因家族的id，如何从CDS的fasta文件中提取出序列。

问题 WGCNA分析，导出cytoscape的.nodes文件 但是打开txt文档里面的内容是空白的，代码中参数有基因的名字，恳请各位大佬帮忙解决问题。

问题 老师您好，请问不同GSE号的数据可以联合起来做WGCNA分析吗？该如何将不同的Gene_expressionMatrix文件都加载进去？谢谢老师。