问题 老师，比如说我要做两个物种基因家族的对比分析，那我要不要选一个中间物种与这两个构建成一个进化树进行对比？

问题 输入脚本后报错，python mcscan jcvi 共线性分析报错:ValueError: invalid literal for int() with base 10: ''

问题 为什么在做进化树分析的时候，有的文章使用19条蛋白序列而有的文章是20条（同一个物种，同样的蛋白）？

问题 老师，我在做dadi分析的时候，发现没有代码里显示的easySFS.py的脚本，给的文件里也没有，就一直报错

问题 重测序中SNP分析

老师，我在执行指令时 Rscript $scriptdir/var_density.R -i snp.unknown_multianno.vcf  -b 1000000 -c "darkgreen,yellow,red" -t "SNP Density" Rscript $scriptdir/var_density.R -i indel.unknown_multianno.vcf  -b 1000000 -c "darkgreen,yellow,red" -t "INDEL Density" 无法生成图例，而...

问题 重测序中SNP分析

老师，我在执行指令时 Rscript $scriptdir/var_density.R -i snp.unknown_multianno.vcf  -b 1000000 -c "darkgreen,yellow,red" -t "SNP Density" Rscript $scriptdir/var_density.R -i indel.unknown_multianno.vcf  -b 1000000 -c "darkgreen,yellow,red" -t "INDEL Density" 无法生成图例，而...

问题 生存分析datExpr数据的bcr_patient_barcode列是 . 号分隔，后续报错

我的文件里都是-符号，结果输入进来就变成了 . 号。并且在进行下一步 # 3. 合并临床信息和表达量信息############################################################clin <- clin[clin_info$bcr_patient_barcode %in% datExpr$bcr_patient_barcode,]exprSet<-merge(clin_...

问题 感谢老师，老师我在安装docker的时候照着您的win10 专业版，也开启虚拟化和hyper。但是我在安装的过程中并没有三个选项，我只勾选了一个选项。而且老师您发的文章docker下载页面已经发生改变我不知道有没有下载正确，安装后无法启动，显示内存太小，我想知道只是我内存的问题嘛还是,我安装和下载也有问题。感谢老师，辛苦您了。

问题 edger差异分析，如何查询分组差异的结果

...sizes=FALSE]##归一化TMM y <- calcNormFactors(y,method = 'TMM')#差异分析 #design <- model.matrix(~groups) ###计算离散度,估计离散值（Dispersion） ##估算方法1 #y <- estimateDisp(y,design)####一次性计算common dispersion和tagwise disperson ##估算方法2， y <- ...

问题 在进行聚类分析时，如何将自己的tsv文件生成qs文件

运行代码Rscript $scripts/seurat_sc_cluster.r --rds Meristematic.qs  \ --sctransform \ --integrate.method seuratIntegration --batch.id stim \ --resolution 0.5 -d 30 \ -p Meristematic.seuratIntegration.sctransform -o Meristematic.seuratIntegration. 出现Error in UseMethod(generic = "A...

问题 基因家族分析circos时显示基因基因数目超出最大值怎么办

You have asked to draw [32780] links from file       /home/manager/gene_family/circos/genome.txt   but the maximum is currently set at [25000]. To increase this number change   max_links in etc/housekeeping.conf. Keep in mind that drawing that many links   may create an image that is too...

问题 在进行家族基因共线性分析时，发现五十几个基因却有一百多个共线性对这是正常的吗？

发现他57个基因有99个大片段复制，看了一下文件，发现它有些是A同时对到B、C、D、E；然后B再对到C、D。这样是正确的吗？会不会重复了，导致共线性对太多？

问题 基因家族分析共线性的时候没有大片段复制的基因对 正常吗

老师您好：         我是根据docker课程学习基因家族，做自己的物种，共鉴定到22个HSP70基因，，到MCScanX的时候，使用excel的vlookup函数，找到一对串联重复的基因，但是没有大片段复制的基因，作图时也没有红色的线条，，，...

问题 请问利用MCScan软件进行共线性分析时，输入的蛋白序列是所有转录本的蛋白序列，还是最长转录本的蛋白序列？谢谢啦

问题 做某基因家族共线性分析产生.collinearity 和.tandem这两个文件，但是.collinearity文件是空的，另一个不是空的，这说明什么呢