文章 ggforestplot error: Error in assertAndRetrieveTidyValue(x, mean) : argument "x" is missing, with no default

...orestplot) library(ggforestplot) library(tidyverse) library(magrittr) df_linear <- df_linear_associations %>% dplyr::arrange(name) %>% dplyr::filter(dplyr::row_number() <= 30) # Forestplot forestplot::forestplot( df = df_linear, estimate = beta, logodds = FALSE, colour = ...

文章 Seqtk | 一个快速处理FASTA和TASTQ文件的工具

...举例： 01. 将FASTQ格式文件转换成FASTA格式； seqtk seq -a in.fq.gz > out.fa 02. 将FASTQ（Illumina 1.3+）格式文件转换成FASTA格式，并将质量低于20的碱基位点（base）转换成小写或N； seqtk seq -aQ64 -q20 in.fq > out.fa    #将质量低于20的...

问题 Use of uninitialized value $l in numeric lt (

bcftools mpileup -Ou -f 02428.genome.fa I662_sorted_dedup_reads_realigned.bam.recal.bam| bcftools call -c| vcfutils.pl vcf2fq -d 10 -D 100 | gzip > 3dilpoid.fq.gz 做PSMC的准备文件vcfutils.pl vcf2fq总是报错Use of uninitialized value $l in numeric lt (<) at vcfutils.pl line 566. 

问题 老师，cellranger count 报错：job failed in stage code怎么解决

文章 过滤fasta文件

...重复的手动删除。 脚本运行命令： perl  fasta.filter.pl  -in in.fasta  -o out.fasta 其中 ： fasta.filter.pl：脚本名称； -in：输入选项，后跟输入文件名称； -o：输出选项，后跟输出文件名称。 脚本如下： use Bio::SeqIO;use Bio::Seq;use Ge...

问题 braker报错

# Tue Jan 16 17:02:31 2024: Did not find environment variable $AUGUSTUS_BIN_PATH (either variable does not exist, or the path given in variable does not exist). Will try to set this variable in a different way, later. # Tue Jan 16 17:02:31 2024: Trying to guess $AUGUSTUS_BIN_PATH from $AUGUSTUS_CON...

问题 提取蛋白编号信息

...还得请教老师来解决，谢谢 use Bio::SeqIO;use Bio::Seq;my$in = Bio::SeqIO->new(-file => "$ARGV[1]" , -format => 'Fasta');my$out = Bio::SeqIO->new(-file => "$ARGV[2]" , -format => 'Fasta');my%keep=();open IN, "$ARGV[0]" or die "$!";while(<IN>){chomp;next if /^...

文章 Linux中for循环使用

这里简单总结一下Linux中for循环的一些用法。 第一类：数字性循环-----------------------------for1-1.sh #!/bin/bash for((i=1;i<=10;i++)); do echo $(expr $i \* 3 + 1); done -----------------------------for1-2.sh #!/bin/bash for i in $(seq 1 10) d...

问题 老师，您好，我用cytoscape conet绘制微生物网络图，用原始biom文件还是txt文件均报错，报错内容为java.lang.NumberFormatException: You did not specify the row and column number of the matrix correctly! 请问是什么原因，

问题 老师，我在用GATK的VariantFiltration过滤SNP的时候，遇到了报错java.lang.IllegalArgumentException: Inconsistent number of provided filter names and expressions: names=[PASS, my_snp_filter] exps=[QD < 2.0 || MQ < 40.0 || FS > 60.0]

文章 R安装报错：configure: error: --with-readline=yes (default) and headers/libs are not available

这个错误表示在编译某个软件时，没有找到 readline 库。Readline 库提供了命令行交互式输入的功能，很多软件都依赖它。要解决这个问题，您可以按照以下步骤进行操作： 检查 readline 库是否已经安装。可以使用以下命令来检查...

问题 是没有gene-family了嘛

...mily:v1.0.1 What's next:     View a summary of image vulnerabilities and recommendations → docker scout quickview omicsclass/gene-family:v1.0.1 Error response from daemon: pull access denied for omicsclass/gene-family, repository does not exist or may require 'docker login': denied: request...

问题 Error in getopt(spec) : flag "l" requires an argument怎么处理

文章 An introduction to PERMANOVA and ANOSIM

PERMANOVA（Permutational Multivariate Analysis of Variance）和 ANOSIM（Analysis of Similarities）都是用于分析和比较群组间多元数据差异的统计方法。它们特别适用于生态和环境科学领域，但也可应用于其他需要分析复杂数据集的科学研究。这两...

文章 R语言绘制差异表达火山图

...ang, Z., & Wade-Martins, R. (2024). Single-cell spatial transcriptomic and translatomic profiling of dopaminergic neurons in health, aging, and disease. Cell reports, 43(3), 113784. https://doi.org/10.1016/j.celrep.2024.113784