问题 为什么docker下载不了第三方镜像？显示这样Using default tag: latest What's next: View a summary of image vulnerabilities and recommendations → docker scout quickview biocontainers/samtools Error response from daemo

文章 亚型划分比较波浪图（桑基图）绘制

...y of Cancer上的影响因子为13.75的文献《m6A modification patterns and tumor immune landscape in clear cell renal carcinoma》中，作者利用桑基图来描绘m6A簇、免疫亚型和m6A score的变化（B图）。 桑基图的绘制 为了使大家能更简便快捷地绘制出精美...

问题 报错Error in plot.new() : figure margins too large怎么解决

跟老师的直播课上的做柱状图的视频中，转化完矩阵后，运行barplot时， 出现报错，不知道怎么解决。 > barplot(t,col=mycol[1:nrow(t)],ylab="Relative abundance ") Error in plot.new() : figure margins too large

问题 重测序circos运行失败

... CIRCOS ERROR ***       cwd: /work/my_reseq/8.circos       command: /share/work/biosoft/circos/latest/bin//circos -conf       /work/my_reseq/8.circos/circos.conf -outputdir /work/my_reseq/8.circos       -outputfile circos   CONFIGURATION FILE ERROR   Could not parse value...

文章 eQTplot包绘图报错解决：“Caused by error in `db_collect()`”

使用eQTplot包绘图时报错“Caused by error in `db_collect()`”： 大概查询了一下，应该是eQTplot需要调用dbplyr去查询ensemble数据库，dbplyr的功能描述——远程数据库查询： 最新版本的dbplyr和BiocFileCache存在不兼容的问题，对此官方...

文章 基因家族分析课程更新2.0

...参考文献： Zhang, Z., Xiao, J., Wu, J., Zhang, H., Liu, G., Wang, X. and Dai, L. (2012) ParaAT: A parallel tool for constructing multiple protein-coding DNA alignments, Biochem Biophys Res Commun, 419(4):779-7 trimAl: a tool for automated alignment trimming in large-scale phylogenetic analyse...

问题 cellranger count 报错：job failed in stage code怎么解决

问题 请问，有些文献中，给出的KME值，在WGCNA教程中，生成的"10_GS_and_MM.xls"文件中，哪个和它是对应的？比如下图所示。文献链接如下：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5429000/

文章 过滤fasta文件

...重复的手动删除。 脚本运行命令： perl  fasta.filter.pl  -in in.fasta  -o out.fasta 其中 ： fasta.filter.pl：脚本名称； -in：输入选项，后跟输入文件名称； -o：输出选项，后跟输出文件名称。 脚本如下： use Bio::SeqIO;use Bio::Seq;use Ge...

文章 ggforestplot error: Error in assertAndRetrieveTidyValue(x, mean) : argument "x" is missing, with no default

...orestplot) library(ggforestplot) library(tidyverse) library(magrittr) df_linear <- df_linear_associations %>% dplyr::arrange(name) %>% dplyr::filter(dplyr::row_number() <= 30) # Forestplot forestplot::forestplot( df = df_linear, estimate = beta, logodds = FALSE, colour = ...

文章 Seqtk | 一个快速处理FASTA和TASTQ文件的工具

...举例： 01. 将FASTQ格式文件转换成FASTA格式； seqtk seq -a in.fq.gz > out.fa 02. 将FASTQ（Illumina 1.3+）格式文件转换成FASTA格式，并将质量低于20的碱基位点（base）转换成小写或N； seqtk seq -aQ64 -q20 in.fq > out.fa    #将质量低于20的...

文章 Linux中for循环使用

这里简单总结一下Linux中for循环的一些用法。 第一类：数字性循环-----------------------------for1-1.sh #!/bin/bash for((i=1;i<=10;i++)); do echo $(expr $i \* 3 + 1); done -----------------------------for1-2.sh #!/bin/bash for i in $(seq 1 10) d...

问题 Use of uninitialized value $l in numeric lt (

bcftools mpileup -Ou -f 02428.genome.fa I662_sorted_dedup_reads_realigned.bam.recal.bam| bcftools call -c| vcfutils.pl vcf2fq -d 10 -D 100 | gzip > 3dilpoid.fq.gz 做PSMC的准备文件vcfutils.pl vcf2fq总是报错Use of uninitialized value $l in numeric lt (<) at vcfutils.pl line 566. 

问题 老师，cellranger count 报错：job failed in stage code怎么解决

问题 braker报错

# Tue Jan 16 17:02:31 2024: Did not find environment variable $AUGUSTUS_BIN_PATH (either variable does not exist, or the path given in variable does not exist). Will try to set this variable in a different way, later. # Tue Jan 16 17:02:31 2024: Trying to guess $AUGUSTUS_BIN_PATH from $AUGUSTUS_CON...