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文章 mcscanX基因组内共线分析输出结果解读

...件,这里给大家解释一下,方便从结果文件中找到想要的信息: 1.T.tandem  基因组内所有的串联重复基因对 2.T.collinearity  基因组内所有的共线性区块,每一个alignment就是一个共线性区块,且区块里面的基因一一对应; 3.T.html...

文章 canda 安装的jcvi 遇到字体错误: UserWarning: findfont: Font family [u'sans-serif'] not found. Falling back to DejaVu Sans (prop.get_family(), self.defaultFamily[fontext]))

...atplotlib/fontList.json文件存储了matplotlib运行是会调用的字体信息;出现上述错误说明该文件中必然没有Helvetica相关的信息,或者对应的Helvetica.ttf文件;2. 在网上下载一个Helvetica.ttf文件,放在matplotlib的font目录(***/matplotlib/mpl-data/fo...

文章 bioperl批量计算蛋白质分子量等电点pI

...因家族分析,有时候我们想知道蛋白质的分子量和等电点信息还有基因的长度信息,这个时候我们一般会利用一个在线网站只要输入蛋白序列就可以:蛋白分子量分析:ExPASy (http://web.expasy.org/protparam/)来计算: 但是这个网...

文章 KEGG富集分析弦图绘制

...篇论文中的弦图(下图所示),首先该图总体想要传递的信息为不同基因所对应的KEGG通路,其次细分下来还包含了不同样本的基因表达量水平,高表达为红色,低表达为蓝色,白色为正常表达量。 这样的一个复杂的弦图,我...

问题 TFBS文件没有包含所有的转录因子

老师好,组学大讲堂TCGA转录因子调控 一节中,附件中TFBS文件并没有包含所有的转录因子信息,一些转录因子比如FOXD1并没有包含在内,请问可否提供全面信息的附件?谢谢

问题 如何对已经筛选的区域进行注释呢?

使用bedtools根据ROD对样本进行了筛选区域的基因提取,获得了top5的基因txt文件,文件里大概只有基因的loc号码和位置等信息,并没有注释信息,应该怎么做呢?

问题 如何构建鱼类物种种质资源基因组数据库?

...9.35%的基因可以注释到NR、GO、KEGG等数据库中。 1.物种信息:(物种信息和研究进展)介绍该物种的进化地位、特性、科研进展等; 2.基因组信息:(基因组数据库)介绍基因组大小、组装结果、注释结果、图谱、共线性分析...

文章 GEO数据库的搜索下载数据技巧

... GEO数据库全称GENE EXPRESSION OMNIBUS,是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库。它创建于2000年,收录了世界各国研究机构提交的高通量基因表达数据,也就是说只要是目前已经发表的论文,论文中涉及到的...

文章 OrthoFinder 输出结果文件说明

...系同源组(orthogroup)。其中每个 orthogroup 的蛋白及序列信息存放在 Orthogroup_Sequences 文件夹中,单拷贝 orthogroup 的蛋白及序列信息存放在 Single_Copy_Orthologue_Sequences 文件夹中,orthogroup 的统计信息存放在 Comparative_Genomics_Statistics、Or...

文章 linux命令之pwd

...的绝对路径名称。 语法pwd(选项)选项--help:显示帮助信息; --version:显示版本信息。 实例[root@localhost ~]# pwd /root

文章 批量下载多个链接的文件

...os.cn/具体的目录/文件的名字?q-sign-algorithm=sha1&q-ak=个人信息&q-sign-time=1708406379%3B1709011179&q-key-time=个人信息&q-header-list=host&q-url-param-list=&q-signature=个人信息 假设我们有20个这样的链接都在这个singlelink.txt 里面,...

文章 linux命令详解之ls

...目标列表,在Linux中是使用率较高的命令。ls命令的输出信息可以进行彩色加亮显示,以分区不同类型的文件。 语法ls(选项)(参数)选项-a:显示所有档案及目录(ls内定将档案名或目录名称为“.”的视为影藏,不会列出)...

文章 TCGA中样品取样组织类型编号对照包 sample type

...胞癌相关biomiarker筛选案例解析文献精读-TCGA数据挖掘生物信息文章(肺鳞癌)文献精读-GEO数据挖掘生物信息文章(宫颈癌)GEO数据挖掘直肠KM-plotter在线做生存分析GEO数据如何挖掘?案例解析!免费领取生信课程(适合小白自学...

文章 BSA分析算法中的ED算法和SNP-index有什么区别?

...种突变型。根据得到的混池间的SNP位点集及基因型的深度信息,计算混池间的突变频率差异,即ED值。为降低单个SNP位点计算带来的偏差,需要对得到的结果进行拟合。阈值的选择使用分位数方法,即对所有的拟合值从小到大排...

问题 老师,我在学习基因家族视频,用perl脚本get_gene_weizhi预测基因顺式作用元件时出现了问题,老师请看

...补充一点,川桑基因组数据库没有基因在哪条染色体上的信息,所以这里的结果就没有第二列出现基因ID的染色体位置,图中应该是基因在某个片段上的信息,我猜想不管是在染色体上还是在染色体片段上,应该都能找到上游1500...