问题 有关基因家族鉴定学习课程的问题：在利用hmmer软件鉴定基因家族成员的过程中，domain脚本运用时需要输入的域值是一定的吗？不是的话是怎么设定呢？（讲解的课程上是1e-20）那之后的将最终生成的txt文件数据复制在表格中进行筛选的域值 （拟南芥筛选的是0.01）跟之前的设定域值有关系吗？

文章 TCGA数据库挖掘-肾细胞癌相关biomiarker筛选案例解析

...癌属于肾细胞癌的一种，约占4-5%。利用公共数据库数据筛选此类癌症的相关biomarker进行有效的临床诊断和预后也是公共数据分析的一个方向。这里就给大家介绍一篇文献：利用WGCNA鉴定嫌色细胞癌biomarker。 数据来源从TCGA数据库...

问题 根据没有标识转录本是1还是2或3的IDlist基因号名单，在标识了转录本的蛋白质序列文件中搜索，可以把IDlist名单中的所有转录本蛋白序列搜索出来吗？可以改命令达成？这是我的命令seqkit grep -f Nramp_IDlist_final.txt arahy.Tifrunner.gnm1.ann1.CCJH.protein.faa -o Nramp_pep_final.fa 我把IDlist里面名单后面都加了转录本号才搜出来。？

问题 老师您好，请问plantcare软件预测出来的顺式作用元件进行筛选绘图的时候需要区分正负链么，是只选择其一呢，还是都选？

问题 黄老师，从转录因子数据库（http://planttfdb.cbi.pku.edu.cn/）下载的某物种某家族的序列与用HMM模型搜索出来的序列有什么不同？哪个更准确？

问题 新建物种特异hmm模型，再次搜索，产生的文件round2_hmmerOut.txt中的一个基因序列（下图所示），通过了三大数据库确认。但是序列很短，这个序列不要？

文章 8月相约南京--群体遗传进化GWAS分析、T2T基因组、泛基因家族、宏基因组等主题培训！

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问题 为什么我的WGCNA分析运行到这一步就卡住了，但是显示分析中，WGCNA分析如何筛选数据啊，恳请各位大佬帮帮忙

...况，请各位大佬帮忙解答一下，还有就是请问一下啊如何筛选计算WGCNA的数据

文章 WGCNA 根据KME值筛选hub基因

...中的hub基因： 这里可以根据：KME (eigengene connectivity)值来筛选hub基因：Hub genes are those that show most connections in the network as indicated by their high KME (eigengene connectivity) value 代码部分很简单，输出所有的基因与模块的KME矩阵，然后筛选...

问题 GEO基因差异分析中，数据提取后，进行组间筛选差异基因时，进行上调下调后，为什么没有上调下调基因，都是normal呢？

问题 在做无参考基因组的基因家族分析时，我能否用hmm方法用pfam号筛选全长转录组的di19家族成员

问题 老师你好，我想问一下，我做基因家族分析，明明之前建了02.hmmsearch这个文件夹，并且做出来的东西也都放在里面，但是我在终端ll一下，显示total0，然后我新建进化树的文件展示已存在但我在文件夹里并没有找到

问题 功能验证的基因

我想请问一下：如何查找已完成功能验证的基因或氨基酸序列，例如某某植物的AMT（铵离子转运蛋白）序列，重要的是如何查找前人已完成对其的功能验证

问题 老师，学习了TCGA 生存分析，在筛选显著多因素时，multi_pvalue可以调大些吗，最后仅晒出1-2个预测分子，

问题 老师，您好。想问一下，我做的基因家族有好几个pfam文件，hmmer搜索后，除去各个文件的重复转录本，最后合并成一个文档。但这个文档还是有重复的转录本，是什么原因造成的呢？