老师， 我的泛基因组中，有三个品系的基因组命名有“_”，如图所示。 所以我进行这个操作时那三个品系都被删除了，我应该怎么改一下"s/_/\t/g"|这个命令啊。 #提取基因的位置坐标信息 cat ${svgene}_gene.list|sed "s/_/\t/g"|while ...
...，具体信息可以自行百度，有详细解释），可以在数据库中下载基因组的GFF文件，筛选出你的基因注释信息 Sequence (FASTA)：第一个框里存放基因的CDS序列，第二个框里存放基因的完整序列，可以在NCBI数据库下载，或者在基因组...
从GEO上下载的芯片，进行差异分析之后，再进行GSEA分析，但是芯片的注释文件中没有Gene Symbol，请问该怎么办？
老师们好！因为发现不是每个物种都会提供泛基因集列表，课程也没有具体介绍如何制作，请问我要如何做一个课程中提供的这个26pan-gene.list呢
...问题，目前已经有近900个回答， 而且回答还在持续增长中， 粗粗浏览下来，你就会发现： 导师，已经成了某些同学心中永远的“一根刺”。 因为与导师之间的关系而引起情绪问题、甚至崩溃、抑郁、对人生失去希望等等，...
...的统计方法。常见的有1）癌症患者生存时间分析2）工程中的失败时间分析等等。 1.1 定义 1.2 删失(censored) 在生存分析研究中，对于某些实例，会出现在我们的研究期间，并没有出现任何感兴趣的时间，我们将这种情况称之...
... 31563574 reads are used in downstream analysis.这个问题，组装结果中只有一条8000bp左右的序列，请问怎么设置参数才能不 only top reads进行后续分析，而能够使用全部reads进行后续分析
...root权限情况下安装perl模块？如果有基因家族分析的脚本中需要的模块有个名称汇总就更好了
我看在比较基因组或者基因家族鉴定中有这一部分的分析，请问老师，手头上只有重测序的数据，又想看看某个基因家族是否扩张和加倍的话，可以怎么入手呢? ?
...这个定义的关键点，但没有特别统一的标准，在不同文章中标准不同。常见的标准包括：a）LD系数降低到最大值的一半；b）LD系数降低到0.5以下；c）LD系数降低到0.1以下；d）LD系数降低到基线水平（但注意，不同材料的基线值是...
...的CMake ，记得将CMake更新成最新版本，并添加到环境变量中。 trinity的使用方法 命令：Trinity.pl --seqType fq --JM 50G --left reads_1.fq --right reads_2.fq --CPU 6 几个重要参数介绍： –seqType 支持输入数据格式为 fq 或者 fa –JM 内存设置 新版本v...
使用hisat2的两个脚本hisat2_extract_splice_sites.py和hisat2_extract_exons.py 提取gtf文件中的可变剪切与外显子时显示为空，我的gtf文件是gff文件转换的，请问是什么原因？是不是gtf文件的问题
...work）之后，可以对网络进行分析（Analyze the networks），其中一项是结合性状数据，又或者说环境性状（因子）进行联合分析。 其主要步骤如下： 1、 点击网页左侧Analyze the networks 进入分析页面，点击选择进行OTU与环境因子相...
用http://www.heatmapper.ca/expression/做出来的热图，纵坐标显示的不是基因名，而是上传文件的基因序号。如何解决上传数据为 ILK 7.274683988 7.240108712 7.287955812 6.694527288 6.666643785 6.620998575 7.957770275 7.992678384 7.944750216 PDGFC ...
想问一下，有没有喷过遇到过类似的问题，在油菜的基因组中有很多scaffold，超出了400，显示做不出来，这应该怎么解决？