问题 gatk call SNP样品多采取方法2，报错如下是怎么回事啊

A USER ERROR has occurred: Argument emit-ref-confidence has a bad value: Can only be used in single sample mode currently. Use the --sample-name argument to run on a single sample out of a multi-sample BAM file

问题 空间转录组分析非模式物种参考基因组构建

...25-12-26 17:43:56 [WARNING] line[285799] Discard this item[transcript] due to the parent detection failed, please check GTF/GFF 2025-12-26 17:43:56 [WARNING] line[285800] Discard this item[exon] due to the parent detection failed, please check GTF/GFF 2025-12-26 17:43:56 [WARNING] line[285801] Dis...

问题 关于TCGA临床数据中非数值类型的数据如何处理？如图划线部分，这些肿瘤分型数据如何转化为数值，有没有参照的标准，性别这种可以用1,2代替，但类型多的数据如何处理呢？感谢老师!

问题 docker无法连接了

...s/libowen/gwas:/work omicsclass/pop-evol-gwas:v1.2 docker: Cannot connect to the Docker daemon at unix:///var/run/docker.sock. Is the docker daemon running?. See 'docker run --help'. (base) [libowen@manage gwas]$ 

文章 blast报错

...k_name gi_based_mask_names] [-out database_name]    [-max_file_sz number_of_bytes] [-logfile File_Name] [-taxid TaxID]    [-taxid_map TaxIDMapFile] [-version]DESCRIPTION   Application to create BLAST databases, version 2.4.0+Use '-help' to print detailed descriptions of command line arguments=...

问题 变异结果统计与绘图展示

...snp or indel          -od     <path>  opti onal, directory where output file produced, default cwd         -help           help 这个直接在脚本里更改还是？输出的图片，样本名字是重叠在了一起，是不是需要更改以下图片的大小？

文章 kraken2生成的biom文件处理

...用脚本来处理，删除未具体命名的分类级别 import argparse from biom import load_table, Table import numpy as np def main(): # Parse command-line arguments parser = argparse.ArgumentParser() parser.add_argument('-i', '--input', help='Input biom file', required=True) ...

文章 TCGA 临床随访信息follow up 各列介绍：

...sk_factorsbarretts_esophagus_goblet_cells_presentbmibody_surface_areacause_of_responsecd4_countcdc_hiv_risk_factorscomorbiditycomorbidity_method_of_diagnosisdays_to_adverse_eventdays_to_comorbiditydays_to_imagingdays_to_progressiondays_to_progression_freedays_to_recurrencediabetes_treatment_typedise...

问题 关于mapman使用过程的问题

进行可视化分析的时候，出现下列英文： 2496 out of 2456 data points have been sucessfully mapped to the bins of the choosen maping. However the pathway you choose does not show any of this bins.Either add those bins manually to this pathway or choose a different Pathway! 数据ID...

问题 我的基因组文件很奇怪，转录本不是正常的加个“.1”“.2” 我就全部都去掉了只剩下基因ID，在提取蛋白序列的时候怎么将将本 get_fa_by_id修改一下才能提出来呢

问题 docker load -i /mnt/data/home/liangziyang/metagenomics-data/metagenomics-v1.2.tar.gz加载docker时提示no space left on device

老师，您好。我的系统是Ubuntu的，现在已经安装完成docker了，但是在加载我们自己的docker时，老是显示no space left on device，我之前问了AI，说是docker默认存储位置在我的根目录中，我根目录的硬盘剩余空间有40G，想问一下这是什...

问题 docker toolbox启动报错

我的电脑安装了docker Toolbox，今天启动是出现以下报错，要怎样解决？我的系统是win10家庭版。 Starting "default"... (default) Check network to re-create if needed... (default) Windows might ask for the permission to configure a dhcp server. Sometimes, such confirmat...

文章 基因编辑iPSCS敲除技术原理与潜在的治疗应用

... Reference Park C Y, Kim D H, Son J S, et al. Functional Correction of Large Factor VIII Gene Chromosomal Inversions in Hemophilia A Patient-Derived iPSCs Using CRISPR-Cas9[J]. Cell Stem Cell, 2015, 17(2): 213-220. Burnight E R, Gupta M, Wiley L A, et al. Using CRISPR-Cas9 to Generate Ge...

文章 Split划分数据

利用split可以对数据进行分组 split(x, f, drop = FALSE, ...) x 表示一个待分组的向量或者数据框 f 表示一个factor或者list，以此为规则将x分组 drop 是逻辑值，如果f中的某一个level没有用上则被弃用 例如有如下数据： dat Samples g...

问题 老师我想问一下，MENA在analysis the network 报错的问题

....3-2 created on 2014-01-13.copyright (c) 2005, Carter T. Butts, University of California-IrvineFor citation information, type citation("sna").Type help(package="sna") to get started.Error in `rownames<-`(x, value) :length of 'dimnames' [1] not equal to array extentCalls: row.names<- -> row....