...分析的话，我建议采用counts ，毕竟有不少的差异分析的软件都是基于counts数。 如果是计算样品间的相关性，聚类等，那就可以采用均一化的FPKM,和FPKM-UQ。当然下载counts，之后进行标准化，也是可以的。 所以，一般下载counts会...
...法： bedtools intersect [OPTIONS] [-a|-abam]-b BED 输入文件是bed格式，至少三列，分别是染色体，起始位置(0-based, 包括)，终止位置 (1-based，不包括)。第四列一般为区域名字， 案例一：包含着染色体位置的两个文件，分别记为A文...
请问老师，全基因组跑出来的共线性和基因家族跑出来的共线性结果不同，也就是基因家族共线性结果有些在全基因组共线性中找不到，这种情况应该怎么处理？
老师您好，我想画热图，所以在GEO数据库中下载了转录组数据，但是我发现下载的数据基因ID和我的对不上，这怎么办呢？
老师，您好！请问在进行OUT分析时出现以下报错该怎么处理，谢谢您
老师，您好，treemix分析中热图的阈值已经是0se了，但是不是接近白色的，还是有的区块呈现蓝色和红色，这种怎么解释？构建的树可以用吗？
老师，在GEO数据库里头，一个GSE数据对应多个GPL平台，应该怎么选择？
老师您好，构建我想使用水稻、拟南芥和大麦的所有几丁质酶成员构建进化树，需要添加外群吗？如果需要的话，外群序列该怎么选择呢？
我在用orthofinder跑基因家族聚类的时候出现csv.error: line contains URL，请问下各位大佬怎么解决呢
这个是怎么回事啊，没有发现那个bush
...=T,row.names=1,sep="\t", check.names = F) head(gene) 基因表达量数据格式如下： ID 0h 1h 2h 3h 4h ENSGALG00000000003 0.0000000 0.01421203 0.08885999 0.01337165 0.0000000 ENSGALG00000000011 11.3414235 8.40606978 9.13251124 8.91866821 9.5756292 ENSGALG00000000038 0.1329301 0.09363415 0.0...
点确定和X都关闭了，请问怎么解决？
老师，共线性分析结果有一条连线 但这个文件里面没有基因对，老师，是因为我研究的家族本身没有基因通过共线性发生加倍现象吗？但是有连线时怎么回事呢？
...T-PCR验证，结果相当一致。 响应诱导剂处理的P450s基因：细胞色素P450s是植物中几个最大的超级基因家族之一，参与了很多代谢活动。作者通过基因共表达分析的方法，在MeJA处理组从上调的P450基因家族中找到了45个与CPS1, KSL1, CYP...
运行脚本文件时出现上述问题，之前也遇到过，后来不知怎么就好了，今天又出现这个问题