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问题 WGCNA

老师您好,我在做WGCNA的时候 做出可视化热图是反的  像下图这样 周围颜色深 中间颜色浅  我看到很多人都遇到这个问题,但是都没有解决方法 请问是怎么解决 

问题 提取保守结构域

我做的的家族分歧比较大 ,需要用结构域建树,不知道怎么操作,希望老师能详细说下

问题 gatk变异检测

请问各位老师,在运行gatk变异检测的时候由于样本过多,怎么进行分染色体的操作呢?

问题 LD衰减分析

老师,您看我的两个群体绘制的LD图有点奇怪,其中一个是垂直下来的,这种是怎么回事

文章 circos|修改不同染色体之间区块block及连线link的颜色

...ink的的设置也是如此,修改连线中的rule即可。 关于circos软件中的颜色选择,可以参考该文章:https://www.omicsclass.com/article/830

问题 转录组问题

老师您好,我想问一下,我做的转录组数据,处理与未处理之间的差异显著的基因,上调基因远远大于下调基因,怎么解释原因呢?谢谢老师

问题 泛基因家族分析家族成员存在缺失分析,获取PAV_gene.list和Fam_gene.list

...ist.pl中,类似if($unsort=~/_$id/){  与Yugu1_T2T.genome_Seita.9G455500格式不一致。 下面是这两个结果文件

文章 docker虚拟化技术及其在生物信息数据分析中的应用(linux)

...比为电脑装系统用的系统盘,包括操作系统,以及必要的软件。例如,一个镜像可以包含一个完整的 centos 操作系统环境,并安装了 samtools和 bwa 服务器。注意的是,镜像是只读的。这一点也很好理解,就像我们刻录的系统盘...

文章 kraken2生成的biom文件处理

使用kraken2软件做宏基因组或扩增子项目物种注释项目的时候,如果后续不使用bracken则可能会遇到一个问题,结果生成的biom文件中taxonomy并不是最终结果,比如下面这样 可以用脚本来处理,删除未具体命名的分类级别 import arg...

问题 如何查询hmmer 版本?

我安装完虚拟机之后,hmmer,meme等的版本应该怎么查呢?

问题 终端没反应

老师您好。我终端一直开启,大约两个小时没有跑程序,然后再ll后就没反应。回车后就到下一行,输入命令也没反应,这是怎么回事呢?

文章 ceRNA网络构建

...,RNA X和RNA Y通过结合相同的miRNA形成了ceRNA调控关系,在细胞稳态的情况下,X和Y结合的miRNA形成了一个平衡,当Y的表达量下调时, 其结合的miRNA变少了,导致更多的miRNA结合到X上,从而引起X的表达量也随之降低;类似的,当Y的...

问题 基因家族建树

我现在在做一个比较常见的基因家族,然后鉴定的家族成员有点多,这导致我需要用保守结构域建树,想问下老师应该怎么用保守结构域建树。

问题 docker 导入镜像

我用docker 导入本机镜像的时候,怎么运行了很长时间还没有导入,但是也没有报错。一直是这种状态。

文章 NCBI下载的10X 空间转录组数据如何读入cellranger or spaceranger

...ist 的图片的路径# --image:显微镜图片的路径,TIFF或者JPEG格式# --slide: 玻片的ID , 不知道 使用 --unknown-slide instead: visium-1|visium-2|visium-2-large|visium-hd> :https://www.10xgenomics.com/cn/support/software/space-ranger/latest/getting-started/space-ranger-glossar...