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问题 微生物16s实操教程

OTU分析按照视频方法一(pick_de_novo_otus.py)做的,显示usearch版本不对,应该怎么办?

问题 泛基因家族成员鉴定

老师,在泛基因家族分析,家族成员鉴定部分,得到了112个基因型的所有成员,并经NCBI等网站验证结构域后得到了可靠成员列表直接相加就可以吗,不需要去冗余吗?cat *.WRKYgene.list > maize.WRKYgene.list

问题 寻找合适做分析的基因家族

老师您好,我看了这个文章,鉴定了9个物种,后面的生理实验只了葡萄一种,我可以选择其他八个物种的一个再进行鉴定和后续的实验吗

文章 生存分析的Cox回归模型(比例风险模型)R语言实现及结果解读

R语言的Cox模型分析 单变量Cox回归 library("survival")library("survminer")res.cox <- coxph(Surv(time, status) ~ sex, data =  lung) summary(res.cox)res.cox <- coxph(Surv(time, status) ~ sex, data =  lung)summary(res.cox) summary的结果: Call:coxph(formula = Surv(time, sta...

问题 关于pip install RSeQC的安装

我已经按照下边答案说明做了,但是为什么还是不能成功呢,出现的问题如下图。

文章 OTUtable标准化方法

1.抽平方法: single_rarefaction.py -i pick_de_novo_otus/otu_table_clean.biom -o pick_de_novo_otus/otu_table_clean_rare.biom -d 2032 2.css方法或者deseq2方法 normalize_table.py -i otu_table_clean.biom -a CSS -o otu_table_clean_css.biomnormalize_table.py -i otu_table_clean.biom -a DESeq...

问题 TCGA生存分析cut off

COX教程里通过ROC曲线确定最佳cut off,这个cut-off值大于1 也是正确的么,文章怎么解释?

文章 百万样品GWAS解释精神疾病间的遗传关系

...此必须要拥有十分庞大的数据去将可靠的信息从背景噪音分离出来。 研究者为了检测25种精神和神经疾病的遗传模式,对265,218例病患和 784,643例conrols 进行了全基因组关联分析(GWAS)。同时在1,191,588个体检测了脑部疾病和17...

问题 基因家族hmmsearch时提示Failed to open tabular per-dom output file result.txt for writing

基因家族提取hmmsearch --domtblout result.txt --cut_tc zf-C2H2.hmm  Fvesca_226_v1.1.protein.fa 时提示 Failed to open tabular per-dom output file result.txt for writing 

问题 基因家族分析-基因组内共线性

请问为什么我的结果染色体出现了 这种情况 

问题 perl语言命令行参数设置

在perl语言怎么设置命令行参数,如perl test.pl -i A.txt -o B.text,像这种指定参数,-i为输入文件,-o为输出文件,该怎么设置?

文章 碰到奇葩审稿人怎么办?这位作者靠怒怼审稿人登上SCI期刊!

...幕都能感受到作者的绝望和愤怒, 原文如下: 大致的文意思是这样的: 这是我们的最最最最最新版手稿,我要改吐了。 我已经从头到尾修改过手稿了! 现在我已经受够了!希望能够满足你们和嗜血的审稿人。 1、我不...

问题 添加性别和年纪为GWAS影响因素

请问性别和年纪为随机效应还是固定效应呢?将性别和年纪添加到混合线性模型去有什么办法呢?

文章 GFF文件格式不标准,第三列只有mRNA处理方法

...批量的处理一下,添加上gene行信息,也就是mRNA信息直接于基因信息,方便我们的分析流程处理数据: 可以awk命令批量添加gene行,把mRNA的ID作为基因ID,并且在mRNA行添加Parent信息:  awk -F"[\t=]"  'BEGIN{OFS="\t"}{if($3=="mRNA"){p...

文章 博士单身的多吗?调查发现:博士平均恋爱次数是6.87次

...,在恋爱次数上,博士高居榜首!! 从数据上来看,博士,女博士的恋爱次数更高,平均为7.12次, 男博士只有6.47次,拖了女博士的后腿。。。。 学霸姐姐看到这个数据后的第一反应是: 谁把我的恋爱次数给平均了!!请还...