问题 你好，博主，用tassel进行GWAS分析报错

2356x122

问题 CombineGVCFs报错：htsjdk.samtools.SAMFormatException: Did not inflate expected amount

...正常运行（包括几条350000000bp长度的染色体）。 我的GATK版本是4.3.0.0，运行脚本如下 gatk CombineGVCFs --java-options "-Xms100g -Xmx100g -XX:ParallelGCThreads=4" --use-jdk-inflater true --use-jdk-deflater true --reference /path/to/part.fasta $(for i in {001..300}; do echo ...

问题 各位老师好，按照组学大讲堂的方法，blast手动方法查找，得到的基因对都只符合1，两个基因相似度大于75% 2，比对长度大于75%（相对于较长的基因），但是都不符合基因在同一条染色体且距离小于100kb，请问得到的这些基因对是什么？应该不是串联重复基因吧？谢谢

问题 老师，我在重新描述一下问题，mascanx方法和BLAST计算KAKS时筛选到的Segmental和Tandom加倍基因对，数目不一样，是不同算法的不同结果是吗？做CIRCOS时， 可以用BLAST计算KAKS时筛选到的Segmental和Tandom加倍基因对来做吗？我BLAST方法筛出来的串联重复等数目更多一些。

问题 构建物种发育树，使用busco获取单拷贝基因出错

我想要构建一个物种系统发育树。想使用busco分析获得单拷贝基因，进行后续分析。 大部分的物种busco分析完毕，2个物种直接卡死在Augustus分析阶段，使用htop查询，也没有augustus进程在运行。想询问老师们，是否有遇到这样的问...

问题 猪单细胞数据差异基因KEGG富集分析

...单细胞转录组课程、有参转录组课程和代码，对KEGG富集分析的代码进修修改，执行此代码Rscript $scripts/enrichKEGG_pip.r --gene.list FindMarkers.deg.Enterocyte.AvsB.tsv -o KEGG -n deg.Enterocyte.AvsB --pvalueCutoff 0.05 --ann.db org.Ss.eg.db --organism ssc  --idtype S...

问题 不同物种共线性分析结果只有一对同源基因被发现，怎么检查是不是中间有出错，没有找到其他的基因

我做的拟南芥同十字花科作物的某个基因家族分析，我在用白菜和拟南芥做共线性分析的时候，发现白菜所有基因都能在拟南芥中找到同源基因，但是用另一个同属的物种确实只发现一个与拟南芥同源基因。因为之前做进化树分...

问题 老师，我要分析几个品种的基因表达量数据，在公共数据库大部分只有叶片组织的播种24天及以后的数据，我都选取播种24天的数据进行转录组分析可以么，另外我想以其中一个品种作为参考基因组，我是不是需要把这个基因组的fasta文件和gff文件建立索引，然后再分析这几个基因组的rnaseq数据，包括参考基因组的ranseq

问题 新上新的单细胞转录组课程可以用于华大测序平台分析

新上新的单细胞转录组课程中的质控分析课程中的封装好的R脚本可以用于华大测序平台的质控吗？可以的话能否展示一下如何使用，具体的调整哪些参数？

问题 GEO芯片数据挖掘课程中PCA分析

老师您好，请问图中的问题如何解决啊

问题 MCScanX共线性分析，请问linux报错怎么解决？

问题 已知具体某个基因，是如何做共表达分析的

问题 请问怎么找一个基因来做基因家族分析呢？

问题 请问怎么找一个基因来做基因家族分析呢？

问题 请问老师，做共线性分析出现的错误，需要怎么解决