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文章 下载TCGA临床信息

下载和处理TCGA的临床信息非常的麻烦，不同的癌症，格式还不一样，处理起来不容易。 采用TCGAbiolinks 包去下载和处理临床信息就非常的方便。 那么我们以下载胃癌病人的临床数据的为例，看看如何下载数据。 # 加载需要的...

问题 老师，在泛基因家族分析结构变异的基因注释中，提取vcf文件有用信息列，$14是哪个

...ll_merge.vcf > all_merge.input该指令中，第三列的终止位置是怎么得到的，在老师的all_merge.vcf文件中并没有找到？ 另外，下面是我的vcf文件，该怎么修改指令呢？后面C1开始为基因组

文章 聚合酶链式反应（PCR）

...病的诊断或任何有DNA,RNA的地方．聚合酶链式反应又称无细胞分子克隆或特异性DNA序列体外引物定向酶促扩增技术。 工作原理    类似于DNA的天然复制过程，其特异性依赖于与靶序列两端互补的寡核苷酸引物。PCR由变性--退火(复...

问题 带编制！招聘博后、讲师、副教授。福建农林大学转录系统生物学课题组招聘

...合研究院代谢组学中心、农林大数据中心，以及国家菌草工程技术中心科研平台开展工作。 课题组介绍： 转录系统生物学实验室（Transysbio Lab）的研究目标是——探索表观基因组特征调控转录的机制，为育种提供定时、定...

文章 全基因组加倍/复制介绍（whole genome duplication, WGD）

...某物种通过染色体倍增的方式导致多套染色体共存于同一细胞核中，形成稳定遗传的新物种的现象。根据多倍化后染色体的演化状态，可将多倍体分为两类：古多倍体（paleo-polyploids）和新多倍体（neo-polyploids）。古多倍体物种是...

问题 合并提取后的domain序列之后，linux系统中的clustalw不能读出蛋白信息

...n.fa和WRKY_domain2.fa的序列copy到同一个fasta文件中（用Editplus软件，复制两个文件的序列粘贴到一个新建文件中），clustalw不能读出蛋白信息。如下图：第一张图是Sequence Input From Disc输入的WRKY_domain.fa文件，回车后可以出现序列对应...

文章 Win11彻底卸载WSL2系统（去除导航窗格Linux图标）

...还在），对于强迫症来说，总感觉没有删除干净。下面看怎么卸载： Win11系统卸载WSL2，docker以及去除导航窗格Linux图标 在全部卸载完卸载WSL2和docker后，可能Linux图标还在（即小企鹅的图标还在），对于强迫症来说，总感觉没...

文章 GEO和TCGA数据挖掘生物信息文章解读（宫颈癌）

...学习链接：WGCNA-加权基因共表达网络分析4. 转录组数据怎么挖掘？学习链接：转录组标准分析后的数据挖掘、转录组文献解读5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读、OTU网络图绘制、cytoscape与网络图绘制课程6. 生物信息入门到...

问题 《基因家族分析》get_gene_weizhi.pl和get_gene_gff.pl运行结果为空

...相近的get_gene_gff.pl也是如此（见下图） 猜想可能是文件格式或者perl脚本有些参数需要修改， 仔细检查了gff3文件确实为9列，基因ID号也能在gff3相应的“ID= ”后面找到，perl脚本就完全不懂了 才疏学浅，不知问题症结所在，...

文章 Pacbio三代全长转录组(Iso-Seq ) 进行转录本的合并

...1. 制备配置文件 该脚本的运行需要配置文件,配置文件的格式非常的重要，如下（# 是注释，请忽略）： # sample name 是不同样本的名称 # path 是不同样本进行isoforms collapse分析的目录 # prefix 是文件的前缀，需要保持在不同样品的...

问题 clustalw2多序列比对，序列输入不进去

...      RSF.Enter the name of the sequence file :我输入了我的fasta格式的序列文件名,回车,出现:Sequence format is Pearson********************************************************************** CLUSTAL 2.1 Multiple Sequence Alignments  **********************************************...

文章 多基因组基因水平共线性分析

...里展示前50列： $ head -50 grape.blocks > blocks2 blocks2文件格式如下： GSVIVT01012261001 . . GSVIVT01012259001 ppa005716m . GSVIVT01012258001 . . GSVIVT01012257001 ppa002846m . GSVIVT01012255001 ppa000919m Thecc1EG011472t1 GSVIVT01012253001 ppa010733m Thecc1EG011473t1 GSVIVT010122...

文章 基因家族分析课程更新2.0

...因家族高分文章思路，分析思路更清晰简洁高效等，分析软件也得到更新，因此我们更新了基因家族镜像2.0，下载使用方法： docker pull omicsclass/gene-family:v2.0docker run -it --rm omicsclass/gene-family:v2.0 5.课程目录： 课程观看链接：htt...

问题 老师，您好！全基因组选择，利用自己的SNP数据（芯片SNP）进行基因型数据处理，beagle.27Feb25.75f.jar处理完成后，得到的imputed_snp里面没有SNP标记信息。

基因型数据格式

问题 tcga生存分析

...able("E:/TCGA/mirna-log2-2.txt",header = T,sep="\t",na ="NA") 不知道该怎么解决，问题是我还成功绘制过一张图片。。。不知道怎么解决 求教。。不太明白为何能计算出值，但是不能绘图 老师，我发现我的数据原本是count数据，然后我...