用hmmsearch计算出的id，在进行基因家族分析绘制基因在染色体上的位置gene_chr.txt是空文件，在对gff3做出修改后输出的结果也不对，想请教老师是哪里出了问题，是脚本不对吗？又如何修改呢 输入文件 以下是过程这个是脚本 ...
...M <- TOMsimilarity(adjacency, verbose = 0) dissTOM <- 1 - TOM # 调用层次聚类函数 用R跑代码到这句的时候就卡住不动了，之前跑过样本量更大的数据都可以正常运行，我尝试过重启和减少数据量，最后都会卡在这块，请问老师这是什么...
拷贝数变异(Copy Number Variation，CNV)是指基因组中某些DNA片段的拷贝数相对于参考基因组的变化。CNV可以表现为基因组中某些区域的扩增(增加拷贝数)或缺失(减少拷贝数)。这些变异可能覆盖几千到几百万个碱基对。而肿瘤恶性细胞...
...格式如下图所示： 第二种是RES：ExpRESsion（带P和A调用）文件格式（* .res），格式如下图： 第三种是PCL：斯坦福cDNA文件格式（* .pcl），格式如下图所示： 第四种是TXT：表达式数据集的文本文件格式（* .txt），格...
...的哺乳动物miRNA 是位于TUs区( transcriptionunits , TUs ) , 且其中大部分是位于内含子区 。一些内含子miRNA 的位置在不同的物种中是高度保守的。miRNA 不仅在基因位置上保守, 序列上也呈现出高度的同源性 。miRNA 高度的保守性与其功...
运行过程中出现箭头的问题，代码没有错误，应该是gz文件的问题，不知如何解决。测序是双端测序，利用fastq-dump转sra为fa文件
老师，您好，我用GEO数据库的表达矩阵做WGCNA分析，总共34个样，表达矩阵中有60000多个基因，基因太多，如何进行筛选？WGCNA是否有处理这样大量数据的方法？
计算OTU间两两相关系数矩阵 ，数据量大时，可应用WGCNA中corAndPvalue, 但p值需要借助其他函数（the Benjamini and Hochberg false discovery rate (FDR)）矫正。具体如何实现呢，望大神赐教！！
...法在抗病胁迫以及其他性状与基因关联分析等方面的研究中被广泛应用，主要应用于转录表达方面的研究，如转录组测序、蛋白质组测序等。 2、WGCNA分析对样本数量的要求？ 一般来说需要至少15个样品以上，这个是包含了生物...
在SRA数据上传填写过程中，出现如下问题（见图）：多次修改都无法继续，不知道问题在哪？
您好，请问，itol 官网提供的tree.txt文件中internal node id 怎样生成的呢？我没看到，如何生成这种带有internal id 的newick 文件的方式，非常感谢
由于我基因家族成员过多，建树一直报错，就想尝试结构域建树，就想问问老师如何批量获取我序列的结构域，我看ncibi的CD search结果中没有提到结构域序列。
1.图中的-L参数，如果有20条染色体，就需要设置为-L1 -L2...-L20吗 2.qeseq脚本中的-t 线程数和-Xmx内存数如何设置能最大利用资源，例如在超算上选择48核心有336G内存，怎么设置好呢？
...irmed.fa.fai -in2 WRKY_cds_confirmed_blast.out -out duplication_gene.out，中提高的筛选条件，甚至我调高到90，输出的结果中还是包括不是三的倍数的比对序列，这种情况应该怎么办呢， 还有，同样的问题，由于基因组注释的问题，我的CDS序...
老师您好：请问一个问题，就是用qRT-PCR 来验证RNA-seq 数据的结果时，做qRT-PCR用的材料必须和做RNA-seq测序时用的材料是同一批处理的吗？能不能后面qRT-PCR的材料是后面补做的，但是是相同处理的？我知道最合理的做法肯定是同...