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文章 下载TCGA临床信息

...载数据 GDCdownload(query = query, directory = DataDirectory,files.per.chunk=6, method='client') # 用专门的函数去整合下载好的数据 clinical <- GDCprepare_clinic(query, clinical.info = "patient",directory = DataDirectory) # 将数据保存到文件，方便后面的...

文章 农艺性状表型数据与环境关联互作分析R代码

...range.max=RANGE[2,],sep="-"),`多样性指数 H’`=H)write.csv(trait.mean,file="01.马铃薯表型性状统计.csv")#################################相关性分析occor = corr.test(mydata[,traits],use="pairwise",method="spearman",adjust="BH",alpha=.05)occor.r = occor$r  # 取相关性矩阵R值oc...

文章 compare_stat_boxplot.r metadata中变量分组T检验比较并绘制box图

... metadata中按列分组，做差异比较分析，可以利用 merge_tsv_files.r  或者  merge_metadata_genexpdata.r  将比较的信息合并到metadata中： usage: /share/nas1/huangls/test/TCGA_immu/scripts/compare_stat_boxplot.r       [-h] -m filepath -v variate [variate ...] -g gr...

文章 R语言barplot 设置x轴标签垂直

...垂直，可加 par(las=2)，方法如下： # Fitting Labelspar(las=2) # make label text perpendicular to axispar(mar=c(5,8,4,2)) # increase y-axis margin.counts <- table(mtcars$gear)barplot(counts, main="Car Distribution", horiz=TRUE, names.arg=c("3 Gears", "4 Gears", "5   Gears"), cex.names...

问题 在运行这段代码时出现Invalid value for '--m-metadata-file': Metadata column is of type 'numeric', but expected Categorical.

...feature-table-final.qza \      --p-axis sample \      --m-metadata-file $metadata \      --m-metadata-column $g \      --p-mode sum  \      --o-grouped-table collapse_table_group/feature_table_abs_$g.qza  #相对丰度 转换   qiime feature-table relative-frequency \    ...

文章 STRING蛋白互作网络图绘制及子网络分析

...明 通过-h参数获得以下帮助信息。 usage: network.r [-h] -e filepath -v filepath -f from -t to -w weight -g group [--isolated] [-l style] [--label.node] [--sub_label.node] [-o path] [-n prefix] [-H number] [-W number] network plot:https://www.omicsclas...

问题 老师，在下载过程中一晚上不加载了，请问如何解决？

...client 可以续传 > GDCdownload(query.met,directory = DataDirectory,files.per.chunk=6, method='api') Downloading data for project TCGA-OV Of the 582 files for download 54 already exist. We will download only those that are missing ones. GDCdownload will download 528 files. A total of 5.255...

文章 混合线性模型中BLUE值 VS BLUP值 计算育种值与GWAS表型性状数据整合

...env)+(1|lines)+(1|env:lines),data=data,          control=lmerControl(check.nobs.vs.nlev = "ignore",                             check.nobs.vs.rankZ = "ignore",                             check.nlev.gtr.1 = "ignore",                             chec...

问题 重测序中两个GATK运行都失败，显示如下代码和图片，麻烦老师进行解答

...Main has been compiled by a more recent version of the Java Runtime (class file version 61.0), this version of the Java Runtime only recognizes class file versions up to 55.0

文章 dQTL.seq方法研究基因定位

... jpeg, png, tiff, or pdf. jpeg indicates the *.jpeg format of figure file. Please see Table 4. 第11行为列名，选择示例数据列名。其中后四列“AL\taL\tAH\taH”。代表分别在低（L）和高（H）池中的等位基因A和A的数量。 3. 运行dQTG.seq包 library(dQTG.seq) ...

文章 data.frame参数check.names

R语言在读取数据 例如read.table 添加check.names=F 参数可以保证数据种特殊的字符正常读取： 如数据表头 “-”被认为是“."  > A=read.table("F:/test/WGCNA/data/fpkm/All.DEG_final_3000.xls",sep="\t",check.names=T,header=T)> head(A,2)         ID ...

问题 老师我想问一下，MENA在analysis the network 报错的问题

...20231205 at 0.890 threshold. It will take a few minutes...R project wrong! Please report web administrator.setwd("D:/wwwroot/MENA/datasets/196868ld/1701851366")library(sna)cor.data<-read.table("soil20231205 Pearson Correlation_0.890 4 R.txt",sep="\t")cor.matrix<-as.matrix(cor.data)node.degree ...

文章 用R做蛋白互作分析

...表达基因列表 degs = read.table(deg_file,header=T,comment.char = "",check.names=F) degs$gene <- rownames(degs) head(degs) # 查看有多少差异表达的基因需要分析 cat("Total deg genes:", dim(degs)[1]) # 将基因的ID map 到string 数据库中， 不一定每个基因都能map...

文章 Monocle2|单细胞测序的拟时序分析

...rker.genes marker.genes] [--gene.list filepath] [--downsample downsample] [-g group] [-d density.group] [-n heatmap.gene] [-c heatmap.clusters] [-H heig...

问题 docker下载镜像时出现问题

下载omicsclass/reseq的时候出现这个问题Error: writing blob: storing blob to file "/var/tmp/storage2970342573/11": happened during read: unexpected EOF，请教各位老师如何解决