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文章 java 安装以及环境变量配置

一、JDK下载 JDK下载推荐下载JDK8,因为好多软件还没有支持最新的JDK10,所以可能会报错,因此推荐下载JDK8: 注意windows x86为32位,x64为64版本,注意和自己的操作系统匹配。 https://www.oracle.com/java/technologies/downloads/ 查看自己操...

文章 windows 中的docker如何设置容器的内存与计算资源 hyper-V

...或者服务器。 组学大讲堂云服务器即买即用,避免安装软件的麻烦和内存限制: https://study.omicsclass.com/ 

文章 和导师闹翻怎么办?当代研究生的日常困境

知乎上“有多少人毕业后和自己的导师不相往来?”这一问题,目前已经有近900个回答, 而且回答还在持续增长中, 粗粗浏览下来,你就会发现: 导师,已经成了某些同学心中永远的“一根刺”。 因为与导师之间的关系而引...

文章 pubmed按影响因子分类文献

...: 在step2中,我们输入影响因子大于30的杂志的名称,格式为:把杂志名称用双引号引起来,后面跟一个[journal] 然后or 再跟杂志一个杂志,直到把所有影响因子大于30的杂志用完。如下所示: "CA-A CANCER JOURNAL FOR CLINICIANS"[journa...

文章 你不知道的微生物互作分析方法

...是BIOM文件,也可以是由它转换而来的OTU丰度矩阵文件。格式上的要求(如下图):第一列是OTU名称ID, 之后的每一列的列名是样品名称,每一行数据表示OTU在每个样品中的丰度。而最后一列是OTU的分类世系信息,涉及门纲目科属种...

问题 请问老师,我看基因家族分析视频中基因定位染色体用的拟南芥的DNA文件,我做的植物,没有DNA这个文件,可以用其他文件做吗?

或者有什么软件可以跳过DAN文件做定位?

文章 叶绿体基因做跨物种系统发育分析

叶绿体是绿色植物进行光合作用的细胞器,具有合成蛋白质、淀粉、色素等功能,普遍存在于真核自养生物中,尤其是藻类和陆生植物,其基因组可自主遗传。 叶绿体基因组序列对于研究植物物种起源,进化演变及不同物种...

文章 Upset图绘制

....strings="")mydata <- mydata[rowSums(mydata) != 0, ]tail(mydata) 文件格式 all_deg_id    CK_vs_A    CK_vs_B    CK_vs_C    CK_vs_D    CK_vs_EENSRNA049471043    1    1    0    0    1ENSRNA049471090    1    0    0    0    0ENSRNA049471...

文章 癌症缺氧相关基因查找,以及样本分类方法 ,免疫微环境

...e with 50 iterations, resample rate of 0.8. 基因表达量预测免疫细胞量:ImmuCellAI database

问题 关于基因家族分析中可能有问题导致结构无法分析得到的各文件截图

...了,所以我后来又重新建立了转录本ID LIST文件,这一步怎么做的我给您截图了,麻烦老师您帮忙看看了!如果老师您觉得这样看不是很方便的话,我关于每一步怎么做的脚步还有记录和保存,如果可以的话,我能否在QQ的组学大...

文章 trimAL | 多序列比对中剪切掉不保守部分的参数

...化树的构建会容易很多。 剪切序列时有一个非常好用的软件是trimAL: http://trimal.cgenomics.org/ 其中有三个参数可以用来帮助我们剪切序列: -gt 0.8 |如果某一列gap缺失率大于20%,就删除这一列 -st 0.001 |如果某一列相似性值低于0.00...

问题 老师,找结构域是否存在是怎么看呢?比如我用代码跑出来了ID,去NCBI上上传文件后出来他能检索到的ID,是只要他显示出来能检索到就可以吗?还是一个个查看具体的信息?我要做一个Lipoxygenase家族,但是有一些基因显示的并不是这个家族,而是另一个PLN02337 superfamily,是因为我的目标家族是PLN02337 superfamily中的一个亚族吗?可以这样理解吗?因为我做的这个家族好像确实是从一个超家族里的小家族。

文章 挖掘公共基因大数据的时代已经到来

...族分析”,“共表达网络WGCNA分析”等,所有的课程可以打开下面的“阅读原文”进行查看。近期也将推出一门针对TCGA数据库进行数据挖掘的课程,敬请关注!

文章 全外显子测序疾病相关基因变异位点过滤标准及参考文献

...学习链接:WGCNA-加权基因共表达网络分析 4. 转录组数据怎么挖掘?学习链接:转录组标准分析后的数据挖掘、转录组文献解读 5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读、OTU网络图绘制、cytoscape与网络图绘制课程 6. 生物信息入门...

文章 IF=6.2 | 银杏生理性叶片灼伤的转录组和代谢组联合分析

... 02. 生理分析 生理指标的动态变化揭示了叶枯病进程中细胞的损伤过程: 膜系统损伤: 随着叶枯等级加重,相对电解质渗漏率和MDA(丙二醛)含量持续显著上升,表明细胞膜透性增大和膜脂过氧化程度加剧。氧化与渗透胁迫...