问题 老师问一下，我现在准备好了我的物种WRKY 蛋白的全长序列和拟南芥的WRKY蛋白全长序列。想仿照菠萝WRKY那篇文献做，但是菠萝那篇文献做多序列比对和进化树都是用WRKY domain 那一段序列做的。我怎么样才能把这些蛋白序列中的WRKY domain 那一段序列挑出来做进化树和多序列比对呢？

问题 bash:docker:command not found是什么情况，还有就是根据我这个目录如何运行docker run --rm -it -v /share/work/huangls/piplines/omicsclass/pop-evol-gwas/scripts/:/work/scripts -v /share/nas1/huangls/test/gwas_rice:/work omicsclass/pop-evol-gwas:v2.0这条命令，怎么进行修改

问题 老师，我在做泛基因家族成员存在缺失分析时，做统计各个样本家族成员数量，及根据数量对基因组进行排序时候，由于我原始得到的maize.WRKYgene.list文件里的基因名称，和ID.txt文件里的基因组名称无法链接，有很多基因组无法识别出成员数量，（也就是因为这一步，我才把我上一个问题提的把基因名称及ID名称改掉了），请问怎么修改指令？

...把我上一个问题提的把基因名称及ID名称改掉了），请问怎么修改指令？ 我得到的基因家族列表： 我的ID.txt是C01对应的原始GFF文件里基因名就是C1_00G000006,xiaomi对应的基因名是Si9g11260,Yugu1_T2T.genome对应的基因名是Seita.9G123000_Yugu...

问题 想问一下，RNA-seq测序之后，进行snpcalling得到的一些snp位点是杂合的，关联分析时按缺失小于0.2,第二等位基因频率大于0.05过滤后，得到的显著位点正好是杂合位点。想问一下，进行关联分析时，怎么处理的分子数据中的snp杂合位点，是直接当成缺失，还是过滤掉，还是基因型填充，还是直接导入tassel进行关联分析？谢谢各位老师

问题 老师，以下是我的基因家族列表，基因组ID文件，基因家族泛基因列表，以及独有家族基因，下一步要做统计家族成员数量、排序及存在缺失分析，请老师帮忙看看，由于我的基因组名称中C01-C09，L01-L09,Q01-109还有另xiaomi等基因组名称与基因id命名对不上，该怎么修改，以上我没有自己修改内部任何内容

问题 SSR查找及引物设计

...ERE 0.5}/ at ../primer_design/my_misa.pl.txt line 126,<IN> chunk2.是怎么回事？需要怎么解决？

文章 R语言数据筛选整理包dplyr 分类汇总

dplyr软件包是R中功能最强大，最受欢迎的软件包之一。该软件包由最受欢迎的R程序员Hadley Wickham编写，他编写了许多有用的R软件包，如ggplot2，tidyr等。本文包括一些示例和如何使用使用dplyr软件包来清理和转换数据。这是一个关...

问题 请问老师我在MAFFT上构建进化树，结果是This is a Neighbour-joining tree without distance corrections。

这样有影响吗？并且树枝上没有数字。       MEGA软件一直报错。

问题 从NCBI上下载的序列在进行序列多态性分析和构建系统发育时，是否需要先人工校正？

...，下载的序列是否也需要校正？另外视频中没有使用校正软件apollo的演示，请问是否另有学习视频？

问题 基于图形泛基因组文件call取sv的时候，运行命令nohup vg call new_index.giraffe.gbz -r new_index.snarls -k D23.pack -a -A -t 30 -s D23 > D23.vcf 2>call.o &，显示done，但生成的vcf文件里面没有变异位点，只有个头，如截图中所示。这种问题怎么解决呢？

文章 根据GFF文件提取基因组中基因的蛋白，CDS，CDNA序列

TransDecoder    https://github.com/TransDecoder/TransDecoder 软件提供该脚本： /share/work/biosoft/TransDecoder/latest/util/gff3_file_to_proteins.pl --gff3 genome.final.gff3  --fasta ../genome.fa --seqType  cDNA >cdna.fa/share/work/biosoft/TransDecoder/latest/util/gff3_file_to_pro...

问题 TCGA生存分析cut off值疑问

TCGA COX教程里的cut off值是2500， 请问老师 1、这个值是怎么计算出来的？ 2、文献里一般都用risk score中位值作为cut off进行高低风险分组，然后再通过ROC曲线确定最佳cut off再进行高低风险分组。教程里的这个cut off是否恰当？为...

文章 evolview 3.0最新更新美化进化树

...置 书写配置文件美化进化树美化进化树的配置文件设置格式与2.0 差不多，这里就不多做赘述了：

文章 本科生到底要不要进实验室？怎么进实验室？

...虑清楚，自己在今后能否承受这种巨大的压力。 最后，怎么平衡课程学习和实验室学习呢? 就像第一点所说的，大一、大二的时候还是以课程为重，打好基础，锻炼自己的逻辑思维、英语能力以及本专业相关的研究前沿。 到...

文章 linux中qrencode生成二维码

...qrencode [root@cluster 13:54:06 ~/code]$ yum -y install qrencode 2.语法格式 Usage: qrencode [OPTION]… [STRING] 3. 选项参数OPTIONS -o：输出的二维码文件名。如test.png。需要以.png结尾。-表示输出到控制台。-s：指定图片大小。默认为3个像素。-t：指...