问题 基因家族问题 追问

...后续进行基因结构分析，染色体位置信息及其他分析时要怎么做呀？谢谢 追问一下，不好意思，还不是很懂，我看后续用来提取位置信息的用的是domain new out removed redundant.txt 这个文件，我这个亚族没有这个统一得文件，是要怎...

问题 泛基因家族分析之Fam_gene.list

...$3}' final.last.gene.pair.txt > foxtail_millet.pan-genes.list 整理格式时，已经均进行了调整（名字纠正），但经过perl /work/scripts/PAV_list.pl -pangenel foxtail_millet.GRASgene.pan-genes.list -spid new_id2.txt -unigenel  foxtail_millet.GRASgene.uniq.list -fam G...

问题 老师您好，我按照课程提供的流程泡自己的数据，在fst pi tajimaD分析的过程中，发现生成的曼哈顿图没有数据，在第一步的过程中，我们确实成功的生成了染色体对应的起始位置和pi值，但在pi多样性绘图输出时却发现没有数据，这是怎么回事呢，请老师帮忙解决

第一步pi多样性生成的数据（pi.wild.windowed.pi） 第二步：pi多样性绘图输出时，pi_manhattan_plot.r -i pi.wild.windowed.pi -F $FAI -f 42350435 -n pi.JR.wild，我是根据自己的参考基因组中染色体的最小值来进行筛选的最小值：42350435。 但是这...

文章 PBJ：转录组揭示植物中磷再转运的分子机制

...成与光系统功能的基因，表达量下调，被认为和质体以及细胞器相关，并且在GO 富集结果的细胞组分部分得到了佐证。 （3）已报告相关基因分析 通过文献阅读，筛选115个和磷饥饿有关的基因进行后续分析，并作为重点关注...

问题 老师运行“ls aln_out/*.cds_aln.fasta |while read a;do sed -r 's/([A-Za-z]+_[A-Za-z]+)_.*/\1/g' $a > $a.renamed;done”后得到的结果single_copy.cds_msa.fasta是空的文件夹是空的，这怎么解决呀

文章 使用Python jcvi 时遇到的报错 ，如：FileNotFoundError，如何解决

...le ，并重新启动终端（或者source ）。 最后，大家在安装软件时，一定要记得对环境变量的修改，可以解决很多问题。

问题 求助，在docker内使用treemix镜像，引用一个.sh命令时报错

...据挂载过程没有报错。 然后在正式计算前需要进行一个格式转换的操作，找到了转换脚本，将转换脚本拷贝至数据文件夹 然后运行命令： vcf2treemix.sh indi4treemix.noN.vcf pop_clust.txt 报错如下： /bin/sh: vcf2treemix.sh: not found 尝试...

问题 生信小技能-引物设计课程脚本里SSR引物设计中为啥我把全基因组fa文件放进去会报错

生信小技能-引物设计课程脚本里SSR引物设计中为啥我把全基因组fa文件放进去会报错，如果按照染色体分割基因组文件再跑可以，我想咨询一下，这个可以改成支持超大格式基因组fa输入来寻找SSR吗？

问题 http://mg2c.iask.in/mg2c_v2.0/ 总是打不开

老师，这个网站打不开，是需要翻墙么？ 还是网站歇菜呢？ 在染色体位置和转录本结构分析时有没有其他可以代替的网站或者软件。

问题 老师您好，我按照课程提供的流程泡自己的数据，在构建进化树的时候利用run_pipeline.pl -Xmx200G -importGuess $workdir/00.filter/clean.vcf.gz -ExportPlugin -saveAs supergene.phy -format Phylip_Inter这个命令操作的，但生成的supergene里面有好多命名重复，这是怎么回事？由于这个重复就导致我没法做进化树

问题 预测启动子顺势作用原件

... 1.我在提取完序列后发现有的基因是这样的序列，这是怎么回事啊？这样的该怎么解决呢？ 2. 为什么我根据视频里的教程提取出来的基因的位置信息，和我自己拿基因去NCBI寻找基因的位置出来的结果不一样而且差距很大呢？...

问题 vcf合并

...文件里提取出来一部分，参考基因组是相同。我的困难是怎么把这两部分数据做成一个整个的vcf，网上那个是按染色体(chr1、chr2)分的，一个染色体一个vcf，我怎么能把这两块合成一个vcf，或者说我这么做需要注意什么呀。

问题 gwas根据阈值筛选关联的SNP，并生成bed文件，排序时无法生成标准的bed文件

...出到哪里了呢？ pvalue.txt数据展示： 生成的bed的错误格式展示：

问题 使用R语言无法从TCGA数据库下载数据

老师好，我使用R语言从GDC里面下载数据发现下载不出来，不知道怎么回事？如图所示，还有就是VIP群怎么一直不通过我的申请呀

问题 质控

...，运行完周后只有几千个位点，很多位点都没有了，这是怎么回事？怎么修改这个命令。