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文章 对R包的操作(查询、版本、更新等)

...atmap-package`(注意反引号)以及 ?pheatmap         查询包的版本:installed.package()能列出所有已安装的包的版本,packageVersion("pheatmap") 返回指定包的版本         查询所有包所在库的路径 :.libPaths() 4、更新包         update.packag...

文章 Excel数据分析技巧之双因素方差分析

...以参考Excel数据分析技巧之方差分析。 02  打开excel表(版本为Excel2010 ),输入需要分析的数据,本次演示的数据是温度和PH值对水稻种子萌发率的影响。在这里,我们没有设置重复,属于无重复的双因素方差分析,具体如下...

文章 stack的利用

...数据。下面是一个使用栈来判断一个字符串中的括号是否匹配的例子: def is_matching_parentheses(string): stack = [] for char in string: if char == '(': stack.append(char) elif char == ')': if len(stack) == 0 or stack.pop() !=...

文章 5分钟看懂KEGG代谢通路图

...程: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解深入?图表看懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学...

文章 Excel数据分析技巧之双因素方差分析

...考Excel数据分析技巧之方差分析。  02  打开excel表(版本为 Excel2010),输入需要分析的数据,本次演示的数据是温度和PH值对水稻种子萌发率的影响。在这里,我们没有设置重复,属于无重复的双因素方差分析,具体如下图...

问题 python 版本的MCScanX分析物种之间分共线性时,运行里面的例子时,出现报错信息

文章 ggplot2点图geom_point中点的shape有多少?

...程: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解深入?图表看懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学...

文章 SCI期刊选择困难症有治了!推荐一款选刊神器!速领!

...您投稿保驾护航。 Find journals的使用 Find journals 是一个在线网站,使用十分简单,只需提交自己的论文题目、摘要、关键词,然后选择研究领域基本本可以了;假如有更多需求,如期刊性质(OA或者订阅)、影响因子、审稿周...

文章 NCBI-SRA数据下的3种方法

....nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software 。 选择需要的SRA Tookit 版本进行下,下后直接解压到某个指定位置即可。然后搜索SRA数据,例如,我们要下SRP108428(阅读文献可以找到公开数据的project号)下的所有数据,打开NCBI网址:h...

文章 【Linux】查看文件中的某几行(中间几行)

...。 3、grep命令 grep -C 5 Error filename  # 显示file文件中匹配Error字符串那行以及上下5行 grep -B 5 Error filename  # 显示Error及前5行 grep -A 5 Error filename  # 显示Error及后5

文章 plink 软件core dumped报错

在使用plink1.9版本时遇到core dumped报错,运行命令如下: /share/work/biosoft/plink/plink_v1.9/plink --vcf  /share/nas1/wangq/project/pop_test/pop_cucu_demo/work/ann/1.qc_filter/filtered_snp.vcf.gz --make-bed --extract ld.prune.in --out LDfiltered --recode vcf-iid  --keep-allele-o...

文章 fastq文件查看指定序列

..." -C 4 >xm8-2.txt & 其中zcat可以查看fastq压缩文件,grep 匹配序列ID,参数 -C 4 可以输出匹配行的前后四行。

文章 最新基因家族分析文献详解-冬枣扩展蛋白基因家族分析-11月8日接收

...都具有重要的调控功能。 下面我们通过一篇2018年11月8日在线发表在期刊:Planta(IF=3.249,中科院分区:2区)上的题为: Genome‑wide identifcation, characterization, and expression analysis of the expansin gene family in Chinese jujube (Ziziphus jujuba Mill....

文章 pROC包绘制ROC曲线

R包pROC可以进行ROC曲线分析,涉及的主要函数是roc函数和plot.roc函数: 以自带数据为例: > library(pROC)> data("aSAH")> head(aSAH,10)   gos6 outcome gender age wfns s100b  ndka29    5    Good Female  42    1  0.13  3.0130    ...

文章 对水稻做GO和KEGG富集分析,如何获取水稻的数据库?

...是下到的,有两种解决办法: 一种是利用AnnotationHub在线检索抓取OrgDb, 但是这些包是用ENTREZID,需要先将RAP-DB或者MSU转为ENTREZID才行 library(AnnotationHub) hub <- AnnotationHub() # 检索水稻相关 OrgDb query(hub, c("Oryza sativa", "OrgDb")...