文章 泌尿感染（UTIs）宏基因组分析

...（Culture positive）：一种或两种尿路病原菌显著生长；（2）污染组（contaminated）：3种及以上细菌生长浓度高于105个菌落形成单位/mL；（3）不显著组（insignificant）：培养过程低于105个菌落形成单位/mL；（4）无生长组（no-growth）：...

问题 安装Docker Desktop报错 WSL 2 installation is incomplete.

文章 R语言的小tip

...来 0-1标准化是指将数据按比例缩放，使之落入0-1区间：x=（x-min）/（max-min）

问题 MUMmer共线性分析报错suffix tree construction failed: textlen=712946597 larger than maximal textlen=536870908

...: RUNNING mummer AND CREATING CLUSTERS # reading input file "nucmer.ntref" of length 712946597 # construct suffix tree for sequence of length 712946597 # (maximum reference length is 536870908) # (maximum query length is 4294967295) # process 7129465 characters per dot /usr/bin/mummer: suffix tree c...

文章 contig or scaffold GFF 文件通过AGP文件转换成 染色体 gff文件

注释基因组文件 contig.gff  或者 scaffold.gff  to  chromosome gff python3  -m jcvi.formats.chain fromagp genome.final.agp contig.fa  genome.fa 得到：genome.final.chain  再用 liftover转换：http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/liftOver liftOver -gff con...

问题 omicsclass/gene_family同时有latest和V1.0.1两个版本，挂载时出错

Error response from daemon: pull access denied for it, repository does not exist or may require 'docker login': denied: requested access to the resource is denied. 麻烦老师解答一下，之前听docker blast那里挺顺利的，在基因家族分析课这里卡住了

问题 qiime2 v1.4版，用data2生成特征表时出错，应该怎么解决？ Plugin error from dada2: An error was encountered while running DADA2 in R (return code 1), please inspect stdout and stderr to learn more. Debug info has been s

文章 数据分析实用技能—Excel函数使用—VLOOKUP：数据批量提取及数据合并

...我想要的基因的表达量呢？下面介绍一个不用编程利用excel的vlookup完成快速筛选。 1.1 准备数据文件sheet1、sheet2 sheet1是所有基因表达矩阵数据文件，列为样本ID，行为基因ID，中间为每个基因在不同样品中的基因表达量。 sheet2...

问题 您好！我是R语言的新手，在用hchinamap程序绘制地图时，出现cannot coerce type 'closure' to vector of type 'character'，出现这类错误怎样解决呢？请指教，谢谢！

步骤如下： install.packages('hchinamap') download.file('https://mdniceczx.oss-cn-beijing.aliyuncs.com/chinadf.rda', file.path(dir, 'chinadf.rda')) load(file.path(dir, 'chinadf.rda'), verbose = TRUE)chinadf

文章 R 包安装报错：configure: error: gdal-config not found or not executable.

...5 sums checked ** using staged installation configure: CC: /share/work/biosoft/gcc/gcc-v6.4.0/bin/gcc configure: CXX: g++ -std=gnu++11 checking for gdal-config... no no configure: error: gdal-config not found or not executable. ERROR: configuration failed for package ‘sf’ * removing ‘/share/wo...

文章 如何利用iTOL绘制漂亮的进化树

... clustalw-->test.fa-->2-->1-->test.dnd-->test.aln-->X#clustalw调用该函数#test.fa输入比对数据#2选择多序列比对#1进行比对#选择输出文件*.dnd#选择输出文件*.aln#退出X 或者可以直接用MEGA7.0或者MEGA-X直接进行比对 1.1序列 1.1 序...

问题 鲁棒性检验代码

...ydata<-read.table(file = "C:\\Users\\Administrator\\Desktop\\gliomaSet.txt",header=TRUE)> head(Mydata)[0:6,0:6]           g1      g2      g3      g4      g5      g6Chip1 2504.19 2229.21 3024.23 3509.83 1938.45 735.089Chip2 3029.66 2878.98 2412.68 4291.43  90...

问题 老师，学习了TCGA 生存分析，在筛选显著多因素时，multi_pvalue可以调大些吗，最后仅晒出1-2个预测分子，

文章 tensorQTL ：最高效的QTL 分析工具

..._examples.ipynb import pandas as pdimport torchimport tensorqtlfrom tensorqtl import pgen, cis, trans, postdevice = torch.device("cuda" if torch.cuda.is_available() else "cpu")phenotype_df, phenotype_pos_df = tensorqtl.read_phenotype_bed(expression_bed)covariates_df = pd.read_csv(...

问题 请问一下做WGCNA时，出现这种问题如何解决呢？用的是课程的数据

traitColors = numbers2colors(datTraits, signed = FALSE) Warning message: In numbers2colors(datTraits, signed = FALSE) : (some columns in) 'x' are constant. Their color will be the color of NA. > # Plot the sample dendrogram and the colors underneath.