文章 edger_analysis.r 差异基因分析edgeR

...] [optional, default: 1] -X x.lab, --x.lab x.lab the label for x axis [optional, default: log2FC] -Y y.lab, --y.lab y.lab the label for y axis [optional, default: -log10(FDR)] -T title, --title title the label for main tit...

问题 vegan包问题请教

...m")   > png(file="spe.png",h=2000,w=2000,res=300) > plot(all, ci.type = "poly", col = "blue", lwd = 2, ci.lty = 0, +      ci.col = "lightblue", main = "Species Accumulation Curves", xlab = "Number of samples", +      ylab = "Number of  species") > boxplot(all, col = "yellow", ...

问题 vegan包问题请教

...andom")  > png(file="spe.png",h=2000,w=2000,res=300)> plot(all, ci.type = "poly", col = "blue", lwd = 2, ci.lty = 0,+      ci.col = "lightblue", main = "Species Accumulation Curves", xlab = "Number of samples",+      ylab = "Number of  species")> boxplot(all, col = "yellow", add = ...

文章 遗传图谱中各种作图群体介绍

...体 作图群体（Mapping population）是指population used for mapping the genes, 用于绘制基因图谱（或用来定位基因）的群体。作图群体是进行QTL（quantitative trait locus）定位的基础。 作图群体有很多类型，今天给大家介绍最常用的几种群体...

文章 1000G千人基因组计划人群缩写对照表

...AS 1 1 1 JPT Japanese in Tokyo, Japan EAS 1 1 1 CHS Southern Han Chinese EAS 1 1 1 CDX Chinese Dai in Xishuangbanna, China EAS 1 1 1 KHV Kinh in Ho Chi Minh City, Vietnam EAS 1 1 1 CEU Utah Residents (CEPH) with Northern and Western European Anc...

文章 胃癌免疫侵润预后Signature数据挖掘-糖酵解

...，最终：1,140 patients for analysis, including 337 patients from TCGA and 803 patients from GEO。糖酵解相关基因集：从Molecular Signatures Database v4.0数据库中筛选与糖酵解相关的基因集5个：BIOCARTA_GLYCOLYSIS_PATHWAY, GO_GLYCOLYTIC_PROCESS,HALLMARK_GLYCOLYSIS,KEGG_GLY...

文章 MUMmer + SVMU : CNVs

...于 lastz 太慢，因此多样本 批量运行if [ -f lastz.cmds.sh ] ; then rm -f lastz.cmds.shfiif [ -f svmu.cmds.sh ] ; then rm -f svmu.cmds.shfi#批量产出命令for query in An1 C24 Cvi Eri Kyo Ler Sha;do    ln -s ../04.snp_indel/$query.delta .  echo "lastz ref.fa[multiple]  $query.fa[...

问题 number of analyzed snp 与 number of total SNPs/有什么区别

问题 R gsl 报错

... * removing ‘/share/work/biosoft/R/R-v4.2.2/lib64/R/library/gsl’ The downloaded source packages are in ‘/tmp/RtmpSMiwnl/downloaded_packages’ Updating HTML index of packages in '.Library' Making 'packages.html' ... done Warning message: In install.packages("gsl") :   installation o...

文章 KEGG富集分析弦图绘制

...水平（1为中表达，0为低表达，2为高表达，3为通路），type为节点类型（gene或pathway） 二、导入数据 三、绘制弦图，在绘制弦图前首先捋清楚弦图的各个元素，并排列各个元素的优先顺序，类似PS中的图层。 1.连线links 注...

文章 微生物生态研究中常用数据库简介--转载

...降解（Biodegradation）、金属循环（Metal Cycling）及其他（Other）等七类功能基因。每类都包含几到上百种功能marker基因，可被用于功能marker基因高通量测序后的比对及功能基因引物设计等。   主页：     http://fungene.cme.msu.edu/ ...

文章 利用WGCNA分析提升转录组测序文章档次

...evelopment and seed size/weight determination in chickpea analysis期刊：The Plant JournalIF：5.7性状：鹰嘴豆籽粒大小 实验材料与方法 这篇文章与上一篇文章思路几乎一致，只是研究的物种变成了鹰嘴豆。同样的，也是选取了两个籽粒大小差异...

文章 小麦TCP基因家族分析文献解读及原文献下载

...点此链接）：Genome-Wide Identification and Expression Profiling of the TCP Family Genes in Spike and Grain Development of Wheat (Triticum aestivum L.).pdf 小麦TCP基因家族分析文献解读 日常科研中你我经会常遇到看不懂的图表，不会挖掘的数据，没有思路的...

问题 TCGA数据生存时间怎么确定？

...27] "tumor_tissue_site_other"                     "histological_type"                           [29] "days_to_initial_pathologic_diagnosis"        "age_at_initial_pathologic_diagnosis"         [31] "year_of_initial_pathologic_diagnosis"        "initial_patholo...

文章 ggplot2控制坐标轴截距交点位置（原点）

...ctor of length two giving multiplicative and additive expansion constants. These constants ensure that the data is placed some distance away from the axes. The defaults are c(0.05, 0) for continuous variables, and c(0, 0.6)for discrete variables.连续性和离散型都涉及，默认值不同，...