前言 只针对一个具体的小问题，利用RNA-seq进行分析也能发高分文章？当然可以！ 这次跟大家分享的文献就是针对水稻旗叶中磷的再运转问题开展的实验(发在Plant Biotechnology Journal上），利用RNA-seq数据分析相关基因的表达情...
...为ceRNA并吸附miRNA，抑制miRNA的作用，促进mRNA表达。在这个过程中miRNA和circRNA起到拮抗的作用：miRNA水平升高抑制靶基因表达，circRNA水平升高则促进靶基因表达。其中的几个主角：lncRNA 、 circRNA、miRNA、靶基因mRNA共同构成了ceRNA调...
...inical. tsv，没有expression.tsv。我自己在TCGA里下载的数据有4个G，使用rstudio下载目前有2个G，我感觉还差一半。我重新跑了Rscript $scriptdir/tcga_gene_exp_download.r -p TCGA-KIRC -m 这个代码，还是出现这个错误。接下来我该怎么操作？
...源 通过GEO数据库下载过敏性哮喘相关数据：GSE41861中的57个鼻黏膜上皮细胞样本（40个患者，17个健康人员），下载数据为CEL文件（原数据分上呼吸道和下呼吸道样品数据，此处仅利用上呼吸道样品数据构建网络）。 筛选差异基...
...这些文件没有任何问题。进一步发现，在我的群体（共173个基因型）中，确实有5个基因型在目标size上是杂合或存在缺失，但是我查看了demo数据也发现，demo使用的群体是176个基因型，其中只有113个基因型在site位置是纯合的，但...
...tal gene transfer in Papilio”的比较基因组文章。文章研究了11个凤蝶物种间的进化关系，分析物种中的HGT事件，揭示不同种之间存在的显著差异。” 01 — 基因组获取与注释 从 NCBI Assembly 数据库获取11个凤蝶属不同物种的基因组...
...2）污染组（contaminated）：3种及以上细菌生长浓度高于105个菌落形成单位/mL；（3）不显著组（insignificant）：培养过程低于105个菌落形成单位/mL；（4）无生长组（no-growth）：培养过程无明显微生物生长迹象。同期选取健康者作为...
...严重的脑瘤，占所有类型的15%左右，生存时间一般少于15个月，目前主要的治疗手段是外科手术，但常出现复发。因此，通过研究其分子和结构水平的机制将有助于疾病的治疗。数据来源 通过GEO数据库下载GSE50161数据（34个肿瘤...
小提琴图(Violin plot)可以用来展示多组数据的分布状态以及概率密度，这种图表结合了箱线图和密度图的特征，常用于生信分析中。 例如：2021年发表在Briefings in Bioinformatics上的一篇影响因子为11.62的文献为例，该文献中大量运用...
...，编码糖转运蛋白以及细胞壁蔗糖酶的基因表达上调可以更好的为腋芽生长提供营养物质，另外编码核糖核酸酶T2蛋白的基因自6DAP起上调表达10倍以上，以使植株更好的回收及利用磷酸盐。 分析合成转录因子的基因发现，EEL/DPBF...
绘制venn图的R包包括 VennDiagram、ggVennDiagram 和 eulerr，每个包都有其独特的优势和适用场景，但是其中很多包在处理大量数据的时候都存在一个显著的问题，那就是出图的速度很慢，主要原因是R包计算交集的时间复杂度高：对于 n ...
相关性分析是指对两个或多个具备相关性的变量进行分析，从而衡量变量间的相关程度。变量之间相关程度的量化使用相关系数r，常见的相关系数有Pearson相关系数、Spearman相关系数以及Kendall相关系数。生信分析中常绘制热图直...
...轨迹在主要真核生物谱系之间存在显著差异” 本文对1154个酿酒酵母（Saccharomycotina）基因组中基因家族的大规模比较表明，基因的获得和丢失驱动着酵母的进化。进化速度越快的谱系丢失的基因越多，物种形成的速度也越快，...