文章 CIBERSORT R代码分析

...运行Cibersort共需要三个文件，分别是（1）官方提供的22种细胞基因集“LM22.txt”；（2）自己的表达矩阵；（3）Cibersort代码。 （1）LM22.txt获取方法： 在Cibersort论文中（https://www.nature.com/articles/nmeth.3337#MOESM207）下载Supplementry ta...

问题 老师，请问sample type出现这种情况怎么解决，麻烦老师解惑一下，谢谢啦。

> ############################################################> # A. 普通R包: install.packages('caret')> # B. bioconductor 包参考: https://bioconductor.org/install/> # > # BiocManager::install("TCGAbiolinks")> # BiocManager::install("SummarizedExperiment")> ##############...

问题 老师，我做的物种是棉花，基因组约3.5G 利用组学大讲堂的方法建立索引失败，应该是内存不够，一般的电脑都是这样的，即使使用的小型服务器内存也达不到100G,这个问题应该怎么解决，这一步无法解决，后续无法分析，老师可否给一个可行性的意见！

问题 如何用BoxShade正确呈现miRNA 多序列比对的结果

...列比对结果也比较乱，不知道为什么？ 我输入的ALN文件格式如下： ath-miR156g         ---CGACAGAAGAGAGUGAGCAC--- mdm-miR156e         ----GACAGAAGAGAGUGAGCAC--- cca-miR156k         ----GACAGAAGAGAGUGAGCAC--- ath-miR156a-5p      ---UGACAGAAGAGAGUGAGCAC--- ...

文章 毕业答辩现场，导师扔了自己的论文怎么办？

...要想从根本上解决问题，额，这个，学霸姐姐也不知道该怎么解决...... 但是，学霸姐姐希望大家明白： 你忽悠论文，其实是在忽悠你自己。 出来混，迟早是要还的！ 生物女学霸，一个自称学霸其实很渣的生物汪，努力将...

文章 PLoS One好投吗？听说必须要提供WB原始数据？

...原因有三： 1，对于伦理审核的要求极高，对非商业化的细胞系、潜在的生物安全和现场调查等都有自己严格的标准; 2，所有PLoS手稿必须包含数据公开性声明，还建议作者在出版前将其数据提供给公共数据库; 3，从2018年开始...

文章 GSEA分析需要的基因集Molecular Signatures Database是什么？

... Ontology 基因本体论，包括BP（生物学过程biological process，细胞原件cellular component和分子功能molecular function三部分）C6: oncogenic signatures：癌症特征基因集合，大部分来源于NCBI GEO 未发表芯片数据C7: immunologic signatures: 免疫相关基因...

问题 老师好，我的structure分析输出为空的，下面是我的基因组gff文件基因的id名字后面还有外显子内含子等等 get_gene_exon_from_gff.pl

老师，下面是我（第二张）打开TNF_domain_new_out_removed_redundant.txt时的情况 第三张是我的TNF基因ID 第四张是那个脚本 我不知道问题出在哪里，麻烦老师帮忙解答一下

文章 python特殊属性和方法的详解与运用

...值str(x)x.__str__()字节数组的“非正式”值bytes(x)x.__bytes__()格式化字符串的值format(x, format_spec)x.__format__(format_spec) 对 __init__() 方法的调用发生在实例被创建 之后 。如果要控制实际创建进程，请使用 __new__() 方法。按照约定，...

问题 perl语言命令行参数设置

在perl语言中怎么设置命令行参数，如perl test.pl -i A.txt -o B.text,像这种指定参数，-i为输入文件，-o为输出文件，该怎么设置？

文章 MITE_Hunter 第六步报错 aln not exits

...check发现在比对之前都没有问题，但是比对的时候选择的软件不存在了，所以未能生成aln文件 3. 解决办法 修改MITE_Hunter_worker3.pl的147、150、263、266行的muscle所在位置即可。 注意版本和对应版本的用法。

问题 老师，我利用脚本得到对应基因的蛋白序列： perl script/get_fa_by_id.pl WRKY_removed_redundant_IDlist.txt Arabidopsis_thaliana.TAIR10.pe p.all.fa WRKY_pep_need_to_confirm.fa 时，程序出现错误。 ，这是怎么回事啊？

这是输出的结果 这是脚本

文章 肺癌细胞类型marker基因

Myeloid cells We identified 214,960 and 160,921 myeloid cells in the tumour and B/H respectively, characterised by the global expression of LYZ and SPI1. We first identified in both data-sets a population of monocytes (expressing CD14, IL1B, FCN1, CXCL8, S100A8, and S100A9) and a broad popul...

文章 SNP检测Massarray法怎么样？中高通量大样本适用吗？

...，如果你的实验室没有相关仪器，或者处理不了大量样本怎么办呢? 推荐——巴菲尔SNP检测服务 根据您对检测通量的不同需求，巴菲尔可提供高度准确和可重复的massarray系统技术服务，只需要您提供详细的SNP位点信息，巴菲尔...

文章 linux:简单使用（2）

...如：wqc、q #其中q表示退出，q!#表示强制退出 2：下载软件 wget +链接 3：cat命令 一次性显示整个文件的内容 cat+file.name+|+tac#表示事先在文件file.name中上下翻转cat+file.name+|+rev#左右反转，每一行的字符都镜像显示 4：查看文...