文章 BWA mem比对报错 paired reads have different names 解决

...列比对时出现：[mem_sam_pe] paired reads have different names: "A00920:973:H5GWJDSX3:2:1103:2582:12633:UMI_AAT_GTA", "A00920:973:H5GWJDSX3:2:1103:1624:12633:UMI_CGG_GTA" 相同行出现非paired reads情况，导致比对出错 问题解决：采用bbmap进行fastq文件的修复 1.软件...

问题 老师您好，请问一下GWAS筛选植物NPK高效因子前需要做什么准备工作

文章 构建一致性序列

构建一致性序列方法如下： 1.将vcf文件压缩 bgzip -c  raw.filtered.snp.vcf > raw.filtered.snp.vcf.gz 2.建立索引 tabix raw.filtered.snp.vcf.gz 3.构建一致性序列 bcftools consensus -f Ghirsutum_527_v2.0.fa raw.filtered.snp.vcf.gz > new.fa

问题 eggNOG 保留蛋白序列时提示同一 ID 被多个一级特征使用，而子特征的 Parent 属性没有得到相应更新，导致注释关系不明确的问题，该怎么解决

...ave similar ID. @ the feature is: NC_057868.1 RefSeq cDNA_match 2670480 2670611 . + . ID "nbis-cdna_match-8" ; Target "XM_044118420.1 1144 1275 +" ; for_remapping 2 ; gap_count 1 ; num_ident 5340 ; num_mismatch 0 ; pct_coverage "99.9626" ; pct_coverage_hiqual "99.9626"...

问题 重测序

...#################################################### cd $workdir  #回到工作目录 mkdir -p $workdir/4.snp_indel/GATK cd $workdir/4.snp_indel/GATK ############################################################# #方法2：样品多可先生成GVCF，再合并,适用于集群服务器，可并...

文章 女生考研真的好吗？——导师不爱、工作歧视......

...深思的评论：@小哪吒biubiubiubiu：现在女生越来越难，找工作被歧视，考研导师也不爱要，女生怎么了?@朱一龙的一个小笼包：普通一本工科女生找工作真的太难了，双非歧视再加上性别歧视…一开始挺怨的，后来就坦然了，没办...

问题 老师，请问您一下，我出现了不能改变工作路径的情况，找不到原因，麻烦老师帮忙

问题 基因组注释Braker里面的报错

...existing      --gff3 --skip_fixing_broken_genes” 报错“# Mon Aug 12 20:10:06 2024: Log information is stored in file /work/work/xsyj/genome_annotation/03.Braker/braker/braker.log ERROR in file /share/work/biosoft/BRAKER/latest/scripts//braker.pl at line 6666 Failed to execute: perl /share...

文章 qRT-PCR相对定量计算详解 qPCR

...或者相关性点图： 测试数据表格下载：qRT-PCR_demo_data.xlsx 更多生物信息课程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转...

文章 基于R实现统计中的检验方法---T检验

...分析，其独立样本T检验的前提条件是相同的，即正态性额方差齐性。(参考：t检验和方差分析的前提条件及应用误区_百度文库（链接见文末）说的非常详细) 2.分类 单总T检验（单独样本T检验），双总T检验（一是独立样本T检验...

文章 linux之sed用法详解

...处理，可以将数据行进行替换、删除、新增、选取等特定工作，下面先了解一下sed的用法 sed命令行格式为：           sed [-nefri] ‘command’ 输入文本 常用选项： -n∶使用silent模式。在一般 sed 的用法中，所有来自 STDIN的信...

文章 群体遗传进化PCA分析

... -i plink_pca.eigenvec -f $GROUP -g group --name plink_pca #方法2： ## smartpca分析PCA vcf2smartpca.py --vcf  $workdir/00.filter/clean.sorted.vcf.gz -q 20 -g $GROUP -p passing_snps_q20 smartpca -p par.passing_snps_q20 > passing_snps_q20_logfile.txt  #绘图展示 smartpca...

文章 Logistic回归模型介绍及使用（附脚本）

...-m metadata_all.tsv -g immu_nes.tsv -v Angiogenesis APM1 B_cell_PCA_16704732 Bcell_receptors_score Buck14_score CD103neg_mean_25446897 CD103pos_mean_25446897 CD8_PCA_16704732 CHANG_CORE_SERUM_RESPONSE_UP CSF1_response -B barcode -e EVENT -l 0.05 -p immu 上述命令分别会得到两个结果文件...

文章 docker容器下mysql数据库还原与备份

...docker容器中备份的shell脚本： 复制代码#!/bin/bash# zhengwei 2020-11-15#docker启动的mysql备份mysql_user="root"#数据库密码，注意自行修改mysql_password="JZTeya0!"mysql_host="192.168.1.43"mysql_port="3306"mysql_charset="utf8mb4"#备份文件存放的目录，自己创建...

文章 跨物种进化研究必备的‘单拷贝直系同源基因’如何查找

...的教程需要十多步来完成整个运行流程，但是绝大部分的工作都有代码可以用，按照他的步骤来，还是很省心的。话不多数，接下来就以蛋白质序列为例，详细介绍Orthomcl的使用。 辅助模块 Orthomcl需要的linux详细配置，简单叙...