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文章 利用SNP构建指纹图谱!SNPT的使用教程!

...简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)结果解读;转录组(无参)结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA,...

文章 Cytoscape如何基于点的属性快速对点和相连的线进行颜色分类

...图进行了颜色处理,方便显示各个分类: 绘图的原始数据基本格式如下,仅两列: miRNA Target ath-miR156a-3p AT1G65440 ath-miR156a-3p AT3G06340 ath-miR156a-3p AT5G58220 ath-miR156a-5p AT1G08590 ath-miR156a-5p AT1G19800 ath-miR156a-5p AT1G72700 ...

问题 在基因家族分析的时候,结构域的筛选E-value值的时候,选取小于0.0001,运行命令,结果中并没有排除掉一些大于该值的序列,3.4e-05到底等于多少,是3.4乘以e的-5次方还是3.4e的10的-5次方

如下面截图所示,想要选取e-value值小于0.0001的目标结构域,结果运行该命令的结果中,最后的那个结构域的第七行的值为3.4e-05,这个值我的理解为3.4乘以e的-5次方,其值为0.022并不是小于0.0001的值,或者这个值应该是3.4e的10的-5...

文章 OPLS-DA分析

...,通常会将VIP值作为其中一项重要的考察指标。 1.分析数据准备 样本变量矩阵 样本分类矩阵 2. OPLS-DA分析结果 OPLS-DA分析结果中最常用的图就是OPLS-DA得分图,图中横坐标表示预测主成分,因此横坐标方向可以看出组间的...

文章 组学大讲堂 高效率提问指南!

...的问题,恐怕没人敢出手; 正面典型:“进行差异基因筛选时通常采用什么标准?”,“想对水稻根际土做16S测序,取样时应该注意什么?”,这种指向明确、范围适中的问题肯定有人抢着答啦。 二、提供的信息要全面且经...

文章 免疫 侵润 分析 ESTIMATE分析

--- title: "TCGA数据库介绍与下载" author: "Omicsgene" output:   html_document:     toc: true     theme: united date: '`r format(Sys.time(),"%d %B, %Y")`' --- ![image](https://note.youdao.com/yws/api/group/92990402/noteresource/D0C43D04435648A4A5A9B36556716345/version/421?...

问题 老师好,想请教一下,如果拟搜索的家族是一个超家族,序列长度较长,比如图,463bp。用hmmsearch后,hit到的结果里面的hmm coord from to 是存在好多的一部分的片段,比如310~460的部分片段,但是E值很小。请问这种hit结果如何筛选?如何建立自己的隐马科夫模型?谢谢

问题 老师您好,我想用真菌线粒体基因组做群体遗传分析,已经组装好线粒体基因组,是需要把每个菌株自身的线粒体基因组当做ref还是用一个统一的线粒体基因组做ref?同时想请教也是按照重测序课程一个一个从线粒体基因组利用reads筛选snp么?

问题 老师您好,我想用真菌线粒体基因组做群体遗传分析,已经组装好线粒体基因组,是需要把每个菌株自身的线粒体基因组当做ref还是用一个统一的线粒体基因组做ref?同时想请教也是按照重测序课程一个一个从线粒体基因组利用reads筛选snp么?

问题 老师您好,我最近在鉴定的一个基因家族,它没有专属的PF号,只有两个具有PF号的保守结构域,但是具有这两种保守结构域的不止这一类蛋白,hmm搜索筛查之后剩下了90多个基因,但是正常的家族成员应该只有20-40个,我可以用拟南芥里已知的成员做进化树来进一步筛选吗?

文章 基因家族docker 镜像使用方法

...###########################################################################数据准备#########################################################################下载拟南芥基因组信息#wget ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/plants/release-41/fasta/arabidopsis_thaliana/dna/Arabidopsis_thaliana.T...

文章 R语言绘图之调色

在一个图中,数据的选择和图表类型的确定很重要,是最需要确定的因素。但是,适当的选择颜色不仅仅能使数据图的阅读者赏心悦目,而且有助于图中数据关系的呈现,使得整个图表更有说服力。今天我介绍R语言中的颜色和...

文章 转录组后续实验怎么做?

...多,但转录组后能辅以什么样的实验继续深入挖掘转录组数据呢?为了求证这个命题,小编搜索了18年三月最新的转录组文章,发现了两篇以积雪草(Centella asiatica)为材料的文章,并且是以同一个转录组数据连发的两篇SCI(2017...

文章 还不知道,如何选择适合自己的项目管理软件?

...结构、可用的快捷键、彩色显示、每次显示的信息容量、数据输入的简易性、现在数据修改的简易性、报表绘制的简易性、打印输出的质量、屏幕显示的一致性,以及熟悉系统操作的难易程度。 4、需要的功能因素 一定要考...

文章 肠道微生物诊断慢性肾病-随机森林分析文献复现 IF=15分文章

...者在郑州和杭州两地收集健康和CKD患者的粪便样本,通过数据质控最终在郑州收集到273(健康HCs)和159(CKD患者)样本,在杭州收集57份CKD样本。作者将这些样本分成三份分别作为随机森林分析的训练(discovery),测试(validation...