文章 非模式物种10X空间转录组单细胞参考基因组构建

以下是示例代码： #download from website: https://orchidstra2.abrc.sinica.edu.tw/orchidstra2/pagenome/padownload.phpwget -c https://orchidstra2.abrc.sinica.edu.tw/orchidstra2/pagenome/padownload/P_aphrodite_genomic_scaffold_v1.0.fa.gzwget -c  https://orchidstra2.abrc.sinica.edu.tw/orchids...

文章 awk统计文件某列中某关键词出现次数

...q -c，那用awk怎么操作呢? 示例文件test.txt a 00 b 01 c 00 d 02 1、统计文件test.txt中第2列不同值出现的次数 awk '{sum[$2]+=1}END{for(i in sum)print i"\t"sum[i]}' test.txt 运行结果： 00 201 102 1 2、只统计文件test.txt中第2列"00"或"01"出现的次数...

文章 Perl脚本报错解析：annovar的exonic_variant_function文件格式错误排查指南

...tfToGenePred -genePredExt gtf文件 库前缀_refGene.txt# 用retrieve_seq_from_fasta.pl生成 transcript FASTA fileretrieve_seq_from_fasta.pl --format refGene --seqfile fa --outfile 库前缀_refGeneMrna.fa 库前缀_refGene.txt 1.3. 注释 table_annovar.pl vcf文件 注释库所在文件夹 -bui...

文章 使用compare_means（）t.test进行显著性检验时报错

...a, paired =FALSE, method = "t.test") #函数的普遍用法 f : formula，x ~ group形式的公式，其中x是表示数据值的数值变量，group是表示相应组的具有一个或多个级别的因子。例如公式= TP53 ~ cancer_group data : formula中的数据来源 paired：是否需要...

问题 KEGG和GO富集分析报错问题

P和Q值设置为1，依旧提示报错：Failed to create bus connection: No such file or directory --> No gene can be mapped.... --> Expected input gene ID: LOC105382119,LOC105392385,LOC105383189,LOC105384039,LOC105384627,LOC105384151 --> return NULL... Error in barplot.default(kegg, ...

问题 我一直有一个问题，小麦在做家族鉴定时会有好几个转录本(如.1，.2，.3等)，这时候是只取.1呢，还是所有转录本都取？

文章 进化树构建的方法及原理详解

...数的设置推荐使用缺省的参数。 参考：Hall BG. Comparison of the accuracies of several phylogenetic methods using protein and DNA sequences. Mol Biol Evol. 2005 Mar;22(3):792-802. doi: 10.1093/molbev/msi066. Epub 2004 Dec 8. Erratum in: Mol Biol Evol. 2005 Apr;22(4):1160. PMID: 155909...

文章 GATK|Timeout of 30000 milliseconds was reached while trying to acquire a lock on file raw.vcf.tmp.idx.

解决办法：https://www.omicsclass.com/article/2194 这里还有一个需要做的步骤，就是先将raw.vcf.tmp.idx文件找到并删除，一般情况下这个文件是空的。 然后再在命令行中添加-disable_auto_index_creation_and_locking_when_reading_rods 这个参数。并运...

文章 OPLS-DA分析

...在PLS-DA分析方法基础上，加入了正交变换的矫正，能够将X矩阵分解成与Y相关和不相关的两类信息，通过去除不相关的差异来筛选差异变量。 通过OPLS-DA分析，每个代谢物可以得出一个VIP值，即变量重要性投影（VariableImportance inP...

文章 R| set.seed()作用使随机结果具有复现性

...答：https://stackoverflow.com/questions/23511853/set-seed-function-what-is-the-best-value-for-setting-a-seed 种子的唯一真正好处是使随机结果具有复现性。至于seed数值的设置一般来说没有偏好。它们只是为伪随机生成器提供一个具体的种子，而不是...

问题 转录组自主分析map出现问题

...starts[] array: 1010748, 1017096Error: Encountered internal HISAT2 exception (#1)Command: /biosoft/hisat2-2.1.0/hisat2-align-s --wrapper basic-0 -p 1 --rg-id=SRR5710698 --rg SM:SRR5710698 --rg LB:SRR5710698 --rg PL:ILLUMINA -x /work/ref/Bamboo.HIC.genome --dta --rna-strandnes...

问题 Error in UseMethod("groupOTU") : no applicable method for 'groupOTU' applied to an object of class "NULL" Calls: groupOTU Execution halted

各位老师，我在绘制进化树的过程中，使用命令ggtree.r -t fasttree.nwk -f $GROUP -g Group -n fasttree，运行后报错，出现下图报错，请问老师，我应该怎么处理呢？

文章 racon 安装报错：

...X executable bin/racon /share/work/biosoft/zlib/lib: file not recognized: Is a directory git clone https://github.com/lbcb-sci/racon && cd racon && mkdir build && cd build cmake -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release .. && make cmake -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release -DZLIB_LIBRA...

问题 利用KaKs_Calculator2.0计算两个基因的kaks时出现：Error.

The size of two sequences in 'EVM0055308&EVM0007023' is not equal. 出现问题后也按照课堂上和视频课程中的方法进行了解决，也检查了ATG，序列是否为3的倍数等问题，均符合要求，不知道是什么问题造成的，

问题 老师好，想请教一下，如果拟搜索的家族是一个超家族，序列长度较长，比如图，463bp。用hmmsearch后，hit到的结果里面的hmm coord from to 是存在好多的一部分的片段，比如310~460的部分片段，但是E值很小。请问这种hit结果如何筛选？如何建立自己的隐马科夫模型？谢谢