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问题 R语言下载GSE数据一直在报错

... + getGPL = T) ## 平台文件 Found 1 file(s) GSE95394_series_matrix.txt.gz Failed to open file C:\Program Files\R\GSE95394_series_matrix.txt.gz.curltmp.File stored at: ./GSE95394_series_matrix.txt.gz 错误于downloadFile(url, destfile = destfile, mode = "wb"): Failed to dow...

问题 R语言下载GSE数据一直在报错

... + getGPL = T) ## 平台文件 Found 1 file(s) GSE95394_series_matrix.txt.gz Failed to open file C:\Program Files\R\GSE95394_series_matrix.txt.gz.curltmp.File stored at: ./GSE95394_series_matrix.txt.gz 错误于downloadFile(url, destfile = destfile, mode = "wb"): Failed to dow...

问题 kneaddata做质控的时候，服务器卡死了，用trimmomatic+bowtie2分开跑是可以的吧

tail -n+2 $datafile/metadata_WBBW_all.txt | cut -f1 | rush -j 4 'java -jar /share/work/biosoft/Trimmomatic/Trimmomatic-0.39/trimmomatic-0.39.jar PE \   -threads 6 \   "$datafile"/{}_1.fq.gz "$datafile"/{}_2.fq.gz \   "$workdir"/1.host_del_and_qc/kneaddata/{}_forward_paired.fq.gz "$workdir"/1.h...

问题 https://snp-seek.irri.org/_download.zul从这个网站下载全基因组测序文件，进行GWAS分析，下载哪几个啊

愁死了，手里有从这个基因库的一些品种，想把这个基因库的全基因组序列下载下来，可是不知道怎么下

问题 IBD计算

...No such file or directory) awk: cmd. line:1: fatal: cannot open file `IRIS_313-10458.cibd.txt' for reading (No such file or directory) awk: cmd. line:1: fatal: cannot open file `IRIS_313-10458.cibd.txt' for reading (No such file or directory) awk: cmd. line:1: fatal: cannot open file `IRIS_313-11...

文章 肠道微生物诊断慢性肾病-随机森林分析文献复现 IF=15分文章

...u.cn/CRAN/" options(repos=r)}) # 依赖包列表安装与加载：package_list <- c("ggplot2","RColorBrewer","randomForest","caret", "pROC","dplyr","ggrepel")# 判断R包加载是否成功来决定是否安装后再加载for(p in package_list){if(!suppressWarnings(suppressMessages(require(p, ch...

文章 蛋白质组和转录组相关性图绘制

...目越来越多，经常有蛋白质和转录组相关的分析。 deg_file <- 'S-1_S-2_S-3_vs_R-1_R-2_R-3.all' dep_file <- 'S-1_S-2_S-3_vs_R-1_R-2_R-3.DEP.all.xls' # 设置筛选参数 dep_fc <- 1.5 dep_fdr <- 0.05 deg_fc <-1.5 deg_fdr <- 0.05 # 读取文件 deg <- read_del...

文章 singularity使用基础

...计算机) # 创建sandbox； # 这里将创建的sandbox命名为ubuntu20_lammps,并使用docker hub上现有的容器 ubuntu:20.04 作为基础镜像。 singularity build --sandbox ./ubuntu20_lammps docker://ubuntu:20.04 # 进入创建好的sandbox，并进行修改； # 其中-w表示可写。...

问题 fastq文件前面的预处理

fastq_1 fastq_2 这是不是就一定要吧剪辑比列较乱的地方都切去？ _1是不是反了，要整过来呀？

问题 采用RSeQC 对bam 文件进行质控分析时，用inner_distance.py报错。

...验质量评估，采用RSeQC 对bam 文件进行质控分析时，用inner_distance.py报错。 报错信息： manager@bl8vbox[QC] inner_distance.py -i /home/manager/rnaseq/work/3.alignments/hisat2/UHR.bam    -r stringtie_merged.bed  -o UHR_inner_size Traceback (most recent call last):   F...

问题 使用singularity exec /share/singularity_images/ampliseq-q2_v1.4.sif /biosoft/miniconda/envs/picrust2/bin/picrust2_pipeline.py 命令报错

老师，您好！使用singularity exec /share/singularity_images/ampliseq-q2_v1.4.sif /biosoft/miniconda/envs/picrust2/bin/picrust2_pipeline.py 运行课程中的命令时，出现如下报错界面

问题 GEOquery 下载不了数据

... F,                 getGPL = F)  save(eSet,file='GSE112093_eSet.Rdata')}load('GSE112093_eSet.Rdata')b = eSet[[1]]raw_exprSet=exprs(b) phe=pData(b)library(stringr)group_list= str_split(as.character(phe$title),' ',simplify = T)[,1]save(raw_exprSet,group_list,     file='GSE112093_r...

文章 HGMD人类变异数据库ANNOVAR注释使用转换格式

...方使用说明：http://resources.qiagenbioinformatics.com/tech-notes/HGMD_Tech_Note.pdf 但是我们需要转换一下，使ANNOVAR能够支持vcf批量注释，转换perl脚本如下： perl ./prepare_hgmd.pl HGMD_PRO_2016.4_hg19.vcf hg19_HGMD_PRO_2016.4.txt my ($dbfile) = $ARGV[0];my ($outf...

问题 在BSA分析结果给的候选区域文件quantile99_SNPs_in_region_gene_anno中，发现与all_sample_snp.vcf对比后，发现好多SNP位点没有，请问是什么原因？

在BSA分析结果中，对候选区域文件quantile99_SNPs_in_region_gene_anno的SNP位点进行查看并与all_sample_snp.vcf对比发现在这个候选区域中，有些位点没有，这是什么原因？ 候选区域及候选区域基因注释的文件中，如snp位点142198是一个在父母...

问题 一个基因下面有两个预测蛋白怎么办

NW_011935983 下 既预测了XP_011438324 也预测XP_011438325 建树时我该怎么取舍 尤其是两者序列不一样的时候