文章 ensembl和NCBI基因组下载，基因序列下载查看

...据库；拟南芥，TAIR是位于美国的拟南芥信息资源网站（The Arabidopsis Information Resource, TAIR）（http://www.arabidopsis.org/）；水稻的http://rice.plantbiology.msu.edu/等； 老师在确定参考基因组分析项目的时候，一定要指明自己所用的参考基...

文章 正选择分析之 Site Models

...这两组比较进行LRT检验来验证正选择。不过Prof.Yang认为，The M1-M2 comparison 与 the M7- M8 comparison相比，更加的稳定。M7和M8俩模型计算时间会长一些，如果要进行分析的基因较多，可以考虑不比较 M7- M8。 如何检测positive sites？ 在C...

文章 edger_analysis.r 差异基因分析edgeR

...] [optional, default: 1] -X x.lab, --x.lab x.lab the label for x axis [optional, default: log2FC] -Y y.lab, --y.lab y.lab the label for y axis [optional, default: -log10(FDR)] -T title, --title title the label for main tit...

文章 遗传图谱中各种作图群体介绍

...体 作图群体（Mapping population）是指population used for mapping the genes, 用于绘制基因图谱（或用来定位基因）的群体。作图群体是进行QTL（quantitative trait locus）定位的基础。 作图群体有很多类型，今天给大家介绍最常用的几种群体...

文章 1000G千人基因组计划人群缩写对照表

...AS 1 1 1 JPT Japanese in Tokyo, Japan EAS 1 1 1 CHS Southern Han Chinese EAS 1 1 1 CDX Chinese Dai in Xishuangbanna, China EAS 1 1 1 KHV Kinh in Ho Chi Minh City, Vietnam EAS 1 1 1 CEU Utah Residents (CEPH) with Northern and Western European Anc...

问题 number of analyzed snp 与 number of total SNPs/有什么区别

文章 胃癌免疫侵润预后Signature数据挖掘-糖酵解

...，最终：1,140 patients for analysis, including 337 patients from TCGA and 803 patients from GEO。糖酵解相关基因集：从Molecular Signatures Database v4.0数据库中筛选与糖酵解相关的基因集5个：BIOCARTA_GLYCOLYSIS_PATHWAY, GO_GLYCOLYTIC_PROCESS,HALLMARK_GLYCOLYSIS,KEGG_GLY...

问题 R gsl 报错

... * removing ‘/share/work/biosoft/R/R-v4.2.2/lib64/R/library/gsl’ The downloaded source packages are in ‘/tmp/RtmpSMiwnl/downloaded_packages’ Updating HTML index of packages in '.Library' Making 'packages.html' ... done Warning message: In install.packages("gsl") :   installation o...

文章 MUMmer + SVMU : CNVs

...于 lastz 太慢，因此多样本 批量运行if [ -f lastz.cmds.sh ] ; then rm -f lastz.cmds.shfiif [ -f svmu.cmds.sh ] ; then rm -f svmu.cmds.shfi#批量产出命令for query in An1 C24 Cvi Eri Kyo Ler Sha;do    ln -s ../04.snp_indel/$query.delta .  echo "lastz ref.fa[multiple]  $query.fa[...

文章 KEGG富集分析弦图绘制

...水平（1为中表达，0为低表达，2为高表达，3为通路），type为节点类型（gene或pathway） 二、导入数据 三、绘制弦图，在绘制弦图前首先捋清楚弦图的各个元素，并排列各个元素的优先顺序，类似PS中的图层。 1.连线links 注...

问题 TCGA数据生存时间怎么确定？

...27] "tumor_tissue_site_other"                     "histological_type"                           [29] "days_to_initial_pathologic_diagnosis"        "age_at_initial_pathologic_diagnosis"         [31] "year_of_initial_pathologic_diagnosis"        "initial_patholo...

文章 利用WGCNA分析提升转录组测序文章档次

...evelopment and seed size/weight determination in chickpea analysis期刊：The Plant JournalIF：5.7性状：鹰嘴豆籽粒大小 实验材料与方法 这篇文章与上一篇文章思路几乎一致，只是研究的物种变成了鹰嘴豆。同样的，也是选取了两个籽粒大小差异...

文章 植物单细胞转录组文章

...et al. Exaptation of ancestral cell-identity networks enables C4 photosynthesis. Nature 636, 143–150 (2024). https://doi.org/10.1038/s41586-024-08204-3 植物根尖单细胞图谱 Kook Hui Ryu, Ling Huang, Hyun Min Kang, John Schiefelbein, Single-Cell RNA Sequencing Resolves Molecular Re...

文章 小麦TCP基因家族分析文献解读及原文献下载

...点此链接）：Genome-Wide Identification and Expression Profiling of the TCP Family Genes in Spike and Grain Development of Wheat (Triticum aestivum L.).pdf 小麦TCP基因家族分析文献解读 日常科研中你我经会常遇到看不懂的图表，不会挖掘的数据，没有思路的...

文章 微生物生态研究中常用数据库简介--转载

...降解（Biodegradation）、金属循环（Metal Cycling）及其他（Other）等七类功能基因。每类都包含几到上百种功能marker基因，可被用于功能marker基因高通量测序后的比对及功能基因引物设计等。   主页：     http://fungene.cme.msu.edu/ ...