问题 泛基因家族分析-SV和表达量

老师您好，我生成的${ref}_fam_gene.list文件结果，存在一个wrky成员对应多个ID，这是正常的吗？

问题 轨迹分析出现killed报错

运行代码 Rscript $scripts/cell_trajectory_monocle2.r -g mycelltype \   -i subset.Mesophyll.qs -p monocle2 \   --order.gene.select.method monocle  --heatmap.gene 20 \   --heatmap.clusters 4 出现killed，代码运行不了

话题 教你画多物种基因家族局部共线性分析图

问题 基因家族分析时顺式作用元件的问题。

如何在Linux系统或者Windows系统中找到基因上游1-1500bp的序列？难道要一条一条的找？还是有代码软件或脚本？

问题 gwas脚本中的tassel计算变异位点p值的命令中，结果会自动过滤掉indel，如何保留indel，并计算其p值？

咱们gwas分析的脚本中的tassel的run_pipeline.pl工具为什么在计算变异位点p值的时候，会自动过滤掉indel。我想同时计算indel的p值，需要怎么做？代码如下： run_pipeline.pl -Xmx30G -fork1 -h hapmap.ordered.hmp.txt \     -fork2 -t $tassel_trait -fork3 -q...

问题 binGO富集分析

您好，在OmicsClass上看到您讲的关于如何使用BinGO的文章，但是我从它的官网上没有找到我所做物种的注释文件，这个注释文件是什么样子的，我现在有我们所做物种的基因ID所对应的GO号的文件，但是这个软件好像不能识别。想...

问题 我想问一下怎么利用别人发表的转录组文章里面的数据分析自己基因的表达情况，比如别人发了盐度胁迫的转录组文章，我想看一下我的基因在盐度胁迫下的表达，该怎么用他的数据分析

问题 请问老师做无参转录组分析某一家族基因可以把其核苷酸序列翻译为蛋白序列后比对吗？

之前在某一物种中做了无参转录组。 想分析该物种中某一家族基因，并用其与其他基因组清晰物种的同家族基因进行进化分析，可以把核苷酸序列翻译为蛋白序列后比对吗？需要注意什么？ 虽然无参转录组可能得到的在该物...

问题 老师，我在重新描述一下问题，mascanx方法和BLAST计算KAKS时筛选到的Segmental和Tandom加倍基因对，数目不一样，是不同算法的不同结果是吗？做CIRCOS圈图时， 可以用BLAST计算KAKS时筛选到的Segmental和Tandom加倍基因对来做吗？我BLAST方法筛出来的串联重复等数目更多一些。

问题 做转录组kegg富集分析时老是报错

文件路径和上一步输出文件都没问题，无法正常输出结果。

问题 请问选择消除分析需要过滤哈温平衡吗？

要不要过滤哈温呢？过哈温删掉大约一半的SNP。

问题 泛基因家族分析执行循环时报错

 cat ../id.txt|while read ind;do > hmmsearch --domtblout ./${ind}.2_hmmerOut.txt --cut_tc ./2.hmm ./${ind}.gene.pep.fasta

问题 LDdecay衰减距离如何确定？

老师好！请问做出衰减图之后，如何确定某一群体的衰减距离？r2不知道该取多大，且对应的值是怎么算出来的，从图片并不能知道具体的值。然后图特别不平滑可能是什么原因呢？这么不平湖，用bin作图也改善不了什么

问题 转录组分组间差异基因分析

...5倍。 2 公司给我的结果，只给了A vs B，和 B vs C两组差异分析结果，并未给出A vs C这两个时期对比出的差异基因。由于A,B,C是一个物种花发育的连续时期，您觉得是否有必要对A时期和C时期进行差异基因分析？ 期待您的回复！非...

文章 topGO分析结果说明

topGO是一个专门用于做GO富集分析的R包，它默认从GO.db中读取GO的分类和结构信息，结合富集分析的结果，它可以画出如下所示的GO有向无环图。ontology指定GO的分类，GO的3大类别BP, CC, MF之间是独立，所以GO其实分为3个子数据库，...