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问题 Error in seq.default(grps[start] + 1, grps[start + 1] - 1) : 'from' must be of length 1此外: Warning messages: 1: In file(con, "r") : InternetOpenUrl失败:’不能连接到吊销服务器,或者未能获得最终响应。' 2: In readLines(...) : 读'http://bioconductor.org/config.yaml'时最后一行未遂

在rstudio中运行 BiocManager::install("TCGAbiolinks"),迟迟无法下载数据,并显示上方错误,请问怎么解决

文章 第11期《基因家族分析实操培训班》邀您参加!

...、和选定的其他物种进行共线性分析; 10、结合转录组数据绘制该基因家族的表达量热图。 以上即是基因家族分析的全部内容。此类文章写作模式相似,换个物种或者基因家族就又是一篇文章,可借鉴性很强,且发文数量...

文章 GSDS网站docker镜像本地构建

...,后台服务启动需要时间; 更多dockers镜像分析生物数据课程:https://study.omicsclass.com/index

文章 空间代谢组学|质谱成像技术原理解读

...通常不需要标记,对生物组织样品可进行多点检测、多维数据获取,可实现不同分子高灵敏度的同时检测,并能够直接提供目标化合物的空间分布和分子结构信息。质谱成像技术可以实现生物组织中上千代谢物的定性、定量和定...

文章 enrichKEGG_pip.r KEGG 富集分析

...:  脚本会读取第一列基因ID作为基因集: -d 物种注释数据库: 人的:org.Hs.eg.db  -t 指定输入基因列表的ID类型 使用举例: Rscript $scriptdir/enrichKEGG_pip.r --gene.list $workdir/04.deg/S1_vs_S2.DEG.final.tsv \  -o KEGG -n S1_vs_S2 --pvalueCutoff 0.01 --a...

文章 TCGA SNV 体细胞突变下载

...omatic Mutation",  access = "open")GDCdownload(query )# 保存整理下载数据结果maf.data <- GDCprepare(query )write.table(data.frame(maf.data,check.names = F), file ='maf.tsv', sep="\t",row.names =F, quote = F)####################################################################### maftools...

文章 如何利用iTOL绘制漂亮的进化树

...t;test.dnd-->test.aln-->X#clustalw调用该函数#test.fa输入比对数据#2选择多序列比对#1进行比对#选择输出文件*.dnd#选择输出文件*.aln#退出X 或者可以直接用MEGA7.0或者MEGA-X直接进行比对 1.1序列 1.1 序列 以7条序列为例,保存为test.fa ...

文章 好的产品经理应具备哪些能力?

...需求分析、产品设计、交互设计、开发管理、运营策略、数据分析等等,都是一个合格的产品经理,必不可少的业务技能。 第五,技术相关能力,这是加分项,懂得技术的逻辑,易于和开发沟通,才能更好地理解、指挥实现...

文章 基因组Hic挂载AGP文件格式说明

AGP格式简单说明 AGP文件为NCBI数据上传要求的标准格式,用来描述小片段序列(比如contig)如何构成大片段序列(比如scaffold和chromosome)。详细的说明文档请见:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/genome/assembly/agp/AGP_Specification.shtmlAGP文...

文章 总结:高效阅读学术文献的标准姿势是——

...阅:知网、万方、google学术、 SCI 、Springer、Emerald、Thomson数据库等。 文献可用EndNote等文献管理工具进行管理; 国内学术网站:小木虫、人大经济论坛等。 记住,没有网络解决不了的问题! 英语是基本工具 很多英文文献质量...

文章 Clustal Omega多序列比对使用方法(命令行及在线网站)

...育分析,motif识别等多个领域发挥重要作用,是生物信息数据分析必备的基础技能之一。Clustal是一款经典的多序列比对工具,支持DNA, RNA, 蛋白质的比对。官网如下http://www.clustal.org/        Clustal 有两个版本可用,之前的版本同...

文章 医学突破的先锋--CRISPR介导的HeLa细胞基因编辑 | 源井生物

...究的工具,因为它具有永生的细胞特征,可适用于多组学数据库(基因组学,蛋白质组学,和转录组学),并且易于利用这些数据库来设计和改进研究项目。最近的一项研究就是利用HeLa细胞研究SARS-CoV-2病毒在人体中的感染性。...

问题 FPKM值的理解困惑:双端测序时,一个fragements的两端都测序,结果是有两个reads,那在计算FPKM定义时,说Fragment的最终数目是Reads的1到2倍之间,不应该是reads是fragements的1-2两倍吗,

...区别,RPKM和FPKM的概念便易于区分。Reads即是指下机后fastq数据中的每一条Reads,Fragments则是指每一段用于测序的核酸片段,在SE中,一个Fragments只测一条Reads,所以,Reads数与Fragments数目相等;在PE中,一个Fragments测两端,会得到2...

文章 Linux磁盘配额

...小的限制,任何用户,包括超级用户,在此目录下写入的数据都计算在磁盘配额限制内。 3、磁盘容量限制和文件个数限制: 不仅可以通过限制用户可用的block数量来控制用户的磁盘容量外,还可以通过限制用户的inode数量来限...

问题 老师,我正在做泛基因家族存在缺失分析作图作图这一步,前面由于ID.txt与基因家族列表对应不上,将ID.txt文件按照基因家族列表前缀进行了修改,并排序,但是得到的PAV_draw.list和PAV_gene.list,不确定对不对,且作不出图

... , 得到的PAV_gene.list就有1970条,但GRAS133一会就有没有数据了,都是空白的, 之后作图,Rscript $scriptsdir/PAV_heatmap.r -i PAV_draw.list -sp 112,得到的图 请问,问题出在哪里,