问题 做基因家族分析时筛选出的基因氨基酸数量少

老师您好！我在做基因家族分析时筛选出来的有些基因氨基酸数量少，是不是需要删除这些基因后再进行后续分析呢？

问题 进化关系分析老师你好！我想看看这几个bhlh基因中的哪个和sa6G516730的亲缘？ 进化分析得出sa6G516730跟bhlh12 关系比较近，但相似度分析sa6G516730跟bhlh114比较近这种情况下我该选择112还是114呢？

问题 有一个问题像请教一下大家，我用上课时老师给的脚本跑出来的tandem pair有两对，但是做基因定位染色体图时发现了更多的连在一起的重复基因，那么是我脚本没弄对还是基因定位染色体给到的串联重复不正确？

绘图上面有多个重复？

问题 共线性分析出错

在分析共线性时，准备好了两人上物种的bed和cds文件，用/biosoft/miniconda/miniconda2/bin/python -m jcvi.compara.catalog ortholog Me ATH --cscore=0.7命令运行时，出现下面错误，也没能生成Me.ATH.anchors文件 请问是怎么回事

文章 NCBI的SRA Lite和SRA Normalized数据有什么区别

...Fastq文件呢？做法是一样的，只需要保证SRA Toolkit软件的版本是最新的即可。还可以通过设置--read-filter参数为pass或reject来获得只包括pass或reject的Fastq文件。 参考：https://zhuanlan.zhihu.com/p/565413983

问题 我研究的物种没有基因组，能做基因家族分析吗？

最近做了个转录组实验，导师让我加点基因家族的东西进去，增加点分析内容，可是我们研究的物种没有参考基因组啊，网上的资料都是基于有参考去分析的。

问题 比较基因组学共线性分析

比较基因组学共线性分析运行这个命令时候报错，请问是什么东西没有安装正确啊？

文章 阿里云短信发送API笔记

阿里云短信python版本API开发示例包： https://help.aliyun.com/document_detail/55491.html?spm=a2c4g.11186631.6.578.161d5a6dfJUt8X 下载SDK  python短信发送包：https://help.aliyun.com/document_detail/55359.html?spm=a2c4g.11186623.2.16.39c06e44yEn8JH 然后就可以安装python...

问题 非模式物种，如何做KEGG pathway 分析？

kegg 里没有的物种，想做KEGG pathway 分析，请问如何做？

问题 关于基因组功能注释脚本（interproscan.sh -i interproscan.pep.fa \ -b interproscan.out -f "TSV" \ -cpu 10 -dp -t p -pa -goterms -iprlookup \ -T ./tmp ）运行不成功，总是停留在84% completed，没有报错，请问要怎么解决？

再次进入容器时是卡主的。log中每小时更新一条信息，均为84% completed，tmp文件夹中不再更新文件。独享服务器（内存300G，28线程），设置了cpu=10，线程数=10

问题 泛基因家族分析-数据准备

我们的研究物种，目前没有泛基因组，我想自己组一个进行接下来的泛基因组基因家族分析，但是目前的疑问是？需要下载10个同属染色体水平基因组，但是，需要重新组装注释么？还是说只要重新注释？

问题 GWAS分析中，Emmax对于SNP数量是否有要求？

各位大佬好，最近在用Emmax进行GWAS全基因组关联分析研究。但发现前面得到的6千万个SNP位点，但在emmax-intel64后仅有前2千万个SNP进行了分析。请问这类软件对于SNP数量有要求吗？

问题 MCScanX共线性分析，结果为0

老师您好，我想请教一下，做MCScanX共线性分析的时候，出的结果为啥是0啊，我的gff文件和blast文件格式都应该是没有问题的呀

问题 做PCA分析时报错

Error in `geom_point()`: ! Problem while computing aesthetics. ℹ Error occurred in the 1st layer. Caused by error in `get()`: ! object 'stagestage' not found 做PCA分析时报错

问题 泛基因家族分析

老师您好，我再进行awk -F"\t" '{if(!seen[$1]++){print $0}}' Fam_gene.list >maize.tree.txt，得到的文件结果显示不同的品种基因组，而我看课程教学显示的是同一个品种基因组。所以说我这个结果可以进行后续的分析吗？课程的截图：