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问题 老师您好,我想用GWAS对候选基因进行进化选择分析,我想证明我的这个基因是受到人工驯化的。我用TajimaD分析发现我的目的基因位置的D值为5,属于受到瓶颈效应或者平衡选择,那么这个结果可以说明我的基因是受到驯化选择的吗?

老师您好,我想用GWAS对候选基因进行进化选择分析,我想证明我的这个基因是受到人工驯化的。我用TajimaD分析发现我的目的基因位置的D值为5,属于受到瓶颈效应或者平衡选择,那么这个结果可以说明我的基因是受到驯化选择...

问题 泛基因家族-结构分析

老师,我进行了这个操作,结果如图所示,是对啊,哪里出现问题了呢? #提取结构变异基因列表 grep "${svgene}" Fam_gene.list|sed "s/${svgene}\t//g"> ${svgene}_gene.list

文章 TCGA-ceRNA网络构建

...者之间的ceRNA调控网络。 构建ceRNA 网络,需要进行两类分析: 1. 差异表达分析: 分别对lncRNA, 编码蛋白的基因,miRNA 进行差异表达分析,获得差异表达的分子,进行下游的分析 2. miRNA靶位点预测:分别预测一下差异表达的miRNA...

问题 《微生物多样性数据分析实操》课程资料的下

已经购买了《微生物多样性数据分析实操》课程。该课程相关的数据、脚本等资料有链接可以下吗?我没有使用docker软件,所以咨询有没有下地址,谢谢!

问题 GEO差异基因分析分组问题

老师您好,请问我在进行GEO差异基因筛选时,芯片的对照组只有2组,而实验组有50组,这样分组筛选出来的差异基因合理吗?

问题 GEO差异基因分析分组问题

老师您好,请问我在进行GEO差异基因筛选时,芯片的对照组只有2组,而实验组有50组,这样分组筛选出来的差异基因合理吗?

文章 转录组数据分析

转录组差异基因的筛选 关键代谢通路的筛选 转录组数据的质控 转录组(transcriptome)是指特定生物体在某种状态下所 有基因转录产物的总和,转录组研究是功能基因组研究的 一项重要内容。转录组是连接基因组遗传信息与生...

问题 《微生物宏基因组分析实操》课程,配制分析环境(doc.sh)遇到Bug

老师您好: 我根据视在组学大讲堂服务器上进行操作,输入“. doc.sh”,出现报错信息“? Please select an image:   ▸ docker.io/omicsclass/metagenomics:v1.0    quay.io/omicsclass/metagenomics:v1.0” 我在doc.sh文件代码中输入第一个镜像,可以启...

问题 《微生物宏基因组分析实操》课程,配制分析环境(doc.sh)遇到Bug

老师您好: 我根据视在组学大讲堂服务器上进行操作,输入“. doc.sh”,出现报错信息“? Please select an image:   ▸ docker.io/omicsclass/metagenomics:v1.0    quay.io/omicsclass/metagenomics:v1.0” 我在doc.sh文件代码中输入第一个镜像...

文章 TCGA数据进行多因素生存分析

分析完单因素的生成分析之后,可以对最显著性的N个单因素进行多因素的分析。 # 构建多因素分析的公式 multi_var <- paste0(sign_rbsure_gene_names, collapse = '+') fml <- as.formula(paste0('mysurv~', multi_var)) # 进行多因素分析 Multi_cox <- co...

问题 生存分析报错

重复一次 我再到r里重复了两次,这次还出现直接报错它说什么外接函数能有NA,难道是临床数据的两个days下面有NA的原因我用课件里提供的数据也仍然会报错 意思好像就是迭代次数对还是怎么的,求求老师解答

问题 你好!我参照《医学癌症TCGA-甲基化生存分析》中的方法做甲基化生存分析模型独立性验证时,将患者年龄分为3组分别进行验证,运行代码如图,但是运行后总是报错显示“找到对象……”请问该如何解决?非常感谢!

问题 请问大佬,做转录组分析时,fpkm_and_plot.R分析数据时,出现错误Error: Aesthetics must be either length 1 or the same as the data (100276): x,这个怎么解决呀?

问题 有参转录组自主分析学习过程中遇见的问题

老师,请教一个问题:转录组自主分析的时候后,分析的是水稻的转录组。在整个分析的过程中,我是从Ensembl Plants数据中下的基因组文件(Oryza_sativa.IRGSP-1.0.dna.toplevel.fa)和基因组注释文件(Oryza_sativa.IRGSP-1.0.46.gff3),然后...

文章 名额有限-组学大讲堂共享云服务器开售了!

...以说是“跌跌休”,但测序费里仍然有一半以上是数据分析费用,如果自己会分析数据,那仅可以把测序支出再降低一半,更重要的是分析速度也会大大加快,真正做到提高科研产出!但一旦涉及大量数据的分析,如何获得...