问题 文献检索

请问如何找到关于淮稻5号基因组的遗传图、物理图和测序的相关信息的文献？

问题 基因家族分析

1.kaks的计算， 2.没有toplevel的文件，是不是不能进行顺式作用元件的分析，只有gene.gff3,   cds.fa   pep.fa  transcript.fa

问题 存在缺失分析

老师，我在做泛基因家族存在缺失分析时，得到的所有基因的存在缺失情况，为什么参考基因组（倒数第二行）中的基因只有几个，剩余基因均没有呢？

问题 老师您好，我最近做基因家族分析，基因加倍与串联重复分析MCScanX出现了这样的报错。没有找到相似的错误原因。

perl ../script/get_mRNA_position.pl <mRNAid.list>  <gff3>  <out.gff> at ../script/get_mRNA_position.pl line 6.

问题 TCGA差异分析如何根据临床信息分组？

想请教一下，看课程里面TCGA做差异分析都是根据肿瘤非肿瘤组进行分析的，我想根据病人的临床信息，如是否接受放疗，是否用过某种药物进行分组寻找差异基因，应该怎么做呢？

文章 GCTA 分析PCA

#方法2：#GCTA 分析PCA ## vcf转bed格式plink --vcf  clean.sorted.vcf.gz --make-bed   \    --out all.LDfilter --allow-extra-chr --set-missing-var-ids @:# \    --keep-allele-order --vcf-half-call missing## 生成grm文件gcta64 --bfile all.LDfilter  -autosome  --make-grm  --out GA## ...

问题 WGCNA分析基因筛选

    大家好，做WGCNA分析，是只选择表达差异基因来做吗？不同处理的差异基因取并集？

问题 群体进化分析绘图

群体进化分析调用R包软件包的时候总是报错，如图所示，前面已经按照代码做了工作路径和定量设置还是报错

文章 植物单细胞转录组基因表达也可以空间可视化了

...krosette.topview  Arabidopsis thaliana  rosette top view  Top view of 3.5 weel old Arabidopsis thaliana rosettes. Leaves  https://doi.org/10.1186/s12870-015-0483-8 Leonardo Jo l.jo@uu.nlggPm.At.leafepidermis.topview Arabidopsis thaliana  leaf epidermis  top view  Top view of Arabidopsis thali...

问题 老师，请问蛋白质组学差异蛋白的富集分析是用原文件中的基因ID还是蛋白ID呢，如果用的是蛋白ID，那蛋白注释库是怎么获取的呢？我只做过RNAseq的富集分析，不知和蛋白组富集分析有什么差别。先谢谢老师！

问题 基因结构分析

老师，在做基因结构分析，提取出来的结果文件只有mRNA信息，没有获得外显子，内含子等信息，请问是为什么？截图分别为输入文件，输出文件，用到的脚本以及gff3文件

问题 基因组注释 ，seqclean软件报错

...ssembly/UniVec::11:0' -c '/share/work/biosoft/PASApipeline/PASApipeline-v2.5.2/bin/seqclean.psx' Error at 'psx -p 10  -n 10000  -i all_transcripts.fasta -d cleaning -C '/work/zhushi/04.PASA_assembly/all_transcripts.fasta:ANLMS100:/work/zhushi/04.PASA_assembly/UniVec::11:0' -c '/share/work/biosoft...

问题 泛基因家族分析结构变异分析，生成的mcoords和mdelta文件为空

命令行是 #numer比对 for query in `cat stepmap_ID.txt`;do   #去除未组装到染色体水平的scaffold和contig序列   #seqkit grep -r -p '^chr\d+$'  $workdir/01.data_prepare/$query.fa  > $query.fa   ln -s $workdir/01.data_prepare/$query.fa      # 比对,生成query.delta ...

问题 GWAS分析程序问题

我在win11本地GWAS分析时，进行plink。结果报错了（Segmentation fault （Core dumped）），请问各位如何解决

问题 MCScanX 下游dual_synteny分析

老师，我在分析两个物种间的共线性时在下游分析时报错，报错结果见图，数据截图也给出，麻烦帮我看看，谢谢！ 报错截图 gff文件 控制文件 生成的共线文件